Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết (Local File) 2026 – Tránh ấn định thuế

Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết (Local File) là tài liệu bắt buộc nhưng cũng tiềm ẩn rủi ro lớn nhất trong các kỳ thanh tra giá chuyển nhượng năm 2026. Bài viết này phân tích đúng, đủ và sâu các quy định pháp lý hiện hành, chỉ rõ ai phải lập, ai được miễn, cách chuẩn hóa phân tích FAR, phương pháp so sánh và biên lợi nhuận an toàn, đồng thời cảnh báo nguy cơ ấn định thuế, truy thu và phạt nặng nếu lập hồ sơ sai. Nội dung được xây dựng theo góc nhìn chuyên gia về giao dịch liên kết, giúp doanh nghiệp chủ động kiểm soát rủi ro và tối ưu tuân thủ ngay từ trước kỳ quyết toán.

Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết là gì?

Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết (tiếng Anh gọi là Local File) là tài liệu chi tiết mô tả các giao dịch của người nộp thuế với các bên liên kết trong một kỳ tính thuế cụ thể. Khác với Hồ sơ toàn cầu (Master File) tập trung vào bức tranh chung của tập đoàn, Local File tập trung vào tính hợp lý của giá giao dịch tại thị trường Việt Nam.

Tại sao hồ sơ quốc gia lại quan trọng?

Căn cứ theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, đây là “lá chắn” pháp lý bắt buộc để doanh nghiệp chứng minh rằng các giao dịch của mình tuân thủ nguyên tắc “giao dịch độc lập”. Nếu không có Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết hoặc hồ sơ không đạt yêu cầu, cơ quan thuế có quyền ấn định mức giá, tỷ suất lợi nhuận và thu nhập chịu thuế, đồng thời xử phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Khung pháp lý và Nguyên tắc cốt lõi năm 2026

Năm 2026, việc quản lý thuế giao dịch liên kết vẫn dựa trên nền tảng của Nghị định 132/2020/NĐ-CP, nhưng được hỗ trợ bởi hệ thống phân tích dữ liệu lớn (Big Data) của Tổng cục Thuế.

Nguyên tắc “Bản chất quyết định nghĩa vụ thuế

Cơ quan thuế sẽ phân tích bản chất thực tế của giao dịch thay vì chỉ dựa trên hợp đồng giấy tờ. Mọi chi phí phát sinh trong Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết phải chứng minh được lợi ích kinh tế trực tiếp cho doanh nghiệp tại Việt Nam.

Nguyên tắc giao dịch độc lập (Arm’s length principle)

Đây là tiêu chuẩn vàng. Giá trị giao dịch giữa các bên liên kết phải tương đương với giá trị giao dịch giữa các bên độc lập trong điều kiện tương đương. Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết phải sử dụng các dữ liệu so sánh từ các cơ sở dữ liệu thương mại uy tín để chứng minh tính trung thực của mức giá này.

Nội dung chi tiết của Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết (Mẫu số 02)

Để đảm bảo tính tuân thủ, một bộ Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết hoàn chỉnh phải được lập theo danh mục tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, bao gồm các phần chính sau:

Phần 1: Thông tin về Người nộp thuế

Doanh nghiệp cần cung cấp sơ đồ tổ chức bộ máy, danh sách các cá nhân hoặc đơn vị mà mình báo cáo trực tiếp. Đặc biệt, chiến lược kinh doanh và bối cảnh thị trường (đối thủ cạnh tranh, rào cản ngành) cần được mô tả rõ nét để cơ quan thuế hiểu về vị thế của doanh nghiệp.

Phần 2: Thông tin về các Giao dịch liên kết

Đây là phần cốt lõi của Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết. Doanh nghiệp phải mô tả:

• Loại hình giao dịch: Mua bán nguyên vật liệu, chuyển giao công nghệ, cho vay vốn…
• Phân tích FAR (Function – Asset – Risk): Phân tích chi tiết các chức năng thực hiện, tài sản sử dụng và rủi ro gánh chịu.

Phần 3: Phương pháp xác định giá và Dữ liệu so sánh

Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết phải lựa chọn một trong các phương pháp quy định tại Điều 13, 14, 15 của Nghị định 132/2020/NĐ-CP:

• Phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập (CUP).
• Phương pháp giá bán lại (Resale Price).
• Phương pháp giá vốn cộng lãi (Cost Plus).
• Phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận thuần (TNMM) – Phương pháp phổ biến nhất.

Sau khi nắm rõ cấu trúc và nội dung chi tiết của Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết (Mẫu số 02), câu hỏi tiếp theo mà hầu hết doanh nghiệp quan tâm là: liệu mình có bắt buộc phải lập hồ sơ hay thuộc trường hợp được miễn trừ theo quy định pháp luật? Việc xác định đúng đối tượng áp dụng ngay từ đầu không chỉ giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí tuân thủ mà còn tránh rủi ro bị đánh giá sai trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.

Tải mẫu Phụ lục II Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết:

Chi tiết đối tượng phải lập và các trường hợp Miễn trừ

Việc xác định đúng đối tượng giúp doanh nghiệp tránh rủi ro pháp lý không đáng có.

Đối tượng bắt buộc phải lập Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết

Căn cứ theo Điều 18 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, người nộp thuế có phát sinh giao dịch liên kết phải lập và lưu giữ Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết. Để xác định mình có thuộc đối tượng này hay không, doanh nghiệp cần đối chiếu qua 2 bước:

Bước 1: Xác định quan hệ liên kết doanh nghiệp thuộc đối tượng phải lập hồ sơ nếu có quan hệ liên kết với bên đối tác thông qua các tiêu chí:

• Sở hữu vốn: Một bên nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 25% vốn góp của bên kia.
• Kiểm soát điều hành: Một bên nắm quyền kiểm soát trực tiếp/gián tiếp trên 50% tổng giá trị doanh số mua vào/bán ra hoặc nắm quyền quyết định các chính sách tài chính/hoạt động.
• Quan hệ vay mượn: Doanh nghiệp vay hoặc cho vay vốn ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp.
• Quản trị: Có cùng một cá nhân điều hành, kiểm soát hoặc cùng chịu sự quản lý của một nhóm cá nhân có quan hệ gia đình.

Bước 2: Phát sinh giao dịch trong kỳ tính thuế, sau khi xác định có quan hệ liên kết, nếu phát sinh các giao dịch như mua, bán, trao đổi, thuê, cho thuê, chuyển giao hàng hóa, dịch vụ, tài sản vô hình, vay/cho vay… thì doanh nghiệp chính thức trở thành đối tượng cần hoàn thiện hồ sơ giao dịch liên kết cấp quốc gia.

Đối tượng cụ thể thường gặp:

• Doanh nghiệp FDI nhận hỗ trợ kỹ thuật, bản quyền, hoặc vay vốn từ công ty mẹ ở nước ngoài.
• Các doanh nghiệp Việt Nam thuộc mô hình Group (Tập đoàn) có mua bán hàng hóa, nguyên vật liệu nội bộ giữa công ty mẹ và các công ty con/cháu.

Các trường hợp được Miễn lập Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết

Doanh nghiệp được miễn trách nhiệm lập Local File và Master File trong các trường hợp sau:

• Trường hợp 1 (Quy mô nhỏ): Doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng;
• Trường hợp 2 (Đã ký kết APA): Đã ký kết Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá và nộp báo cáo APA thường niên.
• Trường hợp 3 (Tỷ suất lợi nhuận chuẩn): Doanh thu dưới 200 tỷ đồng, thực hiện chức năng kinh doanh đơn giản và đạt tỷ suất lợi nhuận thuần (EBIT/Doanh thu) từ 5% (Phân phối), 10% (Sản xuất) hoặc 15% (Gia công);
• Trường hợp 4: Hai doanh nghiệp có giao dịch liên kết cùng mức thuế suất thuế TNDN 20%.

Mặc dù quy định đã phân định rõ đối tượng phải lập và các trường hợp được miễn trừ Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết, nhưng trên thực tế, không ít doanh nghiệp hiểu sai điều kiện miễn, áp dụng không đầy đủ hoặc không chứng minh được căn cứ pháp lý khi bị kiểm tra. Đây chính là nguyên nhân khiến nhiều hồ sơ bị bác bỏ, dẫn đến truy thu và xử phạt nặng. Từ đây, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý đến các rủi ro, mức phạt và hệ lụy pháp lý khi vi phạm quy định về giao dịch liên kết trong các kỳ thanh tra thuế.

Cảnh báo rủi ro: Mức phạt và hệ lụy khi sai phạm

Năm 2026, cơ quan Thuế không chỉ truy thu thuế mà còn áp dụng các chế tài nghiêm khắc theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Việc thiếu sót trong Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết có thể khiến doanh nghiệp đối mặt với:

Phạt hành chính về thủ tục hồ sơ

Đối với các sai phạm liên quan đến việc thiết lập và cung cấp tài liệu, doanh nghiệp sẽ phải chịu các chế tài trực tiếp về mặt hành chính, cụ thể như sau:

• Không lập hồ sơ: Mức phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi không lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo quy định.
• Cung cấp hồ sơ chậm trễ: Phạt từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng nếu nộp chậm so với thời hạn yêu cầu của cơ quan thanh tra hoặc cung cấp thiếu danh mục tài liệu theo quy định.

Phạt về hành vi khai sai và trốn thuế

Tuy nhiên, các án phạt hành chính kể trên mới chỉ là bề nổi của “tảng băng chìm”. Hậu quả tài chính nặng nề nhất thực sự nằm ở các chế tài đánh trực tiếp vào số thuế phải nộp khi doanh nghiệp bị xác định có sai phạm về giá:

• Phạt 20% trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn quy định do việc xác định sai giá giao dịch liên kết.
• Phạt từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn nếu cơ quan thuế xác định doanh nghiệp có hành vi cố tình chuyển giá để làm giảm nghĩa vụ thuế tại Việt Nam.
• Tiền chậm nộp: Tính 0.03%/ngày trên tổng số tiền thuế truy thu. Đây là con số “lãi chồng lãi” cực kỳ nguy hiểm nếu đợt thanh tra kéo dài qua nhiều kỳ tính thuế.

Quyền ấn định thuế của cơ quan chức năng

Cơ quan thuế có quyền ấn định tỷ suất lợi nhuận nếu không cung cấp được Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết hợp lệ.

5 Sai lầm khiến doanh nghiệp bị ấn định thuế

Để giúp doanh nghiệp nhận diện nhanh các sai sót thường gặp và chủ động phòng ngừa rủi ro thanh tra, bảng dưới đây tổng hợp những vấn đề điển hình phát sinh trong quá trình lập Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết, kèm theo hệ lụy thực tế khi cơ quan thuế kiểm tra, ấn định thuế.

Những sai sót trong Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết (Local File) thường không xuất phát từ việc cố tình vi phạm mà đến từ hiểu sai quy định, thiếu cập nhật và chuẩn bị hồ sơ mang tính hình thức. Tuy nhiên, trong bối cảnh thanh tra thuế ngày càng chuyên sâu, các lỗi này hoàn toàn có thể dẫn đến loại trừ chi phí, ấn định thuế và phát sinh khoản phạt lớn, buộc doanh nghiệp phải chủ động rà soát và hoàn thiện hồ sơ một cách bài bản, nhất quán ngay từ đầu kỳ tính thuế.

Thời hạn cung cấp và Quy trình lưu trữ

Căn cứ Điều 18 Nghị định 132/2020/NĐ-CP:

• Thời hạn lập: Hoàn thành trước khi nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN.
• Thời hạn cung cấp: Trong vòng 30 ngày làm việc khi có yêu cầu.

Kết luận

Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết không còn đơn thuần là nghĩa vụ tuân thủ mà đã trở thành công cụ bảo vệ doanh nghiệp trước rủi ro ấn định thuế và truy thu kéo dài nhiều năm. Khi cơ quan Thuế tăng cường phân tích dữ liệu và thanh tra trọng điểm trong năm 2026, việc chuẩn hóa hồ sơ, lựa chọn phương pháp xác định giá phù hợp và cập nhật thông tin kịp thời sẽ giúp doanh nghiệp chủ động kiểm soát chi phí thuế và giữ vững tính minh bạch tài chính. Trong trường hợp doanh nghiệp cần rà soát mức độ tuân thủ hoặc chuẩn bị hồ sơ trước kỳ thanh tra, việc tham vấn chuyên gia giao dịch liên kết ngay từ sớm sẽ là bước đi hiệu quả để giảm thiểu rủi ro.

Việc chuẩn hóa Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro ấn định thuế và truy thu kéo dài. Nếu doanh nghiệp đang cần rà soát độc lập Local File và Master File hoặc chuẩn bị hồ sơ trước kỳ thanh tra, sự đồng hành của MAN – Master Accountant Network với đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm về giá chuyển nhượng sẽ giúp quá trình tuân thủ diễn ra bài bản, hiệu quả và tiết kiệm chi phí hơn.

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

• Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Câu hỏi thường gặp về Hồ sơ quốc gia giao dịch liên kết

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) và CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.

Ban biên tập MAN – Master Accountant Network