Xử lý sai phạm giao dịch liên kết kịp thời sẽ giúp doanh nghiệp minh bạch hóa các giao dịch, tuân thủ pháp luật và tránh những rủi ro không đáng có. Chỉ cần sai sót nhỏ trong giao dịch liên kết cũng có thể khiến doanh nghiệp chịu truy thu thuế và xử phạt hành chính. Bài viết này sẽ hướng dẫn cách xử lý sai phạm giao dịch liên kết, cách khắc phục giúp doanh nghiệp luôn chủ động.
Xử lý sai phạm trong giao dịch liên kết là gì
Xử lý sai phạm giao dịch liên kết là bước quan trọng giúp doanh nghiệp vừa tuân thủ pháp luật, vừa bảo vệ uy tín và tài chính. Giao dịch liên kết là các giao dịch xảy ra giữa các bên có mối quan hệ liên kết, chẳng hạn như giữa công ty mẹ và công ty con, hoặc giữa các công ty trong cùng nhóm cổ đông. Chúng có thể bao gồm: mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, chuyển giao tài sản vô hình, hỗ trợ tài chính nội bộ, hoặc các giao dịch phức tạp về lợi nhuận.
Tầm quan trọng của xử lý sai phạm giao dịch liên kết
Xử lý sai phạm giao dịch liên kết là yếu tố quyết định giúp doanh nghiệp duy trì hoạt động minh bạch, tuân thủ pháp luật và bảo vệ uy tín trên thị trường. Trong môi trường kinh doanh hiện nay, các giao dịch giữa các bên liên kết – như công ty mẹ và công ty con, hoặc các công ty cùng nhóm cổ đông – có thể liên quan đến mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, chuyển giao tài sản vô hình hoặc hỗ trợ tài chính nội bộ. Nếu không được kiểm soát chặt chẽ, những giao dịch này có nguy cơ tạo ra sai phạm về thuế, định giá và ghi nhận chi phí.
Việc xử lý sai phạm giao dịch liên kết giúp doanh nghiệp đạt được nhiều lợi ích quan trọng:
Tuân thủ pháp luật và giảm rủi ro thuế
Nếu chậm trễ trong xử lý sai phạm giao dịch liên kết, doanh nghiệp có thể đối mặt với nhiều hệ quả nghiêm trọng. Vì vậy cần chú ý đến các khía cạnh sau
- Đảm bảo các giao dịch tuân thủ nguyên tắc giá thị trường độc lập (arm’s length principle).
- Tránh cơ quan thuế truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), xử phạt hành chính hoặc lãi chậm nộp.
Bảo vệ uy tín doanh nghiệp
Việc xử lý sai phạm giao dịch liên kết không chỉ giúp tuân thủ pháp luật mà còn mang lại nhiều lợi ích rõ rệt, cụ thể là:
- Các sai phạm, nếu bị phát hiện, có thể ảnh hưởng trực tiếp đến niềm tin từ nhà đầu tư, đối tác và khách hàng.
- Xử lý kịp thời thể hiện tính minh bạch, nâng cao giá trị thương hiệu và uy tín quản trị doanh nghiệp
Tối ưu hóa quản trị rủi ro và nội bộ
Ngoài việc tuân thủ pháp luật và bảo vệ uy tín, xử lý sai phạm giao dịch liên kết còn mang lại cho doanh nghiệp hai giá trị nổi bật:
- Giúp doanh nghiệp phát hiện lỗ hổng trong quy trình kiểm soát nội bộ.
- Thiết lập các biện pháp phòng ngừa sai phạm trong tương lai, giảm thiểu chi phí và rủi ro pháp lý.
Nâng cao hiệu quả tài chính và chiến lược kinh doanh
Xử lý sai phạm giao dịch liên kết không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn mang lại hiệu quả trực tiếp trong quản trị tài chính, điển hình là:
- Đảm bảo chi phí và doanh thu được ghi nhận chính xác, hỗ trợ ra quyết định chiến lược.
- Giúp doanh nghiệp xây dựng kế hoạch tài chính và đầu tư.
Như vậy, xử lý sai phạm giao dịch liên kết không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là chiến lược quan trọng giúp doanh nghiệp hoạt động bền vững, bảo vệ lợi ích cổ đông và củng cố vị thế cạnh tranh trên thị trường.
Những trường hợp sai phạm giao dịch liên kết

Để dễ hình dung và có cái nhìn hệ thống hơn, dưới đây là bảng tổng hợp các trường hợp thường gặp sai phạm giao dịch liên kết.
Bảng: Tổng hợp trường hợp sai phạm giao dịch liên kết thường gặp.
| Loại sai phạm | Dấu hiệu nhận biết | Nguy cơ doanh nghiệp |
| Định giá không theo nguyên tắc giá thị trường (Arm’s Length Principle) | Biên lợi nhuận chênh lệch bất thường so với doanh nghiệp độc lập. Thiếu hồ sơ so sánh và chuyển giá. Giá bán nội bộ không có cơ sở thị trường. | Bị cơ quan thuế điều chỉnh thu nhập hoặc chi phí. Truy thu thuế, phạt và lãi chậm nộp. Gây méo mó báo cáo tài chính, ảnh hưởng uy tín |
| Thiếu minh bạch trong hợp đồng và chứng từ | Hợp đồng sơ sài, không rõ nghĩa vụ và cơ sở giá. Hóa đơn không khớp với thực tế dịch vụ. Hồ sơ lập bổ sung “sau sự kiện” | Bị coi là giao dịch không thực chất. Rủi ro bị xử phạt nặng do không chứng minh được bản chất giao dịch. |
| Chuyển lợi nhuận không hợp pháp (Profit Shifting) | Chi phí dịch vụ, lãi suất nội bộ cao bất thường. Phí bản quyền hoặc dịch vụ quản trị tập trung ở “thiên đường thuế”. Công ty ở nước thuế thấp hưởng lợi nhuận cao nhưng không có hoạt động và giá trị kinh tế thực tế. | Bị thanh tra theo chuẩn BEPS. Truy thu, phạt, thậm chí xử lý hình sự. Giảm minh bạch tập đoàn, mất niềm tin từ nhà đầu tư. |
| Không khai báo hoặc khai báo sai thông tin cho cơ quan thuế | Thiếu bảng kê hoặc tờ khai giao dịch liên kết. Mâu thuẫn số liệu giữa báo cáo tài chính và tờ khai. Dữ liệu không khớp với đối tác liên quan. | Phạt hành chính, truy thu. Nguy cơ bị thanh tra chuyên sâu. Có thể xử lý hình sự nếu gian dối nghiêm trọng. |
Qua bảng trên có thể thấy, mỗi loại sai phạm trong giao dịch liên kết đều tiềm ẩn những rủi ro pháp lý và tài chính khác nhau, nhưng đều có điểm chung là khiến doanh nghiệp đối diện với nguy cơ truy thu thuế, xử phạt và mất uy tín. Vì vậy, việc xử lý sai phạm giao dịch liên kết cần được thực hiện kịp thời, bài bản và dựa trên cơ sở pháp lý vững chắc. Chủ động rà soát, chuẩn hóa hồ sơ và tham vấn chuyên gia là cách tốt nhất để doanh nghiệp bảo vệ lợi ích và phát triển bền vững.
Số liệu cảnh tỉnh
Trong năm 2024, ngành Thuế đã tiến hành thanh tra, kiểm tra hơn 919 doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết, qua đó truy thu, truy hoàn và xử phạt lên tới hơn 1.780 tỷ đồng.
Theo Cục Thuế, con số trên cho thấy mức độ nghiêm trọng của hành vi chuyển giá trong hệ thống doanh nghiệp hiện nay.
Trong số các doanh nghiệp được kiểm tra, khối doanh nghiệp FDI chiếm tỷ trọng rất cao với nhiều rủi ro tiềm ẩn về giao dịch liên kết. Cũng trong năm 2024, có 253 doanh nghiệp FDI có giao dịch liên kết đã được thanh tra, kiểm tra. Kết quả, đã truy thu, truy hoàn, và xử phạt được 998,33 tỷ đồng và tăng thu nhập chịu thuế 4.087 tỷ đồng.
Căn cứ pháp lý và chuẩn mực áp dụng xử lý sai phạm giao dịch liên kết
Xử lý sai phạm giao dịch liên kết bắt đầu từ việc hiểu rõ khuôn khổ pháp luật về giao dịch liên kết (quy định nộp hồ sơ, phương pháp định giá, chế tài), thiết lập kiểm soát nội bộ phù hợp và khai thác vai trò cung cấp bằng chứng, đánh giá rủi ro của kiểm toán nội bộ đạt chuẩn. Tất cả nhằm giảm rủi ro truy thu, phạt và bảo vệ uy tín doanh nghiệp.

Nghị định 132/2020/NĐ-CP
Quy định quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Nêu rõ nghĩa vụ lập, lưu giữ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, quyền và trách nhiệm của cơ quan thuế khi thanh tra, kiểm tra. Đây là văn bản nền tảng để xác định doanh nghiệp phải chuẩn bị hồ sơ chuyển giá (transfer pricing) và là căn cứ xử lý sai phạm giao dịch liên kết.
Luật thuế thu nhập doanh nghiệp
Mọi điều chỉnh về thu nhập chịu thuế, cơ sở khấu trừ chi phí, và các quy định liên quan đến xử lý thuế đều ảnh hưởng trực tiếp đến cách xử lý sai phạm. Căn cứ Luật thuế TNDN số 67/2025/QH15 được Quốc hội thông qua 14/06/2025 và có hiệu lực 01/10/2025. Luật thuế quy định lại mức lãi suất thuế, doanh nghiệp cần nắm để thực hiện đúng để tránh bị xử lý sai phạm giao dịch liên kết. Cùng MAN – Master Accountant Network tìm hiểu mức lãi suất thuế theo Luật.
Bảng: Thuế suất thu nhập doanh nghiệp theo Luật thuế số 67/2025/QH15.
| Đối tượng/ Điều kiện áp dụng | Thuế suất TNDN | Ghi chú pháp lý |
| Mức thuế suất phổ thông (áp dụng chung) | 20% | Trừ trường hợp quy định tại các khoản 2, 3, 4 Điều 10 của Luật này và đối tượng ưu đãi về thuế suất quy định tại Điều 13. |
| Doanh nghiệp có tổng doanh thu dưới 3 tỷ đồng | 15% | Doanh thu căn cứ là của kỳ tính thuế liền kề trước. |
| Doanh nghiệp có tổng doanh thu năm trên 3 tỷ và dưới 50 tỷ | 17% | Doanh thu căn cứ là của kỳ tính thuế liền kề trước. |
| Hoạt động tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí | 25% – 50% | Căn cứ vào vị trí, điều kiện khai thác và trữ lượng mỏ. Thủ tướng Chính phủ quyết định mức thuế suất cụ thể phù hợp với từng hợp đồng dầu khí. |
| Hoạt động thăm dò, khai thác tài nguyên | 50% | Nếu trên 70% diện tích mỏ ở địa bàn đặc biệt khó khăn thì thuế suất là 40%. |
Trong đó, nhóm Thuế suất 15%, 17%: Không áp dụng đối với doanh nghiệp là công ty con hoặc công ty có quan hệ liên kết mà doanh nghiệp trong quan hệ liên kết không phải là doanh nghiệp đáp ứng điều kiện áp dụng thuế suất ưu đãi (căn cứ khoản 4 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025)
Hướng dẫn quốc tế OECD
OECD là chuẩn mực tham chiếu quốc tế trong xác định phương pháp so sánh, phân tích FAR (Functions – Assets – Risks) và chuẩn bị hồ sơ ba bậc (master file, local file, CbCR). Khi xử lý sai phạm, benchmarking và phương pháp luận theo OECD tăng tính thuyết phục trong giải trình với cơ quan thuế.
Sau khi phân tích đầy đủ căn cứ pháp lý, có thể thấy rằng việc chậm trễ hoặc xử lý sai phạm giao dịch liên kết thiếu bài bản sẽ khiến doanh nghiệp đối mặt nguy cơ truy thu thuế, phạt chậm nộp và mất uy tín với cơ quan quản lý. Vì vậy, bước tiếp theo không thể bỏ qua chính là các bước xử lý sai phạm giao dịch liên kết một cách chặt chẽ, khoa học và minh bạch.
Quy trình các bước xử lý sai phạm giao dịch liên kết

Để giúp doanh nghiệp dễ dàng hình dung và triển khai thực tế, dưới đây là bảng quy trình các bước xử lý sai phạm giao dịch liên kết. Cách tiếp cận này không chỉ giúp theo dõi rõ ràng từng bước, mà còn cho phép doanh nghiệp nhận diện mục tiêu và những lưu ý quan trọng ngay từ đầu.
Bảng: Quy trình thực hiện xử lý sai phạm giao dịch liên kết
| Bước | Nội dung thực hiện | Mục tiêu | Lưu ý |
| Rà soát và phát hiện sai phạm | Kiểm tra hồ sơ kê khai, báo cáo giao dịch liên kết và đối chiếu với dữ liệu thực tế | Xác định rõ loại sai phạm (thiếu hồ sơ, sai định giá, thiếu minh chứng,…) | Nên có sự tham vấn, hỗ trợ từ đơn vị kinh nghiệm trong ngành hoặc công cụ phân tích dữ liệu. |
| Đánh giá mức độ rủi ro | Phân loại sai phạm theo tính chất từ nhẹ (thiếu hồ sơ) đến nặng (chuyển giá). | Ưu tiên xử lý sai phạm giao dịch liên kết có tính nghiêm trọng, tránh để rủi ro bị ấn định thuế, thậm chí vi phạm pháp luật. | Căn cứ theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP và hướng dẫn OECD. |
| Thu thập và hoàn thiện chứng từ | Bổ sung hợp đồng, báo cáo so sánh, tài liệu định giá. | Đảm bảo tính hợp pháp và minh bạch trong giao dịch liên kết. | Hồ sơ cần chuẩn bị đúng yêu cầu Nghị định. |
| Điều chỉnh và khắc phục | Điều chỉnh giá giao dịch theo nguyên tắc thị trường độc lập. | Giảm thiểu khả năng bị truy thu thuế, xử phạt hành chính. | Lập báo cáo giải trình lý do và cơ sở điều chỉnh. |
| Làm việc với cơ quan thuế | Chủ động trao đổi, cung cấp thông tin và giải trình khi có yêu cầu. | Rõ ràng, minh bạch với cơ quan quản lý | Không trì hoãn hoặc che giấu thông tin, khai lệch thông tin. |
| Thiết lập kiểm soát nội bộ | Xây dựng hệ thống giám sát, cập nhật hồ sơ thường niên, áp dụng tuân thủ Nghị định và hướng dẫn OECD | Tăng tính tuân thủ và quản trị rủi ro | Nếu doanh nghiệp không đủ đội ngũ chuyên thì nên cân nhắc bên thứ 3 độc lập để được tư vấn, rà soát định kỳ. |
Việc xử lý sai phạm giao dịch liên kết không chỉ là giải quyết tình huống phát sinh, mà còn là quá trình xây dựng hệ thống quản trị tuân thủ dài hạn. Nếu doanh nghiệp chủ động rà soát, khắc phục sai sót và thiết lập kiểm soát nội bộ hiệu quả, thì không chỉ giảm thiểu rủi ro truy thu thuế, xử phạt hành chính, mà còn củng cố được uy tín với cơ quan quản lý, nhà đầu tư và đối tác. Đây chính là nền tảng vững chắc để phát triển bền vững trong bối cảnh quy định ngày càng gắt gao.
Kết luận
Xử lý sai phạm giao dịch liên kết không chỉ là việc khắc phục sai sót để tránh truy thu thuế và xử phạt, mà còn là bước đi chiến lược nhằm củng cố hệ thống quản trị, gia tăng uy tín và đảm bảo phát triển bền vững. Thực tế cho thấy, những doanh nghiệp chủ động xây dựng cơ chế kiểm soát nội bộ, cập nhật kịp thời quy định pháp luật và minh bạch trong báo cáo luôn duy trì được lợi thế cạnh tranh dài hạn.
Nếu doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp toàn diện và đội ngũ đồng hành đáng tin cậy, MAN – Master Accountant Network chính là nơi để đặt trọn niềm tin với đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm, sẵn sàng hỗ trợ doanh nghiệp trong việc rà soát, xử lý và tối ưu hóa chiến lược quản trị giao dịch liên kết.
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile / Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Ban biên tập: MAN – Master Accountant Network




