Lộ trình giao dịch liên kết tại Việt Nam hiện được điều chỉnh bởi Nghị định 132/2020/NĐ-CP và sửa đổi tại Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Đây là khung pháp lý quan trọng giúp doanh nghiệp nhận diện quan hệ liên kết, thực hiện kê khai trên phần mềm hỗ trợ kê khai (HTKK) và xây dựng hồ sơ xác định giá theo nguyên tắc giao dịch độc lập. Việc nắm rõ lộ trình này không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là giải pháp quản trị rủi ro thuế hiệu quả.

Lộ trình giao dịch liên kết theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP: Cập nhật mới nhất

Trong bối cảnh cơ quan thuế tăng cường quản lý các hoạt động giao dịch liên kết, Nghị định 20/2025/NĐ-CP vừa ban hành đã cập nhật hàng loạt quy định quan trọng, tác động trực tiếp đến doanh nghiệp thuộc diện áp dụng. Việc nắm rõ lộ trình giao dịch liên kết không chỉ giúp doanh nghiệp chủ động chuẩn bị hồ sơ, dữ liệu định giá giao dịch mà còn tránh được rủi ro bị truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết các mốc thời gian, bước triển khai và lưu ý quan trọng theo Nghị định mới.

Giới thiệu và tầm quan trọng của lộ trình giao dịch liên kết

Lộ trình giao dịch liên kết trong quản lý giao dịch liên kết là gì? 

Việc quản lý thuế giao dịch liên kết, lộ trình giao dịch liên kết được hiểu là quá trình và thời điểm doanh nghiệp bắt đầu thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về kê khai, lập hồ sơ và xác định giá giao dịch liên kết theo quy định mới. Lộ trình giao dịch liên kết bao gồm: thời điểm văn bản có hiệu lực, các kỳ tính thuế được áp dụng, và các quy định chuyển tiếp đối với những giao dịch hoặc số liệu phát sinh trước khi văn bản mới ban hành.

Theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP (sửa đổi Nghị định 132/2020/NĐ-CP), các quy định mới có hiệu lực từ ngày 27/03/2025 và áp dụng cho kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 2024 trở đi. Điều này đồng nghĩa với việc:

• Các doanh nghiệp phải chuẩn bị hồ sơ và hệ thống dữ liệu giao dịch liên kết ngay từ kỳ kế toán năm 2024, dù thời điểm nộp tờ khai là năm 2025.
• Những khoản chi phí, đặc biệt là chi phí lãi vay vượt mức khống chế từ các năm trước, sẽ được xử lý theo quy định chuyển tiếp mới.
• Doanh nghiệp cần rà soát hợp đồng, cơ cấu vay vốn, quan hệ liên kết và hồ sơ định giá chuyển nhượng để đảm bảo đáp ứng chuẩn mới khi nộp tờ khai.

Nghị định 20/2025/NĐ-CP sửa đổi, làm rõ nhiều tiêu chí về bên liên kết, bổ sung phạm vi kê khai (bao gồm chi nhánh hạch toán độc lập trong một số trường hợp) và điều chỉnh cách xử lý một số khoản vay, bảo lãnh. Về mặt thực tiễn, điều quan trọng với doanh nghiệp là hiểu rằng quy định áp dụng cho giao dịch phát sinh từ năm tài chính 2024, nên công tác chuẩn bị phải bắt đầu sớm.

Lộ trình giao dịch liên kết chi tiết theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP

Giai đoạn 1: Rà soát và đánh giá hiện trạng

Doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ giao dịch trong và ngoài nước, đối chiếu với tiêu chí liên kết mới tại Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP (đã sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP). Các tiêu chí này bao gồm: tỷ lệ sở hữu, quyền kiểm soát, khoản vay, và các mối quan hệ điều hành, góp vốn.

Mục tiêu: Xác định doanh nghiệp có thuộc diện phải kê khai và lập hồ sơ giao dịch liên kết hay không.

Giai đoạn 2: Áp dụng quy định mới 

Từ ngày này, một số trường hợp được loại trừ khỏi quan hệ liên kết, ví dụ: khoản vay ngân hàng dù vượt 25% vốn chủ sở hữu và chiếm trên 50% tổng giá trị nợ trung, dài hạn nhưng không bị coi là giao dịch liên kết nếu ngân hàng không điều hành, kiểm soát hay góp vốn vào doanh nghiệp đi vay.

Ngoài ra, chi nhánh hạch toán độc lập nay cũng phải kê khai thuế TNDN như doanh nghiệp độc lập nếu tham gia quan hệ liên kết.

Giai đoạn 3: Hoàn thiện hồ sơ

Doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết gồm:

• Local file (Hồ sơ quốc gia): Thông tin chi tiết về giao dịch liên kết của doanh nghiệp tại Việt Nam.
• Master file (Hồ sơ tập đoàn): Thông tin chung của tập đoàn đa quốc gia (nếu có).
• Country-by-Country Report – CbCR: Báo cáo lợi nhuận, thuế và hoạt động tại từng quốc gia (áp dụng với tập đoàn doanh thu hợp nhất trên 18.000 tỷ đồng).

Giai đoạn 4: Lưu trữ và sẵn sàng giải trình

Cơ quan thuế có thể yêu cầu cung cấp hồ sơ trong vòng 15 ngày làm việc kể từ khi có yêu cầu. Doanh nghiệp cần lưu trữ hồ sơ trong ít nhất 5 năm và chuẩn bị sẵn sàng để giải trình khi có thanh tra, kiểm tra thuế.

Xem chi tiết tại: Lộ trình giao dịch liên kết 2025

Việc áp dụng quy định về giao dịch liên kết không chỉ là yêu cầu pháp lý bắt buộc mà còn là yếu tố then chốt để doanh nghiệp quản lý rủi ro thuế và tuân thủ minh bạch. Nghị định 20/2025/NĐ-CP, ban hành ngày 27/3/2025, đã điều chỉnh, bổ sung một số nội dung so với Nghị định 132/2020/NĐ-CP, trong đó có quy định rõ về lộ trình áp dụng các nghĩa vụ kê khai, lập hồ sơ và xác định giá giao dịch liên kết.

Điều này đồng nghĩa, từ thời điểm Nghị định có hiệu lực, mọi doanh nghiệp phát sinh giao dịch liên kết thuộc phạm vi điều chỉnh đều phải nắm rõ mốc thời gian triển khai và trình tự thực hiện để tránh vi phạm. Không nắm được lộ trình giao dịch liên kết có thể khiến doanh nghiệp rơi vào tình trạng chậm kê khai, thiếu hồ sơ, dẫn đến bị truy thu thuế, áp dụng mức phạt cao hoặc thậm chí bị xem xét hành vi trốn thuế.

Tác động trực tiếp đến nghĩa vụ thuế và hoạt động tài chính

Việc áp dụng lộ trình giao dịch liên kết theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP không chỉ là yêu cầu tuân thủ pháp luật mà còn ảnh hưởng ngay lập tức đến số thuế doanh nghiệp phải nộp và cách doanh nghiệp quản lý dòng tiền.

Về nghĩa vụ thuế, các quy định mới về xác định giá giao dịch liên kết, khống chế chi phí lãi vay, và yêu cầu lập và lưu giữ hồ sơ định giá sẽ quyết định mức chi phí hợp lệ được khấu trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Nếu doanh nghiệp không tuân thủ hoặc kê khai sai, cơ quan thuế có quyền điều chỉnh thu nhập chịu thuế, dẫn đến tăng số thuế phải nộp kèm tiền phạt và tiền chậm nộp.

Về hoạt động tài chính, quy định mới buộc doanh nghiệp phải xem xét lại cấu trúc vốn, hợp đồng vay, chính sách giá bán – giá mua với bên liên kết để đảm bảo vừa phù hợp với chiến lược kinh doanh, vừa không vượt các ngưỡng khống chế pháp luật. Điều này tác động trực tiếp đến khả năng huy động vốn, phân bổ chi phí và lợi nhuận, cũng như báo cáo tài chính hằng năm.

Lộ trình giao dịch liên kết là điểm giao giữa tuân thủ thuế và chiến lược tài chính. Doanh nghiệp xử lý tốt sẽ tối ưu hóa được nghĩa vụ thuế và duy trì sức khỏe tài chính. Ngược lại, nếu chủ quan, rủi ro bị truy thu và mất cân đối dòng tiền là rất lớn.

Rủi ro nếu doanh nghiệp bỏ qua hoặc chậm chuẩn bị

Việc trì hoãn chuẩn bị hồ sơ giao dịch liên kết không chỉ là một thiếu sót hành chính, mà còn tiềm ẩn nhiều hệ quả nghiêm trọng đối với cả nghĩa vụ thuế và sự ổn định tài chính của doanh nghiệp.

Nguy cơ bị truy thu thuế và phạt là rõ ràng. Khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, nếu phát hiện doanh nghiệp không có hồ sơ hoặc hồ sơ lập không đúng quy định, họ có quyền ấn định lại giá giao dịch và điều chỉnh thu nhập chịu thuế. 

Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp có thể phải nộp bổ sung số tiền thuế lớn kèm theo tiền chậm nộp và tiền phạt vi phạm hành chính.

Theo quy định pháp luật, mức phạt khi bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) được quy định tại điều 126 Luật Quản lý thuế năm 2019 về mức phạt như sau: 

“Trường hợp người nộp thuế có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, thì bị phạt tiền 20% số tiền thuế trốn.

 Trường hợp người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thì bị phạt tiền chậm nộp bằng 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp. 

Trường hợp người nộp thuế khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, thì bị phạt tiền 10% số tiền thuế thiếu.

Trường hợp người nộp thuế không nộp tiền thuế hoặc nộp không đủ tiền thuế đến mức bị truy thu, thì bị phạt tiền 10% số tiền thuế nộp thiếu.

Trường hợp người nộp thuế khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp nhưng đã nộp đủ số tiền thuế phải nộp theo quy định, thì bị phạt tiền 0,05%/ngày tính trên số tiền thuế thiếu nhưng đã nộp đủ”

Nguồn: Báo Dân Việt

Như vậy, việc nắm rõ và triển khai đúng lộ trình giao dịch liên kết theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn đảm bảo sự ổn định trong hoạt động tài chính và quản trị rủi ro thuế. Khi toàn bộ các bước chuẩn bị đã sẵn sàng, đây chính là thời điểm để doanh nghiệp nhìn lại chiến lược của mình, củng cố hệ thống kiểm soát nội bộ và chủ động ứng phó với những thay đổi chính sách. Từ đó, chúng ta có thể rút ra những kết luận quan trọng và định hướng hành động phù hợp trong tương lai.

Với những tác động trực tiếp đến nghĩa vụ thuế và uy tín doanh nghiệp, việc nắm rõ và thực hiện đúng lộ trình giao dịch liên kết theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP. Đây là thời điểm để doanh nghiệp hành động, đảm bảo tuân thủ pháp luật, tối ưu hiệu quả tài chính.

Kết luận

Trong bối cảnh môi trường pháp lý ngày càng chặt chẽ và cơ quan thuế tăng cường kiểm soát, việc tuân thủ lộ trình giao dịch liên kết theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP là yếu tố sống còn đối với mọi doanh nghiệp. Không chỉ giúp tránh rủi ro pháp lý, giảm nguy cơ bị truy thu thuế và xử phạt, mà còn góp phần nâng cao uy tín, tạo niềm tin với đối tác, nhà đầu tư và cơ quan quản lý.

Doanh nghiệp cần coi đây không chỉ là một quy định bắt buộc, mà là cơ hội để rà soát lại cấu trúc giao dịch, tối ưu chiến lược tài chính và quản trị nội bộ theo chuẩn quốc tế. Khi chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, dữ liệu và quy trình giám sát, doanh nghiệp sẽ luôn ở thế chủ động, sẵn sàng đáp ứng yêu cầu thanh tra, kiểm tra và phát triển bền vững.

Để được tư vấn cụ thể, doanh nghiệp vui lòng liên hệ MAN – Master Accoutant Network qua: 

• Địa chỉ: Số 19A, Đường 43, Phường Bình Thuận, Quận 7, TP. Hồ Chí Minh.

• Mobile/zalo:+84 (0) 903 963 163 hoặc +84 (0) 903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Ban biên tập: MAN – Master Accountant Network