Lập hồ sơ giao dịch liên kết đầy đủ, đúng quy định

Lập hồ sơ giao dịch liên kết không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là chiến lược quan trọng giúp doanh nghiệp bảo vệ uy tín, minh bạch tài chính và duy trì sự phát triển ổn định. Theo Nghị định số 132/2020/NĐ-CP của Chính phủ, doanh nghiệp có nghĩa vụ kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết khi có phát sinh giao dịch với các bên có quan hệ liên kết.

Việc chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, chính xác ngay từ đầu không chỉ giúp tiết kiệm chi phí mà còn giảm thiểu rủi ro sai sót trong quá trình kiểm tra, thanh tra thuế. Căn cứ quy định tại Điều 19 của Nghị định 132, người nộp thuế có thể được miễn lập hồ sơ xác định giao dịch liên kết trong một số trường hợp nhất định. Hãy cùng MAN – Master Accountant Network tìm hiểu ngay sau đây.

Thế nào là lập hồ sơ giao dịch liên kết?

Lập hồ sơ giao dịch liên kết là quá trình hệ thống hóa, ghi chép và phân tích toàn bộ các giao dịch giữa các bên có quan hệ liên kết nhằm chứng minh rằng các giao dịch đó đã được thực hiện theo nguyên tắc giá thị trường (Arm’s Length). Mục tiêu lập hồ sơ giao dịch liên kết không chỉ là nghĩa vụ pháp lý bắt buộc theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP mà còn là cơ sở chuyên môn quan trọng để bảo vệ doanh nghiệp trước các cuộc thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế và cung cấp bằng chứng minh bạch khi giải trình với cổ đông, đối tác hoặc các bên liên quan.

Tầm quan trọng của việc lập hồ sơ giao dịch liên kết

Lập hồ sơ giao dịch liên kết ngày nay không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là công cụ then chốt giúp doanh nghiệp:

• Giảm thiểu rủi ro thuế: Hạn chế nguy cơ bị cơ quan thuế truy thu, xử phạt hành chính hoặc áp dụng biện pháp ấn định thuế do sai sót trong kê khai giao dịch liên kết.
• Chứng minh tuân thủ chuẩn quốc tế: Phân tích so sánh với dữ liệu thị trường độc lập, thể hiện việc áp dụng đúng nguyên tắc giá thị trường (Arm’s Length Principle).
• Nâng cao tính minh bạch tài chính: Hồ sơ đầy đủ, phương pháp xác định giá phù hợp với ngành nghề mà doanh nghiệp đang hoạt động, dữ liệu so sánh (Benchmarking) từ 3 – 5 công ty tương đồng cùng ngành, tài liệu chứng minh tính thực tế của giao dịch, giúp bộ hồ sơ giao dịch liên kết của doanh nghiệp có tính thuyết phục cao.
• Tăng uy tín với cơ quan quản lý và đối tác: Một bộ hồ sơ giao dịch liên kết chuẩn sẽ tạo sự thuyết phục, củng cố niềm tin với cơ quan thuế, nhà đầu tư và các bên liên quan.
• Chủ động phòng ngừa tranh chấp: Giảm khả năng bị nghi ngờ về hành vi chuyển giá hoặc gian lận, đồng thời hỗ trợ doanh nghiệp trong quá trình thanh tra, kiểm toán thuế.

Đối tượng nào cần lập hồ sơ giao dịch liên kết?

Đối tượng phải lập hồ sơ giao dịch liên kết không chỉ giới hạn ở các tập đoàn đa quốc gia mà còn bao gồm nhiều loại hình doanh nghiệp khác nhau. Theo quy định của Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Nghị định 20/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung từ Nghị định 132. Những doanh nghiệp có phát sinh giao dịch với công ty mẹ, công ty con, chi nhánh, hoặc các bên liên kết khác đều thuộc diện xem xét. Điều này áp dụng cho cả doanh nghiệp FDI (có vốn đầu tư nước ngoài) lẫn doanh nghiệp nội địa tham gia vào chuỗi giá trị xuyên biên giới hoặc duy trì các giao dịch liên tục, có giá trị lớn.

Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp Việt Nam thường lầm tưởng chỉ những công ty có vốn nước ngoài mới cần lập hồ sơ giao dịch liên kết. Tuy nhiên, cơ quan thuế đã khẳng định rất rõ:

“Mọi doanh nghiệp có quan hệ liên kết và phát sinh giao dịch liên kết đều có khả năng thuộc diện lập hồ sơ giao dịch liên kết, bất kể vốn trong nước hay vốn nước ngoài.”

Việc xác định ai phải lập hồ sơ giao dịch liên kết phụ thuộc vào 02 nhóm tiêu chí chính:

• Quy định pháp luật hiện hành: Doanh nghiệp cần đối chiếu với các ngưỡng quy định trong Nghị định và các văn bản hướng dẫn liên quan.
• Ngưỡng giao dịch và doanh thu. Ví dụ, doanh nghiệp phải xem xét liệu tổng doanh thu, giá trị giao dịch liên kết, hoặc mức vốn có vượt ngưỡng mà pháp luật yêu cầu phải lập hồ sơ hay không.

Do đó, mỗi năm tài chính, doanh nghiệp cần rà soát lại toàn bộ giao dịch, so sánh với ngưỡng pháp luật và các quy định miễn trừ để xác định trách nhiệm của mình. Đây là bước quan trọng nhằm giảm thiểu rủi ro bị cơ quan thuế truy thu, xử phạt hoặc quy kết hành vi chuyển giá.

Lợi ích của việc lập hồ sơ giao dịch liên kết

Việc lập hồ sơ giao dịch liên kết đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp đáp ứng yêu cầu pháp lý mà còn mang lại nhiều giá trị thiết thực trong quản trị tài chính và kiểm soát rủi ro thuế. Cụ thể, hồ sơ giao dịch liên kết đầy đủ, minh bạch sẽ hỗ trợ doanh nghiệp:

• Bảo vệ doanh nghiệp trước rủi ro thanh tra, kiểm tra: Hồ sơ giao dịch liên kết được chuẩn bị đúng chuẩn giúp chứng minh tính hợp lý của giá giao dịch. Doanh nghiệp có cơ sở pháp lý vững chắc khi giải trình với cơ quan thuế.
• Tối ưu hóa chiến lược thuế trong giới hạn pháp luật: Hạn chế nguy cơ bị quy kết chuyển giá. Đảm bảo tận dụng hiệu quả các ưu đãi, miễn trừ và quy định miễn lập hồ sơ (nếu đủ điều kiện).
• Gia tăng minh bạch trong quản trị nội bộ: Hệ thống báo cáo rõ ràng giúp ban lãnh đạo kiểm soát tốt hơn chi phí và doanh thu.
• Hỗ trợ ra quyết định quản trị rủi ro: Doanh nghiệp dễ dàng nhận diện giao dịch tiềm ẩn rủi ro thuế. Có cơ sở dữ liệu để hoạch định chiến lược dài hạn, giảm thiểu tranh chấp.

Khung pháp lý về lập hồ sơ giao dịch liên kết

Để đảm bảo sự minh bạch và chống thất thu thuế từ hoạt động chuyển giá, pháp luật Việt Nam đã ban hành những  quy định cụ thể. Hiện nay, khung pháp lý chính được xây dựng dựa trên Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Theo điều 18 Nghị định 132/2020/NĐ-CP quy định:

“ Người nộp thuế có giao dịch liên kết thuộc phạm vi điều chỉnh tại Nghị định này có trách nhiệm kê khai, xác định giá giao dịch liên kết, không làm giảm nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tại Việt Nam theo quy định tại Nghị định này.

Người nộp thuế có trách nhiệm chứng minh việc thực hiện phân tích, so sánh và lựa chọn phương pháp xác định giá giao dịch liên kết theo quy định tại Nghị định này khi Cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.

Người nộp thuế có giao dịch liên kết thuộc phạm vi điều chỉnh tại Nghị định này có trách nhiệm kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo Phụ lục I, Phụ lục II, Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định này và nộp cùng Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.”

Căn cứ Nghị định 132/2020/NĐ-CP, mọi doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết đều có trách nhiệm kê khai và, trong nhiều trường hợp, phải lập hồ sơ giao dịch liên kết để cung cấp cho cơ quan thuế khi được yêu cầu. Quy định này không chỉ nhằm quản lý hiệu quả mà còn tạo hành lang pháp lý cho doanh nghiệp hoạt động minh bạch hơn.

Sự thay đổi, bổ sung từ Nghị định 20/2025/NĐ-CP và theo tiêu chuẩn BEPS

Những thay đổi trong chính sách quản lý giao dịch liên kết không chỉ thể hiện sự điều chỉnh về mặt pháp lý mà còn phản ánh xu hướng hội nhập với các chuẩn mực thuế quốc tế, đặc biệt là khung BEPS của OECD. Để hiểu rõ hơn về những tác động này, doanh nghiệp cần nắm được bản chất của tiêu chuẩn BEPS, các điểm sửa đổi quan trọng trong quy định mới cũng như cách thức lập hồ sơ giao dịch liên kết theo hướng tiếp cận phù hợp với thông lệ quốc tế.

Tiêu chuẩn BEPS là gì? 

Tiêu chuẩn BEPS (Base Erosion and Profit Shifting – Xói mòn cơ sở tính thuế và chuyển lợi nhuận) là một bộ khung chính sách do Tổ chức Hợp tác và Phát triển Kinh tế (OECD) cùng G20 xây dựng, nhằm đối phó với tình trạng các tập đoàn đa quốc gia lợi dụng kẽ hở pháp luật để chuyển lợi nhuận sang những quốc gia có thuế suất thấp hoặc không phải nộp thuế.

Tiêu chuẩn BEPS không chỉ là một bộ quy tắc thuế quốc tế, mà còn là hệ thống khuyến nghị toàn cầu, được thiết kế để:

• Ngăn chặn chuyển giá và lách thuế xuyên biên giới: Giảm tình trạng doanh nghiệp khai báo lợi nhuận ở nơi có ưu đãi thuế, thay vì nơi thực tế phát sinh hoạt động kinh doanh.
• Tăng tính minh bạch trong báo cáo tài chính: Yêu cầu doanh nghiệp đa quốc gia cung cấp báo cáo lợi nhuận, doanh thu, hoạt động tại từng quốc gia.
• Thiết lập chuẩn mực quản lý thuế quốc tế: Đưa ra nguyên tắc giá thị trường (Arm’s Length Principle) để đảm bảo giao dịch liên kết được xác định công bằng.
• Bảo vệ nguồn thu ngân sách quốc gia: Giúp các quốc gia hạn chế thất thu thuế, đặc biệt trong bối cảnh toàn cầu hóa và thương mại xuyên biên giới phát triển mạnh.

Sự thay đổi, bổ sung Nghị định 20/2025/NĐ-CP 

Sự ra đời của Nghị định 20/2025/NĐ-CP đánh dấu một bước tiến quan trọng trong việc hoàn thiện khung pháp lý về giao dịch liên kết, sửa đổi và bổ sung cho các quy định cũ tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Điểm nhấn của Nghị định 20 giao dịch liên kết mới nằm ở việc nâng cao tính minh bạch, chuẩn hóa thông tin và tiệm cận chặt chẽ hơn với bộ tiêu chuẩn quốc tế của OECD về chống xói mòn cơ sở thuế và chuyển lợi nhuận (BEPS).

So với Nghị định 132/2020/NĐ-CP, Nghị định 20/2025/NĐ-CP đã bổ sung nhiều điểm mới quan trọng, tác động trực tiếp đến nghĩa vụ lập hồ sơ của doanh nghiệp. Những thay đổi này không chỉ mở rộng phạm vi đối tượng chịu sự điều chỉnh mà còn điều chỉnh ngưỡng miễn trừ, chuẩn hóa phương pháp so sánh giá giao dịch, áp dụng công nghệ số trong kê khai và siết chặt chế tài xử phạt. Bảng dưới đây sẽ giúp doanh nghiệp dễ dàng so sánh và nhận diện sự khác biệt giữa hai nghị định:

Những điểm mới trong Nghị định 20/2025/NĐ-CP tạo ra khung pháp lý chặt chẽ và minh bạch hơn so với trước đây. Doanh nghiệp, đặc biệt là các tập đoàn có quy mô lớn hoặc phát sinh nhiều giao dịch với bên liên kết, cần chủ động cập nhật quy định để thực hiện lập hồ sơ giao dịch liên kết đầy đủ và chính xác. Việc cập nhật kịp thời không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro bị xử phạt, mà còn bảo đảm uy tín và tính bền vững trong hoạt động kinh doanh tại Việt Nam.

Lập hồ sơ giao dịch liên kết theo chuẩn BEPS

Một điểm nhấn quan trọng trong Nghị định 20/2025/NĐ-CP là sự tiệm cận với chuẩn BEPS của OECD, đặc biệt về nghĩa vụ báo cáo thông tin. Các doanh nghiệp có giao dịch liên kết phải chuẩn bị đầy đủ 03 loại hồ sơ chính:

• Hồ sơ quốc gia (Local File): Trình bày chi tiết giao dịch liên kết tại Việt Nam, bao gồm: cấu trúc doanh nghiệp, đối tượng giao dịch, giá trị giao dịch và phương pháp xác định giá thị trường.
• Hồ sơ tập đoàn (Master File): Cung cấp cái nhìn toàn cảnh về hoạt động toàn cầu của tập đoàn, cơ cấu tổ chức, chiến lược kinh doanh, chính sách định giá chuyển giao và phân bổ lợi nhuận.
• Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR – Country by Country Report): Bắt buộc đối với các tập đoàn đa quốc gia có doanh thu hợp nhất toàn cầu từ 18.000 tỷ đồng trở lên, thể hiện chi tiết doanh thu, lợi nhuận, số nhân sự, tài sản hữu hình, thuế phải nộp tại từng quốc gia mà tập đoàn hoạt động.

Việc tuân thủ nghĩa vụ báo cáo theo BEPS không chỉ là yêu cầu pháp lý, mà còn là minh chứng cho sự minh bạch, giúp doanh nghiệp giảm rủi ro bị truy thu, ấn định thuế.

Quy trình lập hồ sơ giao dịch liên kết đúng chuẩn

Để hạn chế rủi ro bị truy thu thuế và đảm bảo tuân thủ pháp luật, doanh nghiệp lập hồ sơ hồ sơ giao dịch liên kết tuân thủ Nghị định 20/2025/NĐ-CP đồng thời bám sát hướng dẫn của OECD trong khuôn khổ BEPS. Quy trình này được chuẩn hóa thành 5 bước, từ khâu rà soát giao dịch đến việc nộp và lưu trữ hồ sơ.

Việc tuân thủ quy trình lập hồ sơ không chỉ giúp doanh nghiệp đảm bảo nghĩa vụ pháp lý mà còn giảm thiểu rủi ro bị truy thu thuế, xử phạt hoặc thanh tra chuyên sâu. Chủ động, minh bạch và cập nhật định kỳ còn nâng cao uy tín, củng cố niềm tin với đối tác và cơ quan quản lý, đồng thời tạo nền tảng vững chắc cho sự phát triển bền vững của doanh nghiệp.

Trường hợp miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết

Người nộp thuế được miễn lập hồ sơ trong các trường hợp sau, nếu đáp ứng điều kiện tương ứng:

• Nếu tổng doanh thu trong kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ dưới 30 tỷ đồng.
• Nếu đã ký kết thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá (APA) và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp báo cáo thường niên theo quy định của pháp luật.
• Nếu doanh nghiệp chỉ hoạt động với chức năng cơ bản, chi phí khai thác và sử dụng tài sản vô hình dưới 200 tỷ đồng, đồng thời đạt tỷ suất lợi nhuận trước lãi vay và thuế TNDN tối thiểu theo từng lĩnh vực: phân phối từ 5% trở lên, sản xuất từ 10%  trở lên, gia công từ 15% trở lên.

Xem thêm: Miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết.

Mức phạt nếu không lập hồ sơ giao dịch liên kết

Nghị định số 125/2020/NĐ-CP quy định mức phạt đối với các vi phạm như sau:

Phạt 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế đã được miễn, giảm, hoàn cao hơn so với quy định đối với một trong các hành vi sau đây:

• Khai sai căn cứ tính thuế hoặc số tiền thuế được khấu trừ, miễn, giảm, hoàn nhưng các nghiệp vụ kinh tế đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp.
• Khai sai làm giảm số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn, miễn, giảm không thuộc trường hợp trên, nhưng người nộp thuế đã tự giác kê khai bổ sung và nộp đủ số thuế thiếu trước khi cơ quan thuế kết thúc thanh tra, kiểm tra.
• Khai sai dẫn đến thiếu thuế hoặc tăng số thuế được hoàn, miễn, giảm đã bị cơ quan thuế lập biên bản thanh tra, vi phạm hành chính xác định là trốn thuế, nhưng người nộp thuế vi phạm lần đầu, khai bổ sung và nộp đủ thuế trước khi quyết định xử phạt được ban hành; cơ quan thuế ghi nhận là hành vi khai sai.
• Khai sai thông tin giao dịch liên kết.
• Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp để giảm thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn, miễn, giảm, nhưng người mua chứng minh lỗi thuộc về bên bán và đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định khi cơ quan thuế kiểm tra.

Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:

• Nộp hồ sơ khai thuế trễ từ 61 – 90 ngày so với thời hạn quy định.
• Nộp hồ sơ khai thuế trễ từ 91 ngày trở lên, nhưng không phát sinh số thuế phải nộp.
• Không nộp hồ sơ khai thuế, nhưng không phát sinh số thuế phải nộp.
• Không nộp các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết kèm hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp

Những rủi ro và chế tài khi không lập hồ sơ cho thấy việc tuân thủ pháp luật về thuế là yêu cầu bắt buộc. Nộp chậm cho đến việc không lập phụ lục giao dịch liên kết, doanh nghiệp đều có thể phải chịu phạt hành chính, truy thu thuế và thậm chí bị ấn định thuế. Hiểu rõ các nguy cơ này chính là bước quan trọng để doanh nghiệp chuẩn bị đầy đủ, minh bạch và kịp thời các hồ sơ cần thiết.

Tham khảo: Dịch vụ lập hồ sơ giao dịch liên kết

Câu hỏi thường gặp khi lập hồ sơ giao dịch liên kết

Kết luận

Lập hồ sơ giao dịch liên kết đúng quy định không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn giúp doanh nghiệp quản trị rủi ro thuế và đảm bảo minh bạch trong hoạt động kinh doanh. Chủ động lập hồ sơ giao dịch liên kết định kỳ và rà soát kỹ lưỡng các giao dịch trong năm giúp doanh nghiệp:

• Đảm bảo tuân thủ pháp luật và chuẩn mực quốc tế.
• Tối ưu hóa quản lý giao dịch liên kết, minh bạch lợi nhuận và chi phí.
• Nâng cao uy tín với đối tác, cơ quan quản lý và cổ đông.

Để được tư vấn cụ thể, doanh nghiệp vui lòng liên hệ MAN – Master Accountant Network:

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

• Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Mobile / Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.