Quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá được thực hiện theo quy định nào?

Quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết là nội dung mà rất nhiều doanh nghiệp bỏ qua, khi làm việc với cơ quan thuế. Decree 255/2026/ND-CP không liệt kê lại từng quyền, mà dẫn chiếu thẳng sang khoản 1 Điều 37 Law on Tax Administration No. 108/2025/QH15. Hiểu đúng cơ chế dẫn chiếu này, đặt cạnh nghĩa vụ cung cấp hồ sơ trong 30 ngày làm việc và rủi ro bị ấn định thuế, doanh nghiệp sẽ chủ động hơn hẳn trong kỳ quyết toán 2026.

Quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá được thực hiện theo quy định nào?

Quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết được thực hiện theo khoản 1 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP. Điều khoản này dẫn chiếu đến khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15. Do đó, doanh nghiệp có giao dịch liên kết được hưởng đầy đủ các quyền chung của người nộp thuế theo Luật Quản lý thuế 2025.

Khoản 1 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP: Điều khoản dẫn chiếu

Khoản 1 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định:

Quyền của người nộp thuế trong kê khai, xác định giá giao dịch liên kết thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

Nghị định không tạo ra một danh mục quyền riêng cho doanh nghiệp có giao dịch liên kết, mà xác nhận rằng quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá chính là các quyền của người nộp thuế đã được Quốc hội quy định trong luật.

Với người làm nghề, cơ chế này có hai ý nghĩa thực tiễn:

• Không có “vùng trống quyền” trong lĩnh vực giao dịch liên kết: Dù nghiệp vụ xác định giá giao dịch liên kết mang tính kỹ thuật cao, doanh nghiệp vẫn được bảo vệ bởi toàn bộ các quyền ở cấp luật.
• Căn cứ viện dẫn khi làm việc với cơ quan thuế phải đủ hai tầng: Khi thực hiện quyền, doanh nghiệp nên viện dẫn đồng thời khoản 1 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP và khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025, thay vì chỉ nêu một văn bản.

Vì sao doanh nghiệp có giao dịch liên kết cần hiểu đúng quyền của mình ngay từ kỳ 2026

Nghị định 255/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 và áp dụng từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2026, thay thế Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Khung pháp lý mới đồng nghĩa với việc nhiều thủ tục, mốc thời hạn và cách tiếp cận của cơ quan thuế sẽ được áp dụng lần đầu ngay trong mùa quyết toán năm 2026.

Trong bối cảnh đó, nắm vững quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá không phải là kiến thức. Đó là điều kiện để doanh nghiệp:

• Yêu cầu cơ quan thuế giải thích căn cứ khi có kết luận điều chỉnh giá giao dịch liên kết.
• Bảo lưu ý kiến, giải trình bằng văn bản khi không đồng ý với phương pháp so sánh mà cơ quan thuế áp dụng.
• Khiếu nại, khởi kiện khi quyết định ấn định thuế ảnh hưởng đến quyền, lợi ích hợp pháp.

Theo kinh nghiệm thực tế MAN tư vấn, phần lớn doanh nghiệp chỉ nghĩ đến quyền khi đã nhận biên bản kiểm tra. Lúc đó, dư địa để sử dụng quyền đã hẹp đi rất nhiều.

Nội dung cụ thể về quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá

Vì Nghị định 255/2026/NĐ-CP dẫn chiếu sang Luật, nội dung quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết tương tự như quyền của người nộp thuế được quy định tại khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025, cụ thể như sau:

• Được hỗ trợ, hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế; cung cấp thông tin, tài liệu để thực hiện nghĩa vụ, quyền lợi về thuế;
• Được tra cứu, xem, in và sử dụng chứng từ điện tử mà người nộp thuế đã gửi đến Hệ thống thông tin quản lý thuế theo quy định của Luật này và pháp luật về giao dịch điện tử; được yêu cầu tổ chức khấu trừ cấp chứng từ khấu trừ điện tử;
• Ký hợp đồng với đại lý thuế, đại lý làm thủ tục hải quan để thực hiện dịch vụ đại lý thuế, đại lý làm thủ tục hải quan; được ủy quyền khai thay, nộp thuế thay theo quy định của pháp luật về thuế, quản lý thuế, hải quan;
• Được áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, hải quan nếu đáp ứng đủ các điều kiện về chế độ ưu tiên theo quy định của pháp luật;
• Được tra cứu tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế, nhận thông báo số tiền thuế nợ qua tài khoản giao dịch điện tử do cơ quan quản lý thuế cung cấp;
• Được nhận thông báo, quyết định, biên bản, kết luận liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế từ các cơ quan chức năng khi tiến hành thanh tra, kiểm tra, kiểm toán;
• Được giải thích về việc tính thuế, khoản thu khác, ấn định thuế, nội dung xử lý về thuế, khoản thu khác; được bảo lưu ý kiến, giải trình; được biết thời hạn giải quyết hoàn thuế, số tiền thuế không được hoàn và căn cứ pháp lý đối với số tiền thuế không được hoàn;
• Không phải nộp các chứng từ, tài liệu, không phải gửi các thông tin đã có sẵn trong hồ sơ thuế mà cơ quan quản lý thuế đã có, trừ trường hợp có thay đổi nội dung hoặc theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế để phục vụ kiểm tra thuế;
• Được yêu cầu xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế;
• Được bảo mật thông tin theo quy định tại Điều 7 của Luật Quản lý thuế 2025;
• Được khiếu nại, khởi kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính về thuế liên quan đến quyền, lợi ích hợp pháp của người nộp thuế;
• Được tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của công chức quản lý thuế, tổ chức, cá nhân khác theo quy định của pháp luật về tố cáo;
• Được bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước nếu bị cơ quan quản lý thuế, công chức quản lý thuế gây thiệt hại trái pháp luật;
• Không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế, hóa đơn, không tính tiền chậm nộp đối với trường hợp do người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ thuế, hóa đơn theo văn bản hành chính hoặc quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế, hóa đơn của người nộp thuế;
• Được yêu cầu giám định hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu liên quan đến nghĩa vụ thuế;
• Được yêu cầu tra soát, điều chỉnh thông tin nếu phát hiện sai lệch trên chứng từ nộp ngân sách nhà nước hoặc dữ liệu do cơ quan quản lý thuế cung cấp;
• Khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế, người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi không có quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan có thẩm quyền; từ chối việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế khi không có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của cơ quan quản lý thuế; từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác; được giải trình về những vấn đề có liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến; khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật; tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế; các quyền khác theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

Danh mục trên khá dài, để dễ vận dụng vào nghiệp vụ giao dịch liên kết, phần dưới đây phân tích quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá theo 04 nhóm chức năng.

Nhóm 1: Quyền được hỗ trợ, tra cứu và sử dụng dịch vụ

Nhóm này bao gồm quyền được hỗ trợ, hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế; quyền tra cứu, xem, in và sử dụng chứng từ điện tử đã gửi đến Hệ thống thông tin quản lý thuế; quyền ký hợp đồng với đại lý thuế; quyền được áp dụng chế độ ưu tiên nếu đủ điều kiện; và quyền tra cứu tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế.

Áp dụng vào giao dịch liên kết, quyền được hỗ trợ, hướng dẫn cho phép doanh nghiệp đề nghị cơ quan thuế hướng dẫn những điểm chưa rõ khi áp dụng Nghị định 255/2026/NĐ-CP lần đầu. Đặc biệt với các vấn đề như cách xác định quan hệ liên kết hoặc cách kê khai phụ lục thông tin giao dịch liên kết.

Quyền tra cứu chứng từ điện tử có giá trị trong việc đối chiếu những gì doanh nghiệp đã thực sự nộp. Khi phát sinh tranh chấp về việc “đã kê khai hay chưa”, dữ liệu trên Hệ thống thông tin quản lý thuế là bằng chứng khách quan nhất.

Quyền ký hợp đồng với đại lý thuế cho phép doanh nghiệp sử dụng đơn vị chuyên môn bên ngoài. Tuy nhiên, cần phân biệt rõ giữa việc ủy quyền khai thay, nộp thuế thay được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế, quản lý thuế, hải quan, và trách nhiệm về tính chính xác của thông tin trong hồ sơ vẫn thuộc về người nộp thuế.

Nhóm 2: Quyền được thông báo, giải thích, giải trình và bảo lưu ý kiến

Đây là nhóm quyền có giá trị thực chiến cao nhất trong lĩnh vực giao dịch liên kết, gồm:

• Được nhận thông báo, quyết định, biên bản, kết luận liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế khi tiến hành thanh tra, kiểm tra, kiểm toán.
• Được giải thích về việc tính thuế, ấn định thuế, nội dung xử lý về thuế; được bảo lưu ý kiến, giải trình.
• Không phải nộp các chứng từ, tài liệu, thông tin đã có sẵn trong hồ sơ thuế mà cơ quan quản lý thuế đã có, trừ trường hợp có thay đổi nội dung hoặc theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế để phục vụ kiểm tra thuế.
• Được yêu cầu xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
• Được yêu cầu tra soát, điều chỉnh thông tin nếu phát hiện sai lệch trên chứng từ nộp ngân sách nhà nước hoặc dữ liệu do cơ quan quản lý thuế cung cấp.

Trong xác định giá giao dịch liên kết, kết luận của cơ quan thuế thường phụ thuộc vào lựa chọn doanh nghiệp so sánh, phương pháp xác định giá và khoảng giá trị giao dịch độc lập chuẩn.

Đây đều là những điểm có thể tranh luận về chuyên môn. Quyền được giải thích về việc ấn định thuế và quyền bảo lưu ý kiến, giải trình chính là công cụ để doanh nghiệp đưa lập luận chuyên môn của mình vào hồ sơ vụ việc.

Một lưu ý về quyền “không phải nộp tài liệu đã có sẵn”: Luật đã đặt sẵn ngoại lệ “trừ trường hợp có thay đổi nội dung hoặc theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế để phục vụ kiểm tra thuế”. Vì vậy, doanh nghiệp không nên dựa vào quyền này để từ chối cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết khi cơ quan thuế có văn bản yêu cầu.

Nhóm 3: Quyền được bảo mật, khiếu nại, tố cáo và bồi thường

Transfer pricing determination dossier chứa nhiều thông tin nhạy cảm như cấu trúc tập đoàn, chuỗi giá trị, chính sách giá nội bộ, biên lợi nhuận theo từng bộ phận. Quyền được bảo mật thông tin theo Điều 7 Luật Quản lý thuế 2025 vì thế có ý nghĩa đặc biệt với nhóm doanh nghiệp này.

Bên cạnh đó, nhóm quyền bảo vệ còn gồm:

• Quyền khiếu nại, khởi kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính về thuế;
• quyền tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của công chức quản lý thuế, tổ chức, cá nhân khác;
• Quyền được bồi thường thiệt hại nếu bị cơ quan quản lý thuế, công chức quản lý thuế gây thiệt hại trái pháp luật;
• Và quyền yêu cầu giám định hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu liên quan đến nghĩa vụ thuế.

Đáng chú ý nhất là quyền không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế, hóa đơn, không tính tiền chậm nộp đối với trường hợp người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ thuế, hóa đơn theo văn bản hành chính hoặc quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế, hóa đơn của chính người nộp thuế. Điều này cho thấy giá trị của việc chủ động xin văn bản hướng dẫn cho tình huống cụ thể của doanh nghiệp, thay vì tự suy luận.

Nhóm 4: Quyền của người nộp thuế khi cơ quan thuế kiểm tra

Quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá không kết thúc khi hồ sơ đã lập xong, mà còn tiếp tục phát huy tác dụng ở giai đoạn kiểm tra. Theo Luật, khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế, người nộp thuế có quyền:

Quyền luôn đi kèm nghĩa vụ: Thời hạn cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết

Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP không chỉ quy định về quyền. Ngay trong cùng điều khoản, khoản 4 đặt ra nghĩa vụ rất cụ thể:

Người nộp thuế có trách nhiệm cung cấp đầy đủ, chính xác và chịu trách nhiệm trước pháp luật đối với các thông tin, tài liệu tại Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết khi có yêu cầu của cơ quan thuế trong quá trình tham vấn trước khi tiến hành kiểm tra theo quy định tại Điều 21 Nghị định này. Thời hạn cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết không quá 30 ngày làm việc kể từ khi nhận được văn bản yêu cầu của cơ quan thuế. Trường hợp người nộp thuế có lý do chính đáng thì thời hạn cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết được gia hạn 01 lần không quá 15 ngày làm việc, kể từ ngày hết hạn.

Từ quy định này, có thể rút ra 04 điểm cần lưu ý:

• Thời hạn: Không quá 30 ngày làm việc kể từ khi nhận được văn bản yêu cầu của cơ quan thuế.
• Gia hạn có điều kiện: Chỉ khi có lý do chính đáng, chỉ 01 lần và không quá 15 ngày làm việc, tính kể từ ngày hết hạn.
• Bối cảnh yêu cầu: Trong quá trình tham vấn trước khi tiến hành kiểm tra theo Điều 21 Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
• Trách nhiệm: Người nộp thuế phải cung cấp đầy đủ, chính xác và chịu trách nhiệm trước pháp luật về thông tin, tài liệu trong hồ sơ.

Note: Kể cả khi doanh nghiệp thuê đơn vị bên ngoài lập hồ sơ, trách nhiệm trước Pháp luật vẫn thuộc về người nộp thuế. Vì vậy, lựa chọn đơn vị lập hồ sơ có chuyên môn và quy trình kiểm soát chất lượng rõ ràng là quyết định quản trị rủi ro, không chỉ là quyết định mua dịch vụ.

Trên thực tế, 30 ngày làm việc là khoảng thời gian rất ngắn nếu doanh nghiệp chưa có sẵn hồ sơ và phải bắt đầu từ việc thu thập dữ liệu tập đoàn, tìm kiếm doanh nghiệp so sánh, phân tích chức năng. Đó là lý do doanh nghiệp cân nhắc tham khảo related party transaction documentation service từ các đơn vị chuyên trách, kinh nghiêm như MAN – Master Accountant Network để được hỗ trợ, để khi nhận văn bản yêu cầu chỉ cần rà soát và nộp.

Hệ quả khi không tuân thủ

Điều 24 Luật Quản lý thuế 2025 về ấn định thuế đối với người nộp thuế trong trường hợp vi phạm pháp luật về thuế liệt kê các trường hợp ấn định thuế của cơ quan thuế, trong đó có trường hợp dành riêng cho doanh nghiệp có giao dịch liên kết:

Không tuân thủ quy định về nghĩa vụ kê khai, xác định giá giao dịch liên kết hoặc không cung cấp thông tin theo quy định của pháp luật về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết.

Như vậy, nếu doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết nhưng không tuân thủ nghĩa vụ kê khai, xác định giá giao dịch liên kết hoặc không cung cấp thông tin theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết, doanh nghiệp thuộc trường hợp bị ấn định thuế.

Cùng khoản 2 Điều 24 còn một số trường hợp ấn định thuế liên quan chặt chẽ đến hoạt động giao dịch liên kết mà doanh nghiệp cần lưu ý, chẳng hạn:

Không xuất trình sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ và các tài liệu cần thiết liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp trong thời hạn quy định;

Mua, bán, trao đổi và hạch toán, kê khai thuế theo giá trị hàng hóa, dịch vụ không đúng với giá thực tế thanh toán hoặc không theo giá trị giao dịch thông thường trên thị trường làm giảm nghĩa vụ nộp thuế;

Sử dụng chứng từ, tài liệu không phản ánh đúng bản chất giao dịch hoặc giá trị giao dịch thực tế để làm giảm nghĩa vụ thuế. Thực hiện các giao dịch không đúng với bản chất kinh tế nhằm mục đích giảm nghĩa vụ thuế.

Khi bị ấn định thuế, doanh nghiệp vẫn giữ quyền được giải thích về việc ấn định thuế, quyền bảo lưu ý kiến, giải trình và quyền khiếu nại, khởi kiện theo khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025. Nhưng về thực tế, lập luận của doanh nghiệp sẽ yếu đi rất nhiều nếu nguyên nhân bị ấn định là do chính doanh nghiệp không cung cấp hồ sơ đúng hạn.

Conclude

Tóm lại, doanh nghiệp có giao dịch liên kết được hưởng đầy đủ các quyền chung của người nộp thuế, từ quyền được giải thích, giải trình, bảo lưu ý kiến đến quyền khiếu nại, khởi kiện và được bảo mật thông tin; các quyền này luôn đi cùng nghĩa vụ cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết không quá 30 ngày làm việc, gia hạn 01 lần không quá 15 ngày làm việc nếu có lý do chính đáng; và nếu không tuân thủ nghĩa vụ kê khai, xác định giá hoặc không cung cấp thông tin, doanh nghiệp thuộc trường hợp bị ấn định thuế theo điểm i khoản 2 Điều 24 Luật Quản lý thuế 2025.

Nói cách khác, quyền chỉ phát huy tác dụng khi hồ sơ đủ mạnh để làm nền cho lập luận. Nếu doanh nghiệp đang băn khoăn về việc kê khai, lập hồ sơ hay chuẩn bị làm việc với cơ quan thuế trong kỳ đầu áp dụng Nghị định 255/2026/NĐ-CP, related party transaction advisory services của MAN – Master Accountant Network có thể cùng doanh nghiệp rà soát toàn bộ hồ sơ, xác định điểm rủi ro và chuẩn bị phương án giải trình trước khi cơ quan thuế gửi văn bản yêu cầu.

Contact MAN – Master Accountant Network For free support and advice!

Contact information MAN – Master Accountant Network

• Address: No. 19A, Street 43, Tan Thuan Ward, Ho Chi Minh City
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• E-mail: man@man.net.vn
• Google Business Profile: View MAN – Master Accountant Network's Google Business Profile 
• LinkedIn Founder: View expert Le Hoang Tuyen's LinkedIn profile. 

Responsible for production and professional content review by: Mr. Le Hoang Tuyen – Founder & CEO of MAN – Master Accountant Network. He is a CPA Vietnam auditor with over 30 years of in-depth experience in accounting, auditing, taxation, and corporate legal consulting.

Câu hỏi thường gặp về quyền của nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá

Quyền của người nộp thuế trong kê khai và lập hồ sơ xác định giá được quy định ở đâu?

Tại khoản 1 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP. Điều khoản này quy định quyền của người nộp thuế trong kê khai, xác định giá giao dịch liên kết thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

Thời hạn cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết là bao lâu?

Không quá 30 ngày làm việc kể từ khi nhận được văn bản yêu cầu của cơ quan thuế. Trường hợp có lý do chính đáng, thời hạn được gia hạn 01 lần không quá 15 ngày làm việc, kể từ ngày hết hạn (khoản 4 Điều 18 Nghị định 255/2026/NĐ-CP).

Có thể từ chối cung cấp hồ sơ vì cơ quan thuế đã có tài liệu không?

Người nộp thuế không phải nộp các chứng từ, tài liệu, thông tin đã có sẵn trong hồ sơ thuế mà cơ quan quản lý thuế đã có, trừ trường hợp có thay đổi nội dung hoặc theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế để phục vụ kiểm tra thuế. Với Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, doanh nghiệp vẫn có trách nhiệm cung cấp khi có yêu cầu theo khoản 4 Điều 18.

Khi bị kiểm tra, doanh nghiệp có quyền gì?

Doanh nghiệp có quyền từ chối kiểm tra tại trụ sở khi không có quyết định kiểm tra; từ chối kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế khi không có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; từ chối cung cấp tài liệu không liên quan hoặc thuộc bí mật nhà nước (trừ trường hợp pháp luật có quy định khác); được giải trình, bảo lưu ý kiến; khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường, tố cáo theo quy định.