Chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ là vấn đề khiến không ít doanh nghiệp bị truy thu thuế TNDN, phạt chậm nộp sau các đợt thanh tra, dù hồ sơ, hóa đơn tưởng chừng đã đầy đủ. Theo khoản 1 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP, có 03 trường hợp cụ thể mà chi phí phát sinh từ giao dịch liên kết sẽ bị loại khỏi chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN:
- Thanh toán cho bên liên kết không có hoạt động kinh doanh thực chất;
- Quy mô tài sản, nhân sự không tương xứng với giá trị giao dịch;
- Và thanh toán cho bên liên kết cư trú tại vùng lãnh thổ không thu thuế TNDN.
Cùng MAN – Master Accountant Network phân tích từng trường hợp kèm căn cứ pháp lý, hậu quả và giải pháp giúp doanh nghiệp chủ động phòng ngừa rủi ro.
Vì sao cần nắm rõ quy định về chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ?
Chi phí được trừ là một trong những yếu tố quyết định trực tiếp đến số thuế TNDN mà doanh nghiệp phải nộp. Nguyên tắc chung là chi phí thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp thì được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Tuy nhiên, đối với các giao dịch phát sinh giữa doanh nghiệp và bên liên kết, pháp luật thuế đặt ra thêm những điều kiện chặt chẽ hơn, bởi đây là nhóm giao dịch tiềm ẩn nguy cơ bị lợi dụng để chuyển giá, chuyển lợi nhuận, làm giảm nghĩa vụ thuế một cách không hợp lý.
Trong bối cảnh cơ quan thuế Việt Nam ngày càng siết chặt công tác thanh tra, kiểm tra giao dịch liên kết, việc doanh nghiệp không nhận diện đúng những khoản chi phí có nguy cơ bị loại trừ sẽ dẫn đến hàng loạt rủi ro: bị truy thu thuế, bị phạt vi phạm hành chính về thuế, phạt chậm nộp, và trong nhiều trường hợp còn ảnh hưởng đến hồ sơ tuân thủ thuế của doanh nghiệp trong các kỳ thanh tra tiếp theo. Vì vậy, hiểu rõ khi nào chi phí của giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ không chỉ là vấn đề tuân thủ, mà còn là một phần trong chiến lược quản trị rủi ro thuế của doanh nghiệp.
Chi phí được trừ là gì? Điều kiện chung theo Luật Thuế TNDN 2025
Về nguyên tắc, một khoản chi được coi là chi phí được trừ khi nó thực tế phát sinh, phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh và có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định. Đây là nền tảng chung áp dụng cho mọi loại chi phí, bao gồm cả chi phí phát sinh từ giao dịch với bên liên kết. Tuy nhiên, đối với giao dịch liên kết, chỉ đáp ứng điều kiện về hóa đơn, chứng từ là chưa đủ, khoản chi còn phải phản ánh đúng bản chất kinh tế của một giao dịch độc lập và thực sự góp phần tạo ra doanh thu, thu nhập cho doanh nghiệp.
Giao dịch liên kết là gì và ai được xem là bên liên kết?
Giao dịch liên kết là các giao dịch phát sinh giữa doanh nghiệp với các bên có quan hệ liên kết, thường là công ty mẹ, công ty con, công ty cùng tập đoàn, hoặc các bên có mối quan hệ sở hữu, điều hành, kiểm soát lẫn nhau theo quy định pháp luật về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Chính vì mối quan hệ đặc biệt này, giá cả và điều kiện của giao dịch liên kết có thể không phản ánh đúng giá trị thị trường như giao dịch giữa các bên độc lập, dẫn đến nhu cầu phải kiểm soát chặt chẽ hơn về mặt thuế.
Căn cứ pháp lý xác định chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ
Căn cứ xác lập quy định này nằm tại khoản 1 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP về xác định chi phí để tính thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Theo đó, chi phí của giao dịch liên kết không phù hợp bản chất giao dịch độc lập hoặc không góp phần tạo ra doanh thu, thu nhập cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế sẽ không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN trong kỳ.
Có thể thấy, quy định này được xây dựng dựa trên nguyên tắc giao dịch bản chất độc lập (tương đồng với nguyên tắc độc lập), nghĩa là một giao dịch giữa các bên liên kết chỉ được công nhận về mặt thuế nếu nó có nội dung, điều kiện và giá trị tương đương với giao dịch mà các bên độc lập, không có quan hệ liên kết, sẽ thực hiện trong hoàn cảnh tương tự. Nói cách khác, cơ quan thuế sẽ kiểm tra chi tiết bản chất kinh tế thực sự đằng sau mỗi khoản thanh toán cho bên liên kết, thay vì chỉ dựa vào hình thức hợp đồng hay hóa đơn chứng từ đã xuất trình.
Trên thực tế tư vấn cho doanh nghiệp có giao dịch liên kết, đây chính là điểm mà nhiều doanh nghiệp dễ bỏ sót nhất như hồ sơ, hợp đồng có thể đầy đủ về mặt hình thức nhưng nếu không chứng minh được bên liên kết thực sự có hoạt động, có chức năng tương xứng và khoản chi thực sự tạo ra giá trị cho doanh nghiệp, thì rủi ro bị loại chi phí vẫn hiện hữu.
3 trường hợp chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ
Căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP, có ba trường hợp cụ thể mà chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
Trường hợp 1: Thanh toán cho bên liên kết không thực hiện hoạt động sản xuất, kinh doanh thực chất
Trường hợp đầu tiên áp dụng đối với chi phí thanh toán cho bên liên kết không thực hiện bất kỳ hoạt động sản xuất, kinh doanh nào liên quan đến ngành nghề, hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế; đồng thời bên liên kết đó cũng không có quyền lợi, trách nhiệm liên quan đối với tài sản, hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho người nộp thuế.
Để tự rà soát, doanh nghiệp nên đặt câu hỏi: bên liên kết nhận thanh toán có thực sự thực hiện công việc, cung cấp dịch vụ hay chuyển giao tài sản nào hay không? Có bằng chứng nào (nhân sự, cơ sở vật chất, quy trình thực hiện) chứng minh hoạt động đó là có thật hay không? Nếu câu trả lời là không, khoản chi phí này gần như chắc chắn sẽ bị loại khi thanh tra thuế xem xét.
Trường hợp 2: Quy mô tài sản, nhân sự, chức năng không tương xứng với giá trị giao dịch
Trường hợp thứ hai là chi phí thanh toán cho bên liên kết có hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng quy mô tài sản, số lượng nhân viên và chức năng sản xuất, kinh doanh không tương xứng với giá trị giao dịch mà bên liên kết nhận được từ người nộp thuế.
Khác với trường hợp thứ nhất, nơi bên liên kết hoàn toàn không có hoạt động thực chất, trường hợp này áp dụng khi bên liên kết có hoạt động kinh doanh thật, nhưng mức độ hoạt động đó lại quá nhỏ so với số tiền được nhận. Ví dụ, một bên liên kết chỉ có vài nhân sự, quy mô tài sản khiêm tốn, chức năng vận hành đơn giản, nhưng lại nhận được khoản thanh toán rất lớn từ doanh nghiệp, điều này cho thấy sự mất cân xứng giữa “công sức, nguồn lực bỏ ra” và “giá trị nhận được”, là dấu hiệu cho thấy giao dịch không phản ánh đúng bản chất giao dịch độc lập.
Đây cũng chính là lý do vì sao hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, đặc biệt là phần phân tích chức năng, phân tích chức năng thực hiện, tài sản sử dụng và rủi ro gánh chịu của từng bên trong giao dịch. Đây là công cụ then chốt để doanh nghiệp chứng minh sự tương xứng giữa nguồn lực của bên liên kết và giá trị giao dịch, từ đó bảo vệ được tính hợp lý của khoản chi phí đã hạch toán.
Trường hợp 3: Thanh toán cho bên liên kết cư trú tại Quốc gia, vùng lãnh thổ không thu thuế TNDN
Trường hợp thứ ba liên quan đến chi phí thanh toán cho bên liên kết là đối tượng cư trú của một nước hoặc vùng lãnh thổ không thu thuế thu nhập doanh nghiệp, mà khoản chi đó không góp phần tạo ra doanh thu, giá trị gia tăng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế.
Đây là quy định nhằm kiểm soát rủi ro chuyển giá, chuyển lợi nhuận thông qua các giao dịch xuyên biên giới với bên liên kết đặt tại các quốc gia, vùng lãnh thổ có chính sách ưu đãi thuế đặc biệt. Điểm mấu chốt ở đây không nằm ở việc bên liên kết đặt trụ sở ở đâu, mà nằm ở việc khoản chi đó có thực sự tạo ra giá trị gia tăng, đóng góp vào doanh thu, thu nhập của doanh nghiệp tại Việt Nam hay không. Nếu không chứng minh được mối liên hệ này, khoản chi phí sẽ bị loại khỏi chi phí được trừ, bất kể hợp đồng, hóa đơn có đầy đủ về hình thức.
Đối với các doanh nghiệp có hoạt động thanh toán dịch vụ, bản quyền, phí quản lý ra nước ngoài cho bên liên kết, đây là điểm cần đặc biệt lưu ý, bởi mức độ giám sát của cơ quan thuế đối với dòng tiền xuyên biên giới thường khắt khe hơn so với giao dịch nội địa.
Bảng tổng hợp 3 trường hợp chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ
Để dễ đối chiếu và tra cứu nhanh, bảng dưới đây tổng hợp lại đặc điểm nhận diện cùng rủi ro chính của từng trường hợp chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ theo khoản 1 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP:
| Case | Đặc điểm nhận diện | Rủi ro chính |
| Bên liên kết không có hoạt động thực chất | Không thực hiện hoạt động liên quan ngành nghề; không có quyền lợi, trách nhiệm với tài sản, hàng hóa, dịch vụ | Bị loại toàn bộ chi phí do giao dịch không có bản chất kinh tế thực |
| Quy mô không tương xứng với giá trị giao dịch | Tài sản, nhân sự, chức năng nhỏ hơn nhiều so với giá trị thanh toán | Bị coi là giao dịch không phù hợp bản chất giao dịch độc lập |
| Bên liên kết cư trú tại vùng lãnh thổ không thu thuế TNDN | Khoản chi không tạo ra doanh thu, giá trị gia tăng cho doanh nghiệp | Nguy cơ bị nhận diện là hành vi chuyển giá, chuyển lợi nhuận |
Có thể thấy, dù xuất phát từ ba tình huống khác nhau, cả ba trường hợp trên đều quy về một điểm chung, khoản chi phải phản ánh đúng bản chất giao dịch độc lập và thực sự góp phần tạo ra doanh thu, thu nhập cho doanh nghiệp thì mới được ghi nhận là chi phí được trừ. Đây cũng chính là tiêu chí đầu tiên mà doanh nghiệp cần rà soát trước khi hạch toán bất kỳ khoản chi nào phát sinh từ giao dịch với bên liên kết.
Hậu quả khi doanh nghiệp bị loại chi phí giao dịch liên kết khỏi chi phí được trừ
Khi một khoản chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ, hậu quả trực tiếp và dễ thấy nhất là thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp sẽ tăng lên tương ứng, kéo theo số thuế TNDN phải nộp cũng tăng theo. Trong nhiều trường hợp thanh tra, khoản chi phí bị loại có thể lên đến hàng tỷ, thậm chí hàng chục tỷ đồng, khiến số thuế truy thu trở thành gánh nặng tài chính đáng kể.
Bên cạnh số thuế bị truy thu, doanh nghiệp còn phải đối mặt với các khoản phạt chậm nộp tính trên số tiền thuế truy thu, cùng với các mức phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định. Ngoài thiệt hại trực tiếp về tài chính, việc bị điều chỉnh chi phí giao dịch liên kết còn ảnh hưởng đến hồ sơ tuân thủ thuế của doanh nghiệp, một yếu tố mà cơ quan thuế thường xem xét khi đánh giá mức độ rủi ro để lên kế hoạch thanh tra, kiểm tra trong các năm tiếp theo. Nói cách khác, một lần bị loại chi phí có thể kéo theo sự giám sát chặt chẽ hơn trong dài hạn.
Giải pháp giúp doanh nghiệp tránh bị loại chi phí giao dịch liên kết khỏi chi phí được trừ
Chuẩn bị hồ sơ đầy đủ hồ sơ chứng minh bản chất giao dịch độc lập
Doanh nghiệp cần lưu giữ đầy đủ hợp đồng, chứng từ giao dịch, và quan trọng hơn là các tài liệu chứng minh bản chất kinh tế thực sự của giao dịch: bằng chứng về hoạt động thực tế của bên liên kết, kết quả công việc, dịch vụ được cung cấp, cũng như phân tích chức năng, tài sản, rủi ro của từng bên tham gia giao dịch.
Xây dựng chính sách giá giao dịch liên kết phù hợp nguyên tắc giao dịch độc lập
Việc xây dựng chính sách giá nội bộ dựa trên nguyên tắc bản chất giao dịch độc lập, có so sánh với giá thị trường của các giao dịch tương đồng giữa các bên độc lập, sẽ giúp doanh nghiệp có căn cứ vững chắc để bảo vệ tính hợp lý của chi phí khi bị thanh tra, kiểm tra.
Rà soát định kỳ các giao dịch với bên liên kết ở vùng lãnh thổ ưu đãi thuế
Đối với các giao dịch thanh toán ra nước ngoài cho bên liên kết đặt tại quốc gia, vùng lãnh thổ không thu thuế TNDN, doanh nghiệp cần rà soát định kỳ để đảm bảo có đủ căn cứ chứng minh khoản chi thực sự góp phần tạo ra doanh thu, giá trị gia tăng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh tại Việt Nam.
Vai trò của đơn vị tư vấn chuyên môn trong việc kiểm soát rủi ro
Do tính chất phức tạp và yêu cầu cao về hồ sơ chứng minh, nhiều doanh nghiệp lựa chọn hợp tác với đơn vị tư vấn chuyên sâu về giao dịch liên kết để rà soát định kỳ các giao dịch, xây dựng hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết đúng chuẩn, từ đó giảm thiểu rủi ro bị loại chi phí khi cơ quan thuế thanh tra.
Conclude
Tóm lại, chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN trong ba trường hợp chính:
- Chi phí thanh toán cho bên liên kết không có hoạt động sản xuất, kinh doanh thực chất;
- Chi phí thanh toán cho bên liên kết có quy mô tài sản, nhân sự, chức năng không tương xứng với giá trị giao dịch;
- Và chi phí thanh toán cho bên liên kết cư trú tại quốc gia, vùng lãnh thổ không thu thuế TNDN mà không góp phần tạo ra doanh thu, giá trị gia tăng cho doanh nghiệp.
Đây đều là những trường hợp xuất phát từ một nguyên tắc xuyên suốt: chi phí giao dịch liên kết chỉ được công nhận khi phản ánh đúng bản chất giao dịch độc lập và thực sự đóng góp vào hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp. Để chủ động phòng ngừa rủi ro bị truy thu thuế, phạt chậm nộp và ảnh hưởng đến hồ sơ tuân thủ thuế, doanh nghiệp có giao dịch liên kết nên chủ động tham vấn dịch vụ tư vấn giao dịch liên kết từ các đơn vị chuyên trách, kinh nghiệm như MAN – Master Accountant Network để đảm bảo đầy đủ hồ sơ chứng minh bản chất giao dịch độc lập.
Contact MAN – Master Accountant Network để được hỗ trợ và tư vấn chuyên sâu!
Contact information MAN – Master Accountant Network
- Address: Số 19A, Đường 43, Phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- E-mail: man@man.net.vn
- Google Business Profile: Xem Google Business Profile của MAN – Master Accountant Network
- LinkedIn Founder: Xem hồ sơ LinkedIn của chuyên gia Lê Hoàng Tuyên
Phụ trách sản xuất và kiểm duyệt nội dung chuyên môn bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network. Ông là Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm sâu sắc trong lĩnh vực Kế toán, Kiểm toán, Thuế và Tư vấn Pháp lý doanh nghiệp.
Câu hỏi thường gặp về chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ
Chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ có bị tính vào thu nhập chịu thuế TNDN không?
Đúng vậy. Khi một khoản chi phí bị loại khỏi chi phí được trừ, khoản đó sẽ làm tăng thu nhập chịu thuế TNDN của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế tương ứng, kéo theo số thuế TNDN phải nộp tăng lên.
Doanh nghiệp cần lưu giữ hồ sơ gì để chứng minh giao dịch liên kết hợp lệ?
Doanh nghiệp cần lưu giữ hợp đồng, chứng từ thanh toán, tài liệu chứng minh hoạt động thực tế của bên liên kết, cùng hồ sơ phân tích chức năng, tài sản, rủi ro nhằm chứng minh bản chất giao dịch độc lập và sự tương xứng giữa nguồn lực của bên liên kết với giá trị giao dịch.
Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định về vấn đề gì liên quan đến chi phí giao dịch liên kết?
Nghị định 255/2026/NĐ-CP, cụ thể tại khoản 1 Điều 16, quy định về việc xác định chi phí để tính thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, trong đó nêu rõ các trường hợp chi phí giao dịch liên kết không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
Thu nhập chịu thuế TNDN theo Luật Thuế TNDN 2025 gồm những khoản nào?
Theo Điều 3 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, thu nhập chịu thuế TNDN bao gồm thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ và các khoản thu nhập khác như thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản, thu nhập từ lãi tiền gửi, tiền cho vay, và nhiều khoản thu nhập khác theo quy định.