Chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết có sao không?

Chưa nộp related party transaction appendix có sao không? Trong bối cảnh năm 2026, khi cơ quan thuế tăng cường kiểm soát giao dịch liên kết theo Decree 132/2020/ND-CP, Decree 20/2025/ND-CP sửa đổi, bổ sung từ Nghị định 132 và ứng dụng AI vào phân tích dữ liệu, việc bỏ sót các phụ lục này không còn là lỗi thủ tục đơn giản. Doanh nghiệp có thể đối mặt với nguy cơ bị xử phạt hành chính, loại chi phí lãi vay và thậm chí bị ấn định thuế với hệ lụy tài chính nghiêm trọng. Bài viết sẽ giúp doanh nghiệp nhận diện đầy đủ rủi ro và đưa ra giải pháp xử lý kịp thời, chuẩn quy định. 

Hiểu đúng về Phụ lục 01, 02, 03 trong hồ sơ giao dịch liên kết

Để trả lời câu hỏi chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết có sao không? Trước hết cần hiểu rõ bản chất của các loại phụ lục này theo quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Việc chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết thường bắt nguồn từ sự nhầm lẫn giữa các loại tài liệu hoặc do doanh nghiệp chưa nhận diện được quan hệ liên kết trong hoạt động kinh doanh.

• Phụ lục 01 (Thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết): Đây là tờ khai quan trọng nhất, yêu cầu doanh nghiệp liệt kê chi tiết các bên có quan hệ liên kết, loại hình giao dịch (mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, vay mượn…), giá trị giao dịch và phương pháp xác định giá đang áp dụng. Phụ lục này phải được nộp cùng thời điểm với Tờ khai quyết toán thuế TNDN.
• Phụ lục 02 (Danh mục hồ sơ quốc gia – Local File): Đây là bản kê khai xác nhận sự tồn tại và sẵn sàng của Hồ sơ quốc gia. Hồ sơ này tập trung vào các phân tích chi tiết về hoạt động kinh doanh của người nộp thuế tại Việt Nam, bao gồm cả phân tích chức năng và phân tích tài chính của các giao dịch với bên liên kết.
• Phụ lục 03 (Danh mục hồ sơ toàn cầu – Master File): Tương tự như Phụ lục 02, đây là bản kê khai xác nhận về Hồ sơ toàn cầu, cung cấp cái nhìn tổng quát về tập đoàn đa quốc gia, cấu trúc sở hữu, chiến lược kinh doanh toàn cầu, và vị trí của pháp nhân Việt Nam trong chuỗi giá trị chung.

Thời hạn nộp phụ lục giao dịch liên kết

Luật Quản lý thuế quy định thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế năm là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Việc doanh nghiệp chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết cùng lúc với tờ khai này được coi là nộp hồ sơ quyết toán không đầy đủ, không đúng quy định pháp luật. Hệ thống quản lý thuế tập trung (TMS) của Tổng cục Thuế sẽ tự động ghi nhận lỗi và đưa doanh nghiệp vào danh sách theo dõi vi phạm hành chính.

Rủi ro khi chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết

Năm 2026, cơ quan thuế không còn chỉ dừng lại ở việc nhắc nhở hay hỗ trợ giải đáp. Sự phát triển của hạ tầng số cho phép việc thanh tra diễn ra quyết liệt hơn. Việc thiếu sót các phụ lục này sẽ kéo theo chuỗi hệ lụy từ hành chính đến tài chính mà doanh nghiệp khó lòng chống đỡ.

Xử phạt vi phạm hành chính về thủ tục thuế Nghị định 125/2020/NĐ-CP

Khi doanh nghiệp chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết, hành vi này sẽ bị áp khung xử phạt theo Decree 125/2020/ND-CP về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.

• Mức phạt cơ bản: Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với hành vi không nộp các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết kèm theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Bậc thang phạt: Nếu nộp chậm dưới 90 ngày, mức phạt có thể nhẹ hơn nếu doanh nghiệp có tình tiết giảm nhẹ. Tuy nhiên, nếu việc chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết kéo dài quá 90 ngày hoặc chỉ được thực hiện sau khi có thông báo của cơ quan chức năng, mức phạt sẽ áp dụng ở khung cao nhất kèm theo các biện pháp cưỡng chế hành chính nếu không chấp hành.

Note: Mức phạt này áp dụng riêng biệt cho từng kỳ tính thuế. Nếu doanh nghiệp có giao dịch liên kết trong 3 năm liên tiếp nhưng đều quên kê khai, tổng số tiền phạt hành chính có thể lên tới gần 50 triệu đồng chưa tính các khoản lãi 0.03%/ngày.

Bị loại trừ chi phí lãi vay

Đây là rủi ro tiềm ẩn mà nhiều doanh nghiệp thường chủ quan bỏ qua. Theo Điều 15 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, tổng chi phí lãi vay được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN không vượt quá 30% EBITDA.

Tuy nhiên, quyền lợi được chuyển phần chi phí lãi vay vượt trần sang các kỳ tính thuế tiếp theo (trong vòng không quá 5 năm) chỉ dành cho những doanh nghiệp tuân thủ đầy đủ quy định về kê khai thuế. Nếu doanh nghiệp chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết, cơ quan thuế có đủ căn cứ pháp lý để bác bỏ quyền lợi chuyển chi phí này.

Kết quả là doanh nghiệp bị loại vĩnh viễn phần chi phí lãi vay vượt mức 30% EBITDA, làm tăng thu nhập chịu thuế một cách cơ học và gây tổn thất tài chính trực tiếp. Việc chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết trong trường hợp này biến một khoản chi phí hợp lý thành chi phí bị loại, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền kinh doanh.

Để tránh các sai sót không đáng có xảy ra, doanh nghiệp nên tham khảo dịch vụ tư vấn giao dịch liên kết từ các đơn vị có chuyên môn, uy tín và kinh nghiệm để được rà soát toàn bộ hệ thống số liệu và đảm bảo tính tuân thủ tối đa trước kỳ quyết toán.

Nguy cơ bị Ấn định thuế

Rủi ro nặng nề nhất khi chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết chính là việc doanh nghiệp mất quyền tự kê khai và bị cơ quan thuế Ấn định thuế. Đây được coi là hệ lụy nghiêm trọng nhất về tài chính đối với nhiều đơn vị.

Căn cứ Khoản 1 Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019 và Điều 20 Nghị định 132/2020/NĐ-CP:

• Khi người nộp thuế không kê khai, kê khai không đầy đủ thông tin hoặc chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết, cơ quan thuế có quyền sử dụng cơ sở dữ liệu nội bộ (CSDL thương mại, dữ liệu ngành) để ấn định mức giá, tỷ suất lợi nhuận hoặc tỷ lệ phân bổ lợi nhuận cho doanh nghiệp.

Hệ lụy có thể:

• Truy thu thuế: Mức lợi nhuận ấn định thường dựa trên các doanh nghiệp so sánh có chỉ số kinh doanh tốt nhất ngành, cao hơn nhiều so với con số thực tế doanh nghiệp đạt được.
• Phạt vi phạm: Phạt 20% trên số thuế thiếu do hành vi kê khai sai hoặc thiếu thông tin dẫn đến thiếu thuế.
• Tiền chậm nộp: Tính 0.03%/ngày trên tổng số thuế truy thu. Khoản tiền này tích lũy theo thời gian từ thời điểm quyết toán đến lúc thanh tra (thường là 3 – 5 năm) tạo nên con số khổng lồ.

Các trường hợp doanh nghiệp thường bỏ quên trong phụ lục giao dịch liên kết

Từ kinh nghiệm thực tiễn, việc doanh nghiệp chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết thường rơi vào các kịch bản sau:

• Vay mượn từ cá nhân điều hành (Giám đốc/Chủ sở hữu): Đây là lỗi phổ biến nhất tại Việt Nam. Theo điểm l, khoản 2, điều 5 Nghị định 132, nếu cá nhân cho doanh nghiệp vay ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu, thì cá nhân đó và doanh nghiệp là các bên liên kết. Nhiều kế toán không thực hiện kê khai vì cho rằng “vay không lãi thì không có giao dịch”, nhưng thực chất việc không lãi suất chính là một giao dịch liên kết không theo giá thị trường.
• Giao dịch giữa các công ty anh – em trong cùng một hệ sinh thái: Dù cùng ở Việt Nam, cùng áp dụng một mức thuế suất TNDN 20% nhưng nếu có giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ, thuê văn phòng… thì vẫn phải kê khai. Sai lầm khi cho rằng “không có rủi ro thất thoát thuế thì không cần kê khai” dẫn đến việc doanh nghiệp chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết và bị phạt hành chính oan uổng.
• Doanh nghiệp hưởng ưu đãi thuế (Khu chế xuất, phần mềm): Cơ quan thuế đặc biệt chú trọng các doanh nghiệp này để kiểm soát việc chuyển lợi nhuận từ nơi thuế suất cao về nơi thuế suất thấp. Việc chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết ở đây sẽ kích hoạt lệnh kiểm tra toàn diện của thanh tra giá chuyển nhượng.

Quy trình thanh tra và đối chiếu dữ liệu

Năm 2026, cơ quan thuế áp dụng quy trình kiểm soát 3 lớp đối với các đơn vị có nghi vấn chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết:

• Lớp 1 – Đối chiếu Tờ khai: Hệ thống AI quét toàn bộ số dư tài khoản 341 (Vay và nợ thuê tài chính), tài khoản 131, 331 trên Bảng cân đối kế toán. Nếu phát hiện số dư vay lớn từ các bên có tên trùng khớp với thành viên hội đồng quản trị nhưng lại chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết, hệ thống sẽ gửi thông báo cảnh báo tự động.
• Lớp 2 – Phân tích biên lợi nhuận: Cơ quan thuế so sánh biên lợi nhuận gộp và lợi nhuận thuần của doanh nghiệp với trung bình ngành. Nếu thấp hơn ngưỡng an toàn trong khi doanh nghiệp chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết, hồ sơ sẽ bị đưa vào diện kiểm tra tại bàn.
• Lớp 3 – Thanh tra tại trụ sở: Đây là bước cuối cùng. Nếu doanh nghiệp vẫn không giải trình được lý do chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết hoặc không cung cấp được Hồ sơ xác định giá (Local File/Master File), đoàn thanh tra sẽ tiến hành ấn định thuế ngay lập tức.

Trong trường hợp doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao, việc thuê đơn vị bên ngoài thực hiện thuê lập hồ sơ giao dịch liên kết là giải pháp tối ưu để bảo vệ lợi ích hợp pháp, giúp doanh nghiệp có sẵn bộ hồ sơ chứng minh tính hợp lý của giá giao dịch trước khi đoàn thanh tra vào làm việc

Hướng dẫn xử lý khi phát hiện chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết

Nếu doanh nghiệp phát hiện mình đang trong tình trạng chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết, hãy thực hiện lộ trình ngay sau đây để giảm thiểu tối đa thiệt hại:

Bước 1: Rà soát quan hệ liên kết và giá trị giao dịch

Kiểm tra lại danh sách cổ đông, các bên liên kết theo Điều 5 Nghị định 132. Tính toán tổng giá trị giao dịch mua, bán, vay trong năm. Lưu ý: Ngay cả khi giao dịch không thu tiền (như mượn tài sản, hỗ trợ kỹ thuật miễn phí) cũng phải liệt kê để xác định nghĩa vụ kê khai.

Bước 2: Nộp bổ sung hồ sơ thuế ngay lập tức

Nếu cơ quan thuế chưa ban hành quyết định kiểm tra, hãy nộp bổ sung Phụ lục 01, 02, 03. Việc chủ động khắc phục hành vi chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết trước khi bị thanh tra là điều kiện tiên quyết để áp dụng mức phạt tối thiểu hoặc được miễn phạt nếu chứng minh được sai sót do nhầm lẫn kỹ thuật và không làm thiếu số thuế phải nộp.

Bước 3: Hoàn thiện Hồ sơ xác định giá (TP Documentation)

Đừng chỉ nộp phụ lục rồi để đó. Phụ lục chỉ là bề nổi của tảng băng. Doanh nghiệp cần chuẩn bị sẵn Hồ sơ quốc gia và Hồ sơ toàn cầu để chứng minh mức giá giao dịch là phù hợp với giá thị trường. Khi có hồ sơ bài bản, dù trước đó doanh nghiệp có lỗi chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết, khả năng đàm phán với cơ quan thuế để tránh bị ấn định thuế sẽ cao hơn rất nhiều.

Reference: Dịch vụ xác định giá giao dịch liên kết.

Conclude

Việc chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết không còn là một thiếu sót nhỏ, mà à dấu hiệu rủi ro cao trong mắt cơ quan thuế. Dưới khung pháp lý của Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp không chỉ đối mặt với xử phạt hành chính mà còn có nguy cơ bị loại chi phí hợp lệ, truy thu thuế và thậm chí bị ấn định thuế với chi phí tài chính rất lớn.

Thay vì xử lý bị động khi có thanh tra, doanh nghiệp cần chủ động rà soát giao dịch liên kết, hoàn thiện phụ lục và chuẩn bị hồ sơ xác định giá ngay từ đầu. Đây không chỉ là nghĩa vụ tuân thủ, mà còn là cách bảo vệ lợi ích tài chính và giảm thiểu rủi ro dài hạn. 

Liên hệ MAN – Master Accountant Netwok để được tư vấn và hỗ trợ kịp thời!

Contact information MAN – Master Accountant Network

• Address: No. 19A, Street 43, Tan Thuan Ward, Ho Chi Minh City
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Content is moderated by: Mr. Le Hoang Tuyen – Founder & CEO of Man, CPA Vietnam Auditor with over 30 years of experience in Accounting, Auditing and Financial Consulting.

Giải đáp thắc mắc về việc chưa nộp phụ lục giao dịch liên kết