Trong bối cảnh doanh nghiệp ngày càng mở rộng đầu tư, hợp tác xuyên biên giới và phát sinh nhiều giao dịch với công ty mẹ, công ty con hoặc các bên có quan hệ đặc biệt, vấn đề thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết đang trở thành trọng tâm quản lý của cơ quan thuế. Đây là lĩnh vực có mức độ rủi ro cao vì liên quan trực tiếp đến việc xác định giá chuyển nhượng, chi phí lãi vay, phí dịch vụ nội bộ và nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp.
Chỉ cần kê khai thiếu, lập hồ sơ chưa đầy đủ hoặc xác định sai bản chất giao dịch, doanh nghiệp hoàn toàn có thể bị truy thu thuế, loại chi phí hoặc xử phạt hành chính với mức phạt lớn. Vì vậy, việc hiểu rõ quy định pháp luật mới nhất về thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định mà còn là giải pháp quan trọng để hạn chế rủi ro pháp lý và tài chính trong dài hạn.
Những thay đổi mới nhất về thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết
Từ kỳ tính thuế TNDN năm 2024, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý đến Decree 20/2025/ND-CP có hiệu lực từ ngày 27/03/2025. Đây là văn bản sửa đổi, bổ sung nhiều nội dung quan trọng của Decree 132/2020/ND-CP và tác động trực tiếp đến hoạt động thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết.
Một trong những điểm thay đổi đáng chú ý nhất là quy định liên quan đến các khoản vay từ tổ chức tín dụng. Theo đó, nếu doanh nghiệp vay vốn từ ngân hàng hoặc tổ chức tín dụng mà khoản vay này không chịu sự kiểm soát, điều hành từ phía bên vay thì giao dịch đó sẽ không còn bị xem là giao dịch liên kết.
Quy định mới này giúp nhiều doanh nghiệp giảm áp lực kê khai, đồng thời hạn chế tình trạng bị khống chế chi phí lãi vay khi quyết toán thuế TNDN như trước đây. Đây cũng là nội dung thường xuyên được rà soát trong quá trình thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết.
Ngoài ra, Nghị định 20/2025/NĐ-CP cũng quy định rõ trách nhiệm phối hợp của Ngân hàng Nhà nước trong việc cung cấp thông tin về lãi suất, khoản vay, lịch trả nợ và các dữ liệu liên quan cho cơ quan thuế khi cần thiết. Điều này cho thấy việc kiểm soát thông tin tài chính ngày càng chặt chẽ và minh bạch hơn.
Bên cạnh đó, Phụ lục I về thông tin quan hệ liên kết và giao dịch liên kết cũng đã được thay thế bằng biểu mẫu mới. Doanh nghiệp cần rà soát lại toàn bộ hệ thống kê khai để đảm bảo phù hợp với quy định hiện hành, tránh phát sinh rủi ro khi bị thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết.
Nghĩa vụ doanh nghiệp cần tuân thủ khi thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết
Theo Luật Quản lý thuế năm 2019, doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết bắt buộc phải lập, lưu trữ và cung cấp hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo quy định.
Bộ hồ sơ này bao gồm:
- Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết (Local File)
- Master File
- Country-by-Country Reporting (CbCR)
Các tài liệu này phải thể hiện rõ bản chất giao dịch, nguyên tắc xác định giá, phương pháp so sánh độc lập, dữ liệu phân tích và các điều chỉnh liên quan. Đây là căn cứ quan trọng nhất trong quá trình thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết.
Tuy nhiên, một số trường hợp doanh nghiệp được miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết, bao gồm:
- Chỉ phát sinh giao dịch với bên liên kết trong nước, cùng mức thuế suất và không hưởng ưu đãi thuế
- Doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng trong năm
- Doanh nghiệp có chức năng đơn giản, không khai thác tài sản vô hình, doanh thu dưới 200 tỷ đồng và đạt tỷ suất lợi nhuận tối thiểu theo quy định.
See details: Miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết.
Ngoài ra, hồ sơ giao dịch liên kết phải được hoàn thiện trước thời điểm nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN hằng năm và phải sẵn sàng cung cấp trong vòng 30 ngày kể từ khi cơ quan thuế yêu cầu. Trường hợp hợp lý, doanh nghiệp có thể được gia hạn thêm 15 ngày.
Việc chuẩn bị hồ sơ chậm trễ là nguyên nhân phổ biến khiến doanh nghiệp gặp bất lợi khi bị thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết.
Rủi ro và mức xử phạt khi vi phạm trong thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết
Nếu doanh nghiệp không nộp đúng hạn các phụ lục giao dịch liên kết kèm theo hồ sơ quyết toán thuế, mức xử phạt hành chính có thể dao động từ 8 đến 15 triệu đồng tùy theo mức độ vi phạm.
Trường hợp kê khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, doanh nghiệp sẽ bị xử phạt 20% trên phần thuế thiếu, kể cả khi đã có hồ sơ xác định giá thị trường.
Đặc biệt, trong quá trình thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết, nếu cơ quan thuế phát hiện dấu hiệu chuyển giá hoặc hành vi trốn thuế thông qua thao túng giá giao dịch, mức xử phạt sẽ nghiêm trọng hơn rất nhiều.
Doanh nghiệp có thể bị:
- Truy thu toàn bộ phần thuế thiếu
- Tính tiền chậm nộp
- Bị ấn định thuế
- Áp dụng tỷ suất lợi nhuận tham chiếu từ công ty mẹ hoặc dữ liệu bí mật của cơ quan thuế.
Đây là rủi ro lớn nhất khiến nhiều doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đặc biệt quan tâm đến việc chuẩn bị hồ sơ phục vụ thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết.
Quy trình thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết diễn ra như thế nào?
Hiểu rõ quy trình kiểm tra sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc chuẩn bị và phối hợp với cơ quan quản lý thuế.
Bước 1: Kiểm tra tính tuân thủ hồ sơ
Cơ quan thuế sẽ rà soát việc doanh nghiệp đã declaration of related party transactions đầy đủ các biểu mẫu liên quan hay chưa, bao gồm Mẫu 01, Mẫu 02, Mẫu 03, Mẫu 04 và các phụ lục bắt buộc khác.
Đồng thời, cơ quan thuế cũng kiểm tra tính nhất quán giữa các biểu mẫu và mức độ đầy đủ của hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.
Đây là bước đầu tiên trong hoạt động thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết.
Bước 2: Phân tích hiệu quả kinh doanh
Cơ quan thuế sẽ đánh giá doanh thu, lợi nhuận, tỷ suất sinh lời và so sánh với khoảng giá thị trường phù hợp.
Nếu doanh nghiệp có tỷ suất lợi nhuận thấp bất thường hoặc không phù hợp với chức năng hoạt động thực tế, cơ quan thuế có thể tiến hành điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế.
Bước 3: Rà soát các giao dịch liên kết trọng yếu
Những giao dịch có giá trị lớn hoặc bản chất phức tạp sẽ được kiểm tra kỹ hơn, bao gồm:
- Phí bản quyền
- Phí dịch vụ nội bộ tập đoàn
- Interest expense
- Phân bổ chi phí quản lý
- Giao dịch chuyển giao tài sản vô hình
Doanh nghiệp phải cung cấp đầy đủ hợp đồng, chứng từ thanh toán và bằng chứng chứng minh lợi ích kinh tế thực tế của các khoản chi này.
Đây là nội dung trọng tâm nhất trong thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết.
Bước 4: Lập biên bản và kết luận thanh tra
Sau khi tổng hợp dữ liệu, cơ quan thuế sẽ lập biên bản thanh tra và đưa ra kết luận chính thức.
Doanh nghiệp có quyền ghi rõ ý kiến bảo lưu nếu không đồng ý với nội dung kết luận. Đây là cơ sở quan trọng để thực hiện giải trình bổ sung hoặc khiếu nại sau này nếu cần thiết.
Doanh nghiệp cần làm gì để giảm rủi ro khi thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết?
Để hạn chế rủi ro, doanh nghiệp cần chủ động chuẩn bị ngay từ đầu thay vì chờ đến khi nhận quyết định thanh tra. Trước hết, cần rà soát toàn bộ hồ sơ giao dịch liên kết, kiểm tra tính hợp lý của các khoản chi phí, đặc biệt là chi phí lãi vay, phí dịch vụ nội bộ và các giao dịch xuyên biên giới.
Doanh nghiệp cũng nên thường xuyên cập nhật xu hướng thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết, theo dõi các chuyên đề thanh tra của cơ quan thuế và kết quả kiểm tra các năm trước để điều chỉnh kịp thời. Trong quá trình thanh tra, việc cung cấp hồ sơ đúng hạn, giải trình rõ ràng và thống nhất dữ liệu là yếu tố rất quan trọng giúp giảm thiểu tranh chấp.
Sau thanh tra, nếu đồng thuận với kết luận, doanh nghiệp có thể sử dụng kết quả đó như một cơ sở tham chiếu cho các năm tiếp theo. Nếu chưa đồng thuận, cần bảo lưu quan điểm và chuẩn bị hồ sơ khiếu nại đầy đủ, hợp lý.
Để chủ động giảm rủi ro khi có quyết định thanh tra, doanh nghiệp nên tham vấn các đơn vị chuyên Transfer pricing consultancy uy tín và có kinh nghiệm để có giải pháp an toàn và tối ưu nhất.
Câu hỏi thường gặp về thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết
Doanh nghiệp thường bị thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết khi phát sinh giao dịch lớn với bên liên kết, có dấu hiệu lợi nhuận thấp bất thường, chi phí lãi vay cao, liên tục báo lỗ hoặc kê khai chưa đầy đủ phụ lục giao dịch liên kết. Đây là những tiêu chí rủi ro được cơ quan thuế ưu tiên kiểm tra.
Doanh nghiệp phải hoàn thiện hồ sơ giao dịch liên kết trước thời điểm nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hằng năm. Khi cơ quan thuế yêu cầu trong quá trình thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết, hồ sơ phải được cung cấp trong vòng 30 ngày, có thể gia hạn thêm 15 ngày nếu có lý do hợp lý.
Các khoản thường bị rà soát kỹ gồm chi phí lãi vay, phí dịch vụ nội bộ tập đoàn, phí bản quyền, chi phí quản lý phân bổ và các giao dịch chuyển giao tài sản vô hình. Đây là những khu vực có rủi ro chuyển giá cao và thường là trọng tâm trong các cuộc thanh tra chuyên sâu.
Doanh nghiệp nên rà soát hồ sơ định kỳ, chuẩn hóa chứng từ, xác định rõ bản chất giao dịch và xây dựng hồ sơ xác định giá thị trường ngay từ đầu. Việc chuẩn bị sớm giúp giải trình thuận lợi hơn, giảm nguy cơ bị truy thu thuế hoặc bị ấn định thuế khi thanh tra xảy ra.Khi nào doanh nghiệp bị thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết?
Hồ sơ giao dịch liên kết phải chuẩn bị trước thời điểm nào?
Cơ quan thuế thường kiểm tra những khoản mục nào nhất?
Làm sao để giảm rủi ro khi thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết?
Conclude
Trong môi trường kinh doanh hiện đại, giao dịch liên kết là hoạt động phổ biến, đặc biệt với các doanh nghiệp FDI, doanh nghiệp đa quốc gia và doanh nghiệp có cấu trúc tập đoàn. Tuy nhiên, đây cũng là lĩnh vực tiềm ẩn rủi ro thuế rất lớn nếu không được kiểm soát đúng cách.
Việc nắm vững quy định mới nhất về thanh tra thuế đối với giao dịch liên kết, đặc biệt là các thay đổi từ Nghị định 20/2025/NĐ-CP và Nghị định 132/2020/NĐ-CP, sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong công tác kê khai, lập hồ sơ và bảo vệ mình trước các cuộc kiểm tra của cơ quan thuế.
Contact MAN – Master Accountant Network để được hỗ trợ và tư vấn miễn phí!
Contact information MAN – Master Accountant Network
- Address: No. 19A, Street 43, Tan Thuan Ward, Ho Chi Minh City
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Content production by: Mr. Le Hoang Tuyen – Founder and CEO of MAN – Master Accountant Network, CPA Vietnam with over 30 years of experience in accounting, auditing, and financial consulting.