Phụ lục giao dịch liên kết là “điểm chạm” rủi ro đầu tiên mà cơ quan thuế xem xét khi đánh giá dấu hiệu chuyển giá của doanh nghiệp. Trong bối cảnh quy định siết chặt theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP và chuẩn BEPS của OECD, mọi sai sót trong kê khai đều có thể kích hoạt thanh tra thuế chuyên sâu. Trong bối cảnh quản lý thuế chống chuyển giá ngày càng siết chặt theo các chuẩn mực của OECD (Tổ chức Hợp tác và Phát triển Kinh tế), việc hiểu rõ, kê khai chính xác, và quản lý rủi ro liên quan đến Phụ lục giao dịch liên kết trở thành yêu cầu sống còn đối với mọi tổ chức có giao dịch với các bên liên kết.
Tầm quan trọng của tuân thủ giao dịch liên kết
Chuyển giá (Transfer Pricing) là vấn đề trọng tâm trong quản lý thuế quốc tế. Việt Nam, thông qua việc ban hành Nghị định 132/2020/NĐ-CP, đã thể hiện sự đồng bộ hóa với Kế hoạch hành động chống xói mòn cơ sở tính thuế và chuyển lợi nhuận (BEPS Actions) của OECD. Mục đích cốt lõi là đảm bảo lợi nhuận được phân bổ về nơi tạo ra giá trị kinh tế thực tế.
Phụ lục giao dịch liên kết (bao gồm 3 mẫu 01, 02, 03) là bộ phận không thể tách rời của Hồ sơ xác định giá Giao dịch liên kết và được nộp kèm Tờ khai Quyết toán Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) Mẫu số 03/TNDN. Việc kê khai này giúp cơ quan thuế có cái nhìn tổng quan về chuỗi giá trị và rủi ro chuyển giá tiềm ẩn của DN.
Mục đích của bài viết này là cung cấp hướng dẫn thực hành dựa trên Nghị định 132/2020/NĐ-CP và các văn bản liên quan để giúp DN lập Phụ lục giao dịch liên kết một cách chính xác và tối ưu nhất.
Tại sao Phụ lục giao dịch liên kết là “Tài liệu rủi ro cao” trong Quản lý thuế?
Nhiều doanh nghiệp thường nhầm lẫn giữa việc nộp Phụ lục giao dịch liên kết và việc lập đầy đủ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (Hồ sơ Toàn cầu – Master File và Hồ sơ Quốc gia- Local File).
- Phụ lục GDLK (Mẫu 01, 02, 03): Đây là Báo cáo tóm tắt bắt buộc phải nộp hàng năm, có tính chất công khai. Nó là công cụ rà soát đầu tiên của cơ quan thuế. Sai sót trong Phụ lục giao dịch liên kết sẽ ngay lập tức kích hoạt thanh tra thuế.
- Hồ sơ xác định giá: Đây là bộ tài liệu chứng minh tính độc lập của giá giao dịch, chỉ cần lập và lưu trữ tại doanh nghiệp, nộp khi Cơ quan thuế yêu cầu.
Nếu Doanh nghiệp không nộp hoặc nộp Phụ lục giao dịch liên kết chậm trễ, Doanh nghiệp có thể đối mặt với mức phạt hành chính từ 8 triệu đến 25 triệu VND theo quy định tại Điều 19 và Điều 20 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, ngoài ra còn phải chịu truy thu thuế, ấn định thuế và tiền chậm nộp nếu có hành vi chuyển giá.
Cơ sở Pháp lý cốt lõi và khái niệm nền tảng

Từ những cơ sở pháp lý và khái niệm nền tảng đã được xác lập, bước tiếp theo là nhìn vào khung quy định quan trọng nhất hiện nay: Nghị định 132/2020/NĐ-CP – văn bản chi phối toàn bộ hoạt động kê khai và quản lý giao dịch liên kết.
Nguyên tắc cốt lõi để điền Phụ lục giao dịch liên kết là Nguyên tắc giao dịch độc lập (Arm’s Length Principle). Nguyên tắc này khẳng định: Các giao dịch giữa các bên liên kết phải được thực hiện với mức giá và điều kiện tương đương như các giao dịch giữa các bên độc lập trong cùng điều kiện.
Việc xác định chính xác Bên liên kết là bước đầu tiên và quan trọng nhất khi lập Phụ lục giao dịch liên kết.
Chi tiết các Bên liên kết theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP

Căn cứ Khoản 2 Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, mối quan hệ liên kết được xác định chi tiết 11 trường hợp sau. Việc xác định chính xác các trường hợp này là bước đầu tiên và quan trọng nhất khi lập Phụ lục giao dịch liên kết:
- Một doanh nghiệp nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia.
- Cả hai doanh nghiệp đều có ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu do một bên thứ ba trực tiếp hoặc gián tiếp nắm giữ.
- Một doanh nghiệp là cổ đông lớn nhất về vốn góp của chủ sở hữu và nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 10% tổng vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia.
- Một doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho một doanh nghiệp khác vay với điều kiện khoản vay đó chiếm trên 50% tổng giá trị tài sản của bên đi vay, và khoản vay này chiếm trên 50% tổng nợ trung và dài hạn của bên đi vay (loại trừ các khoản vay của tổ chức tín dụng).
- Một bên bổ nhiệm trên 50% tổng số thành viên của cơ quan điều hành hoặc những người có thẩm quyền quyết định các chính sách tài chính, kinh doanh của bên kia.
- Hai doanh nghiệp có chung trên 50% số thành viên ban lãnh đạo hoặc cùng có một cá nhân, tổ chức có thẩm quyền quyết định các chính sách tài chính, kinh doanh.
- Hai doanh nghiệp được điều hành hoặc chịu sự kiểm soát về mặt nhân sự, tài chính, kinh doanh của một cá nhân thông qua việc cá nhân đó nắm giữ vốn hoặc trực tiếp tham gia điều hành.
- Hai doanh nghiệp có mối quan hệ gia đình (vợ, chồng, cha, mẹ, con, anh, chị, em ruột) giữa Giám đốc/Tổng Giám đốc của DN này với Giám đốc/Tổng Giám đốc của doanh nghiệp kia.
- Hai doanh nghiệp chịu sự kiểm soát của một hoặc nhiều cá nhân thông qua việc các cá nhân đó cùng nắm giữ cổ phần/vốn góp và tỷ lệ này kiểm soát trên 50% vốn chủ sở hữu.
- Doanh nghiệp có giao dịch với các cá nhân/tổ chức có liên quan trực tiếp hoặc gián tiếp đến việc điều hành, kiểm soát, hoặc có ảnh hưởng đáng kể đến việc ra quyết định của doanh nghiệp.
- Mối quan hệ liên kết phát sinh khi doanh nghiệp chuyển nhượng từ 25% vốn góp hoặc vay – cho vay từ 10% vốn góp với cá nhân điều hành, kiểm soát hoặc thuộc diện liên kết theo quy định.
Sau khi nhận diện rõ các bên liên kết theo quy định Nghị định 132/2020/NĐ-CP, bước tiếp theo là hiểu chính xác bản chất giao dịch liên kết, tức các giao dịch phát sinh giữa những chủ thể có mối quan hệ liên kết và có khả năng ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.
Thế nào là giao dịch liên kết?
Theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP của Chính phủ về quản lý thuế, giao dịch liên kết được hiểu là những giao dịch phát sinh trong quá trình sản xuất, kinh doanh giữa các bên có quan hệ liên kết. Quan hệ liên kết ở đây là mối quan hệ mà một bên có khả năng chi phối, kiểm soát hoặc ảnh hưởng đáng kể đến điều kiện, chính sách hoặc kết quả kinh doanh của bên còn lại.
Giao dịch liên kết có thể bao gồm các loại giao dịch sau:
- Mua bán hàng hóa, cung cấp và sử dụng dịch vụ.
- Các hoạt động vay, cho vay, bảo lãnh tài chính.
- Mua bán hoặc chuyển nhượng tài sản cố định.
- Chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ, công nghệ.
- Phân bổ chi phí hoặc lợi nhuận giữa các bên liên kết.
Sau khi hiểu rõ giao dịch liên kết là gì và cách xác định các quan hệ liên kết theo Nghị định 132, bước tiếp theo doanh nghiệp cần nắm chính là các trường hợp được miễn trừ kê khai. Một cơ chế giúp giảm tải nghĩa vụ hồ sơ nhưng chỉ áp dụng khi đáp ứng đúng và đủ điều kiện pháp lý.
Quy định về Miễn trừ kê khai
Nghị định 132/2020/NĐ-CP cung cấp các điều kiện miễn trừ việc lập Hồ sơ xác định giá, nhưng không miễn trừ việc nộp Phụ lục giao dịch liên kết Mẫu số 01.
Các trường hợp được miễn lập Hồ sơ xác định giá, nhưng vẫn phải nộp Phụ lục giao dịch liên kết Mẫu 01, bao gồm:
- Có phát sinh giao dịch liên kết nhưng tổng doanh thu trong kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng/năm và tổng giá trị tất cả các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ dưới 30 tỷ đồng/năm.
- Đã ký kết thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá (APA) theo Thông tư 201/2013/TT-BTC;
- Doanh nghiệp thực hiện hoạt động kinh doanh với chức năng đơn giản (sản xuất theo đơn đặt hàng, chính vì vậy không chịu sự rủi ro hàng tồn kho). Bên cạnh đó, không phải chịu bất kỳ chi phí phát sinh nào trong quá trình hoạt động. Thêm vào đó, phải có doanh thu năm dưới 200 tỷ đồng/năm (trong đó không bao gồm doanh thu từ khai thác, sử dụng tài sản vô hình như trả tiền bản quyền), cũng như quy định EBIT của từng ngành: Ngành phân phối từ 5% trở lên; Ngành sản xuất từ 10% trở lên; Ngành gia công từ 15% trở lên.
Lưu ý: Ngay cả khi thuộc trường hợp miễn trừ lập hồ sơ, Doanh nghiệp vẫn cần phải lập và nộp Phụ lục giao dịch liên kết mẫu 01 theo quy định.
Chi tiết các phần trong Phụ lục giao dịch liên kết buộc kế khai
Đây là phần phân tích, hướng dẫn chi tiết cách điền giao dịch liên kết quan trọng nhất được nộp kèm Tờ khai Quyết toán thuế TNDN.
Phụ lục giao dịch liên kết Mẫu 01/GDLK

Phụ lục giao dịch liên kết Mẫu 01 cung cấp cái nhìn tổng quan về cấu trúc các bên liên kết, các loại hình giao dịch, và giá trị giao dịch. Đây là cơ sở để cơ quan thuế xác định quy mô và mức độ rủi ro chuyển giá của doanh nghiệp.
Mục I: Thông tin các bên liên kết
Ở mục I, doanh nghiệp cần điền đủ các thông tin như sau:
- Tên Bên liên kết
- Quốc gia
- Mã số thuế
- Hình thức quan hệ liên kết: Doanh nghiệp cần xác định rõ Bên liên kết theo trường hợp cụ thể trong 11 trường hợp đã nêu trên (tương ứng với A, B, C, D, Đ, E, G, H, I, K, L trên hệ thống)
Mục II: Các trường hợp được miễn nghĩa vụ kê khai, miễn trừ nộp Hồ sơ xác định giá
Mục II, Doanh nghiệp xác định rõ mình có thuộc diện miễn nghĩa vụ kê khai, miễn trừ nộp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết. Nếu doanh nghiệp thuộc 1 trong các điều kiện được miễn trừ theo Nghị định thì “chọn” vào ô tương ứng với điều kiện miễn của mình.
Lưu ý: Trường hợp cả 02 doanh nghiệp cùng mức thuế suất thuế TNDN 20%, không bên nào được hưởng ưu đãi thuế thuế TNDN.
Nếu doanh nghiệp thuộc điều kiện miễn trừ này, chỉ cần kê khai tại Mục I và mục II.
Mục III: Thông tin xác định giá giao dịch liên kết
Mục III Mẫu 01 Phụ lục giao dịch liên kết là nơi doanh nghiệp báo cáo về việc đã áp dụng nguyên tắc độc lập như thế nào, sử dụng phương pháp xác định giá nào, và kết quả phân tích giá ra sao.
Lựa chọn Phương pháp Xác định Giá: Doanh nghiệp phải giải thích việc lựa chọn phương pháp. Năm phương pháp chính được chấp nhận bao gồm:
- CUP (Comparable Uncontrolled Price – Giá giao dịch độc lập so sánh).
- RPM (Resale Price Method – Phương pháp giá bán lại).
- CPM (Cost Plus Method – Phương pháp giá vốn cộng lãi).
- TNMM (Transactional Net Margin Method – Phương pháp tỷ suất lợi nhuận thuần giao dịch).
- PSM (Profit Split Method – Phương pháp phân bổ lợi nhuận).
Ví dụ: Nếu Doanh nghiệp là nhà sản xuất theo hợp đồng (Contract Manufacturer), phương pháp tỷ suất lợi nhuận thuần thường được chọn để so sánh tỷ suất lợi nhuận thuần trên chi phí. Việc lựa chọn này phải được giải thích chi tiết trong Hồ sơ xác định giá, và tóm tắt trong Phụ lục giao dịch liên kết Mục III.
Mục IV: Kết quả hoạt động kinh doanh
- Đây là phần chi tiết hóa giá trị giao dịch phát sinh trong kỳ. Các giá trị này phải khớp với các tài khoản tương ứng trên Báo cáo tài chính và Tờ khai quyết toán TNDN.
- Phí mua hoặc bán hàng hóa, dịch vụ: Ghi rõ tổng giá trị mua và bán.
- Lãi tiền vay hoặc chi phí trả lãi: Phụ lục giao dịch liên kết này cần ghi tổng giá trị lãi vay phát sinh. Việc kê khai lãi vay trong phần này là bước đầu tiên để sau đó áp dụng giới hạn 30% EBITDA.
- Các khoản khác: Bao gồm tiền bản quyền, chi phí quản lý hoặc các khoản vay – cho vay. Doanh nghiệp cần đảm bảo các chi phí này có đầy đủ hóa đơn, chứng từ và hợp đồng dịch vụ rõ ràng, tuân thủ nguyên tắc “lợi ích thực tế”.
Việc kê khai đầy đủ và chính xác trong Phụ lục giao dịch liên kết Mẫu 01 là bước đệm xác định các thông tin được minh bạch và tuân thủ.
Chiến lược tuân thủ thuế và quản lý rủi ro
Không chỉ dừng lại ở việc điền Phụ lục giao dịch liên kết một cách máy móc, doanh nghiệp cần có chiến lược chủ động để quản lý rủi ro và tối ưu hóa tuân thủ thuế.
Tự điều chỉnh và xác định lại giá
Điều 13 Nghị định 132/2020/NĐ-CP là cơ chế linh hoạt cho phép Doanh nghiệp tự điều chỉnh giá giao dịch liên kết để đưa tỷ suất lợi nhuận về phạm vi độc lập, qua đó giảm thiểu rủi ro bị truy thu thuế.
- Cơ chế tự điều chỉnh tăng thu nhập: Nếu tỷ suất lợi nhuận của Doanh nghiệp thấp hơn mức trung vị (P50) hoặc phạm vi độc lập, Doanh nghiệp phải thực hiện điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế TNDN. Đây là cơ chế bảo vệ Doanh nghiệp khỏi bị xử phạt về hành vi chuyển giá. Việc này phải được thể hiện trên Phụ lục giao dịch liên kết và Tờ khai Quyết toán Thuế.
- Trường hợp điều chỉnh giảm thu nhập: Trường hợp hiếm hoi được phép điều chỉnh giảm là khi cơ quan thuế đã thanh tra và ban hành Quyết định ấn định thuế đối với bên liên kết tại nước ngoài, và việc điều chỉnh giảm này không làm giảm thu nhập chịu thuế tại Việt Nam.
Quản lý rủi ro chi phí lãi vay
Quy định về giới hạn chi phí lãi vay là một rủi ro lớn đối với các tập đoàn có cấu trúc tài chính mỏng.
- Ngưỡng giới hạn: Tổng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ của DN được trừ khi tính thuế TNDN không vượt quá 30% của Tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh trong kỳ (EBITDA).
Chiến lược quản lý:
- Doanh nghiệp cần theo dõi chặt chẽ EBITDA của mình hàng quý.
- Nếu chi phí lãi vay vượt ngưỡng 30% EBITDA, phần chi phí vượt sẽ không được trừ khi tính thuế TNDN, mặc dù vẫn phải kê khai giao dịch liên kết.
- Phần chi phí lãi vay không được trừ này có thể được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo trong vòng 05 năm liên tiếp. Đây là một điểm quan trọng cần lưu ý để tối ưu hóa lợi ích thuế.
Kết luận
Trong bối cảnh cơ quan thuế ngày càng siết chặt quản lý chuyển giá, chỉ cần sai sót nhỏ trong việc kê khai Phụ lục giao dịch liên kết có thể khiến doanh nghiệp trả giá đắt: bị ấn định thuế, truy thu nhiều năm, phạt chậm nộp, thậm chí kéo theo thanh tra toàn diện. Rất nhiều doanh nghiệp gặp rủi ro chỉ vì những lỗi tưởng chừng không đáng kể như xác định sai quan hệ liên kết, kê khai thiếu giao dịch, hay chỉ tiêu không nhất quán với Báo cáo tài chính.
Đây chính là lý do doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ GDLK một cách bài bản và chuẩn ngay từ đầu. Liên hệ MAN – Master Accountant Network để được tư vấn và hỗ trợ kịp thời.
Hãy chủ động trước khi rủi ro kịp xảy ra, bắt đầu rà soát hồ sơ giao dịch liên kết của bạn ngay hôm nay!
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) và CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.
Ban biên tập MAN – Master Accountant Network



