Hồ sơ giao dịch liên kết là nội dung doanh nghiệp cần quan tâm khi phát sinh giao dịch với các bên có quan hệ liên kết. Từ ngày 01/7/2026, Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định về quản lý thuế đối với các giao dịch liên kết của những doanh nghiệp có quan hệ liên kết, đặt ra yêu cầu doanh nghiệp rà soát nghĩa vụ kê khai, lập và lưu giữ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo quy định.
Khi chuẩn bị hồ sơ, doanh nghiệp cần phân biệt rõ hồ sơ khai thuế đối với giao dịch liên kết và hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết. Tùy thuộc vào trường hợp cụ thể, doanh nghiệp có thể phải lập đầy đủ hồ sơ hoặc thuộc diện được miễn lập hồ sơ xác định giá nhưng vẫn phải thực hiện nghĩa vụ kê khai theo quy định.
Bài viết dưới đây tổng hợp các thành phần chính của hồ sơ, những trường hợp được miễn lập và các lưu ý quan trọng khi cung cấp hồ sơ cho cơ quan thuế theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
Giao dịch liên kết và nghĩa vụ của doanh nghiệp
Trước khi đi sâu vào chi tiết hồ sơ giao dịch liên kết gồm những gì, doanh nghiệp cần xác định rõ vị thế pháp lý của mình. Theo Điều 5 và Điều 6 của Nghị định 255, quan hệ liên kết phát sinh khi một bên tham gia trực tiếp hoặc gián tiếp vào việc điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư vào bên kia (ngưỡng sở hữu vốn tối thiểu thường là 25%).
Năm 2026, cơ quan thuế không chỉ nhìn vào các con số trên sổ sách mà còn phân tích sâu vào bản chất kinh tế thông qua hệ thống dữ liệu lớn. Nghĩa vụ của doanh nghiệp là phải chứng minh các giao dịch với bên liên kết (như vay vốn, mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, chuyển giao tài sản vô hình) được thực hiện theo nguyên tắc giá thị trường (Arm’s length principle). Nếu không có bộ hồ sơ chứng minh thỏa đáng, doanh nghiệp đối mặt với rủi ro bị ấn định thuế và phạt chậm nộp rất lớn, ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền và kế hoạch tài chính dài hạn.
Cập nhật: Quy định về giao dịch liên kết theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
Hồ sơ giao dịch liên kết gồm những gì theo quy định hiện hành?
Khi xác định nghĩa vụ lập hồ sơ giao dịch liên kết, doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ khai thuế và hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo quy định tại Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
Các biểu mẫu kê khai nộp cùng Tờ khai quyết toán thuế TNDN
Đây là những tài liệu bắt buộc phải nộp trực tuyến qua hệ thống thuế điện tử cùng với thời điểm nộp Tờ khai quyết toán thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) hàng năm (thường là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm tài chính).
- Phụ lục I (Mẫu số 01): Đây được coi là phần quan trọng nhất của công tác kê khai. Phụ lục này yêu cầu doanh nghiệp liệt kê chi tiết danh sách các bên liên kết, liệt kê từng loại hình giao dịch và giá trị tương ứng, đồng thời xác định phương pháp xác định giá áp dụng và mức giá/tỷ suất lợi nhuận đạt được.
- Phụ lục II (Mẫu số 02): Danh mục các thông tin, tài liệu cần có tại Hồ sơ quốc gia (Local File).
- Phụ lục III (Mẫu số 03): Danh mục các thông tin, tài liệu cần có tại Hồ sơ toàn cầu.
- Phụ lục IV (Mẫu số 04): Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (Country-by-Country Report – CbCR).
Bộ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (Lưu tại doanh nghiệp)
Khi có yêu cầu thanh tra, doanh nghiệp phải xuất trình bộ hồ sơ gồm 3 lớp tài liệu chuyên sâu. Vậy cụ thể trong bộ hồ sơ giao dịch liên kết gồm những gì ở phần nội dung cốt lõi này?
Hồ sơ quốc gia (Local File)
Local File tập trung vào thực thể kinh doanh tại Việt Nam. Đây là tài liệu dày nhất và đòi hỏi tính kỹ thuật cao nhất:
- Phân tích chức năng, tài sản và rủi ro (FAR Analysis): Doanh nghiệp phải làm rõ ai là người thực hiện các khâu thiết kế, sản xuất, phân phối, tiếp thị, lưu kho? Tài sản hữu hình (nhà xưởng, máy móc) và đặc biệt là tài sản vô hình (thương hiệu, bí quyết công nghệ) nào được sử dụng? Và doanh nghiệp chịu rủi ro gì? (Rủi ro thị trường, rủi ro hàng tồn kho, rủi ro nợ xấu, rủi ro tỷ giá…). Theo nguyên tắc, bên nào chịu rủi ro càng cao thì mức lợi nhuận kỳ vọng phải càng lớn.
- Lựa chọn phương pháp xác định giá: Giải trình lý do lựa chọn một trong 5 phương pháp chính thức theo Nghị định 132.
- Dữ liệu so sánh (Benchmarking): Doanh nghiệp phải tìm kiếm tối thiểu 3 – 5 doanh nghiệp độc lập có chức năng tương đồng để so sánh. Năm 2026, việc sử dụng các cơ sở dữ liệu quốc tế như Orbis, Moody’s là điều gần như bắt buộc để đảm bảo tính khách quan.
Hồ sơ toàn cầu (Master File)
Hồ sơ tập đoàn toàn cầu cung cấp thông tin tổng quan về tập đoàn đa quốc gia mà doanh nghiệp là thành viên, bao gồm cơ cấu tổ chức, hoạt động kinh doanh, chính sách giá giao dịch liên kết và các thông tin liên quan theo quy định áp dụng.
Doanh nghiệp cần phối hợp với công ty mẹ hoặc đơn vị phụ trách thuế của tập đoàn để thu thập tài liệu phù hợp, đặc biệt đối với các giao dịch xuyên biên giới.
Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR)
Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia cung cấp thông tin tổng hợp về phân bổ thu nhập, thuế đã nộp và một số chỉ tiêu hoạt động giữa các quốc gia, vùng lãnh thổ của tập đoàn đa quốc gia.
Không phải mọi doanh nghiệp có giao dịch liên kết đều phải trực tiếp lập Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia. Nghĩa vụ liên quan đến báo cáo này cần được xác định theo điều kiện áp dụng đối với tập đoàn và quy định pháp luật hiện hành.
Xem thêm:Hướng dẫn kê khai thông tin Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia theo Nghị định 255.
Hồ sơ khai thuế đối với giao dịch liên kết
Bên cạnh các tài liệu xác định giá nêu trên, doanh nghiệp cần rà soát việc kê khai thông tin giao dịch liên kết theo Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP và hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tương ứng.
Việc được miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết không mặc nhiên đồng nghĩa với việc được miễn toàn bộ nghĩa vụ kê khai. Doanh nghiệp cần xác định đúng trường hợp miễn trừ và thực hiện các chỉ tiêu kê khai tương ứng theo quy định.
Các phương pháp xác định giá trong hồ sơ giao dịch liên kết
Để hiểu rõ hồ sơ giao dịch liên kết gồm những gì, không thể bỏ qua việc nắm vững 5 phương pháp xác định giá. Việc chọn sai phương pháp là nguyên nhân hàng đầu dẫn đến việc bị ấn định thuế.
- Phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập (CUP): So sánh trực tiếp giá sản phẩm giữa các bên liên kết với giá thị trường. Thường dùng cho các sản phẩm đại trà, khoáng sản, hoặc lãi suất vay.
- Phương pháp giá bán lại (Resale Price Method): Phù hợp cho các doanh nghiệp thuần túy thực hiện chức năng phân phối, mua đi bán lại mà không làm thay đổi đặc tính sản phẩm.
- Phương pháp giá vốn cộng lãi (Cost Plus Method): Áp dụng cho các doanh nghiệp sản xuất, gia công theo đơn đặt hàng, cung cấp dịch vụ cho bên liên kết.
- Phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận thuần (TNMM): Đây là phương pháp phổ biến nhất tại Việt Nam. So sánh tỷ suất lợi nhuận (ví dụ: EBIT/Doanh thu) của doanh nghiệp với các đối thủ độc lập trên thị trường.
- Phương pháp phân bổ lợi nhuận (Profit Split Method): Dùng cho các giao dịch phức tạp, có tính tích hợp cao mà các bên đều đóng góp tài sản vô hình độc đáo.
Để bộ hồ sơ giao dịch liên kết mang tính thuyết phục cao, tránh bác bỏ hồ sơ từ thanh tra. Doanh nghiệp nên tham vấn dịch vụ tư vấn giao dịch liên kết để được hỗ trợ và xác định phương pháp phù hợp với quy mô cũng như lĩnh vực mà doanh nghiệp đang hoạt động.
Các trường hợp được miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP
Theo Điều 20 Nghị định 255/2026/NĐ-CP, cần phân biệt trường hợp được miễn kê khai xác định giá giao dịch liên kết và miễn lập hồ sơ xác định giá với trường hợp chỉ được miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.
Trường hợp được miễn kê khai xác định giá và miễn lập hồ sơ
Người nộp thuế chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết là đối tượng nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tại Việt Nam, áp dụng cùng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp với người nộp thuế và không bên nào được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế thuộc trường hợp được miễn kê khai xác định giá giao dịch liên kết tại Mục III, Mục IV và được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo khoản 1 Điều 20.
Trường hợp chỉ được miễn lập hồ sơ xác định giá
Theo khoản 2 Điều 20 Nghị định 255/2026/NĐ-CP, người nộp thuế thuộc một trong các trường hợp sau được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết:
- Trường hợp 1: Người nộp thuế có phát sinh giao dịch liên kết nhưng tổng doanh thu phát sinh của kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị tất cả các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ tính thuế dưới 30 tỷ đồng.
- Trường hợp 2: Người nộp thuế đã ký kết Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) và thực hiện nộp Báo cáo thường niên theo quy định pháp luật về APA.
- Trường hợp 3: Người nộp thuế thực hiện kinh doanh không phát sinh doanh thu, chi phí từ hoạt động khai thác, sử dụng tài sản vô hình, có doanh thu dưới 500 tỷ đồng và đáp ứng điều kiện về tỷ suất lợi nhuận thuần chưa trừ chi phí lãi vay và thuế thu nhập doanh nghiệp trên doanh thu thuần theo quy định. Mức tỷ suất lợi nhuận áp dụng gồm: phân phối từ 5% trở lên, sản xuất từ 10% trở lên và gia công từ 15% trở lên.
Doanh nghiệp cần đối chiếu đầy đủ các điều kiện tại Điều 20 trước khi xác định thuộc diện miễn lập hồ sơ. Việc được miễn lập hồ sơ không đồng nghĩa với việc được miễn toàn bộ nghĩa vụ kê khai giao dịch liên kết.
Đối với các trường hợp được miễn lập hồ sơ, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện kê khai theo các chỉ tiêu tương ứng tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP
Xem chi tiết: Miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết.
Thời hạn lưu trữ hồ sơ và rủi ro pháp lý doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý
Việc hiểu rõ hồ sơ giao dịch liên kết gồm những gì sẽ chưa đủ nếu doanh nghiệp không nắm chắc thời hạn lập hồ sơ, thời gian lưu trữ cũng như các rủi ro pháp lý có thể phát sinh khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra. Trên thực tế, rất nhiều doanh nghiệp không bị truy thu vì sai phương pháp xác định giá, mà vì nộp chậm, thiếu hồ sơ hoặc dữ liệu không nhất quán.
Thời hạn lập hồ sơ giao dịch liên kết
Theo quy định tại Nghị định 255/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp phải hoàn thành việc lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết trước thời điểm nộp Tờ khai quyết toán thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) hàng năm.
Ví dụ: Doanh nghiệp có năm tài chính kết thúc ngày 31/12/2026 thì hạn cuối doanh nghiệp phải hoàn thành hồ sơ và nộp Phụ lục giao dịch liên kết là 31/03/2027.
Điều này có nghĩa là doanh nghiệp không được chờ đến khi cơ quan thuế thanh tra mới bắt đầu chuẩn bị hồ sơ, mà phải chủ động hoàn thiện từ trước.
Thời hạn cung cấp hồ sơ khi cơ quan thuế yêu cầu
Khi cơ quan thuế ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra hoặc có văn bản yêu cầu giải trình, doanh nghiệp phải xuất trình đầy đủ hồ sơ trong thời hạn:
- Tối đa 30 ngày làm việc kể từ ngày nhận yêu cầu.
Trường hợp có lý do hợp lý và chính đáng, doanh nghiệp có thể đề nghị gia hạn được 01 lần:
- Tối đa 15 ngày làm việc.
Tuy nhiên, trên thực tế, việc xin gia hạn không phải lúc nào cũng được chấp thuận. Nếu doanh nghiệp không xuất trình đúng hạn, cơ quan thuế có quyền:
- Tự xác định giá giao dịch liên kết
- Ấn định mức lợi nhuận chịu thuế
- Truy thu thuế và xử phạt hành chính
Đây là một trong những rủi ro lớn nhất khi doanh nghiệp xem nhẹ việc lưu trữ hồ sơ.
Thời hạn nộp Phụ lục giao dịch liên kết
Phụ lục thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết được nộp cùng với Tờ khai quyết toán thuế TNDN hằng năm (chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính).
Thời gian lưu trữ hồ sơ giao dịch liên kết
Doanh nghiệp phải lưu giữ toàn bộ hồ sơ, chứng từ, dữ liệu liên quan đến giao dịch liên kết theo đúng quy định của pháp luật về kế toán và quản lý thuế. Thời gian lưu trữ tối thiểu là 10 năm, bao gồm:
- Phụ lục giao dịch liên kết
- Local File
- Master File
- CbCR (nếu thuộc diện bắt buộc)
- Hợp đồng nội bộ tập đoàn
- Hồ sơ vay vốn
- Hồ sơ phân bổ chi phí dịch vụ
- Chứng từ thanh toán
- Email, biên bản họp, báo cáo công việc chứng minh tính thực chất của giao dịch
Lưu ý: Năm 2026, cơ quan thuế đặc biệt chú trọng các giao dịch dịch vụ nội bộ tập đoàn, nên doanh nghiệp cần lưu bằng chứng thực hiện dịch vụ rất chặt chẽ.
Các rủi ro pháp lý thường gặp
Bị ấn định thuế nếu doanh nghiệp:
- Không lập hồ sơ
- Lập hồ sơ không đầy đủ
- Hồ sơ không chứng minh được nguyên tắc giao dịch độc lập
- Số liệu giữa Phụ lục I và Báo cáo tài chính không khớp.
Cơ quan thuế có quyền lựa chọn doanh nghiệp so sánh độc lập và tự xác định mức lợi nhuận phù hợp. Mức bị ấn định sẽ theo hướng bất lợi cho doanh nghiệp, dẫn đến:
- Tăng thu nhập chịu thuế
- Tăng số thuế TNDN phải nộp
- Phát sinh truy thu lớn.
Bị loại chi phí được trừ, các khoản dễ bị loại nhất gồm:
- Chi phí lãi vay vượt mức khống chế 30% EBITDA
- Phí dịch vụ nội bộ không chứng minh được lợi ích nhận được
- Phí bản quyền, chuyển giao công nghệ thiếu căn cứ định giá
- Chi phí phân bổ tập đoàn không có cơ sở hợp lý.
Việc bị loại chi phí không chỉ làm tăng thuế TNDN mà còn có thể ảnh hưởng đến thuế nhà thầu, thuế GTGT và các nghĩa vụ liên quan khác.
Bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế, tùy vào mức độ vi phạm, doanh nghiệp có thể bị phạt chậm hồ sơ, phạt kê khai sai dẫn đến số thuế thiếu phải nộp hoặc hành vi trốn thuế nếu có dấu hiệu chuyển giá.
Mức phạt có thể từ 20% số thuế truy thu đến phát 1 – 3 lần số thuế trốn và chưa bao gồm tiền chậm nộp với lãi suất 0.03%/ngày. Đây là khoản chi phí phát sinh rất lớn và ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền doanh nghiệp.
Kết luận
Hiểu rõ hồ sơ giao dịch liên kết gồm những gì không chỉ giúp doanh nghiệp đáp ứng đúng quy định pháp luật về thuế mà còn là lá chắn quan trọng trước các cuộc thanh tra chống chuyển giá ngày càng chặt chẽ trong năm 2026.
Từ việc kê khai đầy đủ các phụ lục theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP, xây dựng bộ hồ sơ 3 lớp gồm Local File, Master File và CbCR, đến việc lựa chọn phương pháp xác định giá phù hợp và kiểm soát chi phí lãi vay. Tất cả đều đòi hỏi sự chính xác, nhất quán và tính chiến lược dài hạn.
Việc chuẩn bị sớm, rà soát định kỳ và có sự đồng hành của đơn vị tư vấn chuyên sâu như MAN – Master Accountant Network sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro bị ấn định thuế, truy thu và xử phạt không đáng có.
Liên hệ MAN – Master Accountant Network để được hỗ trợ và tư vấn miễn phí!
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, Đường 43, Phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
- Google Business Profile: Xem Google Business Profile của MAN – Master Accountant Network
- LinkedIn Founder: Xem hồ sơ LinkedIn của chuyên gia Lê Hoàng Tuyên
Phụ trách sản xuất và kiểm duyệt nội dung chuyên môn bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network. Ông là Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm sâu sắc trong lĩnh vực Kế toán, Kiểm toán, Thuế và Tư vấn Pháp lý doanh nghiệp.
Giải đáp thắc mắc Hồ sơ giao dịch liên kết bao gồm những gì
Hồ sơ giao dịch liên kết theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP gồm những gì?
Doanh nghiệp cần phân biệt hồ sơ khai thuế đối với giao dịch liên kết với hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết. Hồ sơ xác định giá có thể bao gồm Hồ sơ quốc gia (Local File), Hồ sơ tập đoàn toàn cầu (Master File) và Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR) khi thuộc trường hợp áp dụng. Nghĩa vụ cụ thể phụ thuộc vào quy định pháp luật và tình hình thực tế của doanh nghiệp, tập đoàn.
Doanh nghiệp có doanh thu dưới 50 tỷ đồng có được miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết không?
Không phải mọi doanh nghiệp có doanh thu dưới 50 tỷ đồng đều được miễn lập hồ sơ. Theo điểm a khoản 2 Điều 20 Nghị định 255/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp phải đồng thời đáp ứng điều kiện tổng doanh thu phát sinh trong kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị tất cả các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ tính thuế dưới 30 tỷ đồng.
Được miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết có phải kê khai Phụ lục I không?
Việc miễn lập hồ sơ xác định giá không đồng nghĩa với việc được miễn toàn bộ nghĩa vụ kê khai. Doanh nghiệp cần xác định đúng trường hợp miễn trừ theo Điều 20 và thực hiện các chỉ tiêu tương ứng tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
Nghị định 255/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ khi nào?
Nghị định 255/2026/NĐ-CP được ban hành ngày 30/06/2026, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2026 và áp dụng từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2026.