Bổ sung phụ lục giao dịch liên kết như thế nào?

Trong bối cảnh cơ quan Thuế ngày càng siết chặt quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) và các tập đoàn trong nước. Chỉ một sai sót nhỏ trong kê khai Phụ lục I, II, III hoặc IV theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP cũng có thể khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế, loại chi phí lãi vay và thậm chí bị ấn định thuế. Vậy nếu phát hiện chưa nộp hoặc chưa chuẩn bị hồ sơ báo cáo giao dịch liên kết, doanh nghiệp cần thực hiện gấp bổ sung phụ lục giao dịch liên kết để đảm bảo tính tuân thủ và tránh rủi ro bị ấn định thuế. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết dựa trên các quy định pháp luật thực thi năm 2026.

Căn cứ pháp lý quan trọng về giao dịch liên kết

Để hiểu rõ việc bổ sung phụ lục giao dịch liên kết như thế nào cho đúng, trước hết kế toán và chủ doanh nghiệp cần nắm vững các văn bản cốt lõi. Việc trích dẫn đúng luật không chỉ giúp doanh nghiệp tự tin khi giải trình mà còn là tăng tính thuyết phục trong hồ sơ thuế.

• Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14: Quy định khung về nghĩa vụ khai thuế, trách nhiệm của người nộp thuế và quyền hạn của cơ quan quản lý thuế trong việc chống chuyển giá.
• Nghị định 132/2020/NĐ-CP: Đây là văn bản quan trọng nhất quy định chi tiết về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Nghị định này thiết lập các tiêu chuẩn nghiêm ngặt về so sánh giá và khống chế chi phí lãi vay (vẫn là văn bản hiệu lực cao nhất tính đến 2026).
• Thông tư 80/2021/TT-BTC: Hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, cung cấp các biểu mẫu và quy trình kê khai cụ thể mà doanh nghiệp phải tuân thủ.

Theo quy định tại Điều 18 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, người nộp thuế có giao dịch liên kết có trách nhiệm kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo các Mẫu phụ lục ban hành kèm theo Nghị định và nộp cùng Tờ khai quyết toán thuế TNDN.

Đối tượng nào phải thực hiện bổ sung phụ lục giao dịch liên kết?

Thực tế sau kỳ quyết toán thuế TNDN ngày 31/03, rất nhiều doanh nghiệp mới “giật mình” rà soát lại hồ sơ và phát hiện mình thuộc diện có giao dịch liên kết nhưng chưa kê khai đầy đủ các phụ lục theo quy định. Đây là tình trạng khá phổ biến, đặc biệt tại các doanh nghiệp FDI, công ty gia đình, doanh nghiệp có vay vốn từ giám đốc hoặc phát sinh giao dịch nội bộ trong cùng hệ sinh thái.

Không ít trường hợp đến sau thời điểm nộp quyết toán, doanh nghiệp mới bắt đầu tìm hiểu bổ sung phụ lục giao dịch liên kết để kịp thời khắc phục sai sót, tránh bị cơ quan thuế đánh giá rủi ro cao hoặc xử phạt hành chính. Nguyên nhân chủ yếu đến từ việc doanh nghiệp chưa nhận diện đúng quan hệ liên kết theo quy định tại Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP. 

Một số trường hợp điển hình thường gặp bao gồm:

• Một bên tham gia trực tiếp hoặc gián tiếp vào ít nhất 25% vốn góp chủ sở hữu của bên kia.
• Cả hai bên đều có ít nhất 25% vốn góp chủ sở hữu được một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp.
• Một doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho doanh nghiệp khác vay vốn dưới bất kỳ hình thức nào với điều kiện khoản vốn vay ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp đi vay. Đây là trường hợp rất phổ biến tại các doanh nghiệp Việt Nam khi vay vốn ngân hàng dưới sự bảo lãnh của cá nhân chủ doanh nghiệp hoặc vay trực tiếp từ giám đốc/người điều hành.
• Một doanh nghiệp chỉ định thành viên Ban điều hành hoặc nắm quyền kiểm soát một doanh nghiệp khác.

Nếu doanh nghiệp bạn thuộc một trong các trường hợp trên và có phát sinh giao dịch (mua bán hàng hóa, cho vay, cung cấp dịch vụ, chuyển nhượng tài sản vô hình…) trong kỳ tính thuế, bạn bắt buộc phải thực hiện kê khai các phụ lục đi kèm tờ khai quyết toán thuế TNDN.

Quy trình thực hiện bổ sung phụ lục giao dịch liên kết như thế nào cho chuẩn?

Việc bổ sung hoặc kê khai này thường xảy ra trong hai bối cảnh: Kê khai lần đầu cùng quyết toán thuế TNDN cuối năm hoặc thực hiện kê khai bổ sung khi phát hiện ra sai sót ở các kỳ trước. 

Để biết bổ sung phụ lục giao dịch liên kết như thế nào là  chuyên nghiệp, hãy tuân thủ 4 bước sau:

Bước 1: Xác định danh mục các bên liên kết và các giao dịch phát sinh

Kế toán cần rà soát lại toàn bộ danh sách cổ đông, các khoản vay, các hợp đồng mua bán với công ty mẹ, công ty con hoặc các công ty trong cùng hệ thống tập đoàn. Việc xác định sai đối tượng liên kết là nguyên nhân hàng đầu dẫn đến việc bị phạt hành chính về thuế. Đặc biệt chú ý đến mối quan hệ giữa các thành viên trong gia đình của người điều hành doanh nghiệp.

Bước 2: Phân loại và lựa chọn mẫu phụ lục phù hợp

Tùy vào quy mô và tính chất giao dịch, doanh nghiệp cần biết mình phải bổ sung phụ lục giao dịch liên kết như thế nào thông qua 4 mẫu sau:

• Phụ lục I: Thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết (Bắt buộc với hầu hết các doanh nghiệp có quan hệ liên kết).
• Phụ lục II: Danh mục các thông tin, tài liệu cần cung cấp tại Hồ sơ quốc gia (Local File).
• Phụ lục III: Danh mục các thông tin, tài liệu cần cung cấp tại Hồ sơ toàn cầu (Master File).
• Phụ lục IV: Kê khai thông tin Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR) dành cho các tập đoàn có doanh thu hợp nhất toàn cầu từ 18.000 tỷ đồng trở lên.

Bước 3: Thu thập dữ liệu và áp dụng phương pháp so sánh giá

Đây là bước khó nhất trong quy trình thực hiện bổ sung phụ lục giao dịch liên kết. Doanh nghiệp phải chứng minh được giá trị giao dịch với bên liên kết là “giá thị trường”. Các phương pháp phổ biến được quy định tại Điều 13, 14, 15 của Nghị định 132 bao gồm:

• Phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập (CUP).
• Phương pháp giá bán lại (Resale Price).
• Phương pháp giá vốn cộng lãi (Cost Plus).
• Phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận thuần (TNMM).
• Phương pháp phân bổ lợi nhuận (PSM).

Bước 4: Thực hiện kê khai trực tiếp trên phần mềm HTKK

Hiện nay, hệ thống thuế điện tử đã đồng bộ hóa dữ liệu. Truy cập phần mềm Hỗ trợ kê khai (HTKK) mới nhất, chọn mục “Thuế Thu Nhập Doanh Nghiệp” sau đó  “Tờ khai quyết toán thuế TNDN (03/TNDN)”. Tại đây, hệ thống sẽ cho phép tích chọn các Phụ lục I, II, III, IV tương ứng để điền thông tin.

Nội dung chi tiết trong phụ lục giao dịch liên kết

Phụ lục giao dịch liên kết là phần cốt lõi trong giao dịch liên kết. Cụ thể từng mục trong phụ lục thể hiện:

• Mục I: Thông tin các bên liên kết (Bao gồm: Tên, Mã số thuế, Quốc gia, Hình thức quan hệ liên kết từ điểm a đến điểm l khoản 2 Điều 5 Nghị định 132).
• Mục II: Các trường hợp được miễn kê khai, miễn lập hồ sơ xác định giá. Nếu doanh nghiệp thuộc diện được miễn, đây là bước cực kỳ quan trọng để tối ưu số thuế phải nộp.
• Mục III: Tổng hợp thông tin giao dịch liên kết. Kế toán doanh nghiệp cần tách bạch rõ doanh thu và chi phí từ các giao dịch mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, tiền bản quyền, và đặc biệt là chi phí lãi vay.
• Mục IV: Kết quả sản xuất kinh doanh sau khi điều chỉnh theo giá thị trường. Đây là phần doanh nghiệp tự điều chỉnh tăng/giảm thu nhập chịu thuế dựa trên kết quả so sánh giá.

Xem chi tiết: Hướng dẫn kê khai giao dịch liên kết trên HTKK.

Lưu ý: Bổ sung phụ lục giao dịch liên kết càng sớm càng tốt để tránh những rủi ro ấn định thuế và tránh mức phạt chậm nộp với lãi suất 0.03%/ngày. Đối với hồ sơ xác định giá, doanh nghiệp cần lưu trữ cẩn thận tại doanh nghiệp, khi có quyết định thanh tra phải xuất trình ngay.

Các trường hợp đặc thù được miễn lập hồ sơ xác định giá

Để không lãng phí nguồn lực, doanh nghiệp cần hiểu rõ các điều kiện miễn trừ khi tìm hiểu bổ sung phụ lục giao dịch liên kết như thế nào. Theo Điều 19 Nghị định 132, các trường hợp được miễn lập Hồ sơ xác định giá bao gồm:

• Doanh nghiệp có tổng doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng trong kỳ tính thuế.
• Doanh nghiệp đã ký kết Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) và nộp báo cáo APA định kỳ.
• Doanh nghiệp thực hiện chức năng đơn giản, không phát sinh doanh thu và không phát sinh doanh thu dưới 200 tỷ đồng/năm, áp dụng tỷ suất lợi nhuận trên doanh thu (EBIT/Doanh thu) theo quy định như Phân phối từ 5% trở lên, Sản xuất từ 10% trở lên và Gia công từ 15% trở lên.

Xem chi tiết: Miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết.

Lưu ý: Dù được miễn lập Hồ sơ quốc gia (Local File), Hồ sơ toàn cầu (Master File), doanh nghiệp vẫn phải thực hiện kê khai Phụ lục I.

Rủi ro pháp lý nghiêm trọng khi không bổ sung phụ lục giao dịch liên kết

Năm 2026, với sự hỗ trợ của trí tuệ nhân tạo AI và Big Data của ngành Thuế, việc phát hiện sai sót trở nên dễ dàng hơn bao giờ hết. Những rủi ro doanh nghiệp có thể đối mặt như:

• Bị ấn định thuế: Đây là rủi ro khủng khiếp nhất. Nếu doanh nghiệp không bổ sung phụ lục giao dịch liên kết hoặc kê khai không đủ thì cơ quan Thuế có quyền ấn định mức giá, tỷ suất lợi nhuận hoặc thu nhập chịu thuế dựa trên cơ sở dữ liệu của ngành thuế. Điều này thường dẫn đến số thuế phải nộp cao hơn rất nhiều so với tự quyết toán.
• Loại bỏ chi phí lãi vay: Theo Điều 16 Nghị định 132, nếu doanh nghiệp có quan hệ liên kết mà không nộp Phụ lục I, toàn bộ chi phí lãi vay vượt mức 30% EBITDA sẽ bị loại bỏ hoàn toàn khỏi chi phí hợp lý.
• Xử phạt hành chính: Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hành vi chậm nộp hoặc thiếu hồ sơ giao dịch liên kết có mức phạt tiền rất nặng với lãi suất 0.03%/ngày. Do đó việc chậm trễ bổ sung phụ lục giao dịch liên kết sẽ nâng số tiền phạt lên rất cao.
• Hồ sơ rủi ro cao: Doanh nghiệp sẽ bị đưa vào “danh sách đen” kiểm tra, thanh tra thuế trọng điểm trong nhiều năm liên tiếp, gây ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh.

Nếu bộ phận kế toán chưa có kinh nghiệm lập cũng như giải trình với cơ quan Thuế. Việc chủ động tham vấn dịch vụ tư vấn giao dịch liên kết từ các đơn vị chuyên môn, uy tín và có kinh nghiệm như MAN – Master Accountant Network để được đồng hành hỗ trợ.

Kinh nghiệm thực tế giúp tối ưu chi phí lãi vay và hồ sơ giao dịch liên kết

Trong quá trình tư vấn, MAN – Master Accountant Network nhận thấy nhiều lỗi sai phổ biến khi kế toán tự tìm cách bổ sung phụ lục giao dịch liên kết. Dưới đây là những lưu ý quan trọng để tối ưu hóa hồ sơ:

Quy tắc khống chế chi phí lãi vay

Tổng chi phí lãi vay phát sinh được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN không vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh trong kỳ cộng với chi phí lãi vay và chi phí khấu hao. Công thức xác định EBITDA như sau:

Phần chi phí lãi vay không được trừ (phần vượt mức 30%) sẽ được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo nếu doanh nghiệp có EBITDA dư nhưng thời gian chuyển không quá 05 năm liên tục. Để quản trị tốt việc bổ sung phụ lục giao dịch liên kết, kế toán cần lập bảng theo dõi chi phí lãi vay chuyển kỳ để không bỏ lỡ quyền lợi thuế.

Đảm bảo tính nhất quán của dữ liệu

Một lỗi phổ biến là số liệu trên Phụ lục I không khớp với Báo cáo tài chính hoặc Tờ khai quyết toán 03/TNDN. 

Ví dụ: Nếu doanh nghiệp kê khai có giao dịch vay vốn ở Phụ lục I, thì trên Bảng cân đối kế toán phải thể hiện khoản nợ vay tương ứng. Sự mâu thuẫn này chính là điểm quan trọng khiến cơ quan thuế chú ý ngay lập tức.

Chuẩn bị dữ liệu so sánh (Benchmarking)

Nếu doanh nghiệp thuộc diện phải lập hồ sơ, hãy chủ động tìm kiếm các doanh nghiệp độc lập tương đồng về quy mô, thị trường và chức năng. Việc nắm rõ phương pháp xác định giá sẽ giúp doanh nghiệp biết cách bổ sung phụ lục giao dịch liên kết để giải trình một cách thuyết phục nhất trước đoàn thanh tra.

Giải đáp thắc mắc khi bổ sung phụ lục giao dịch liên kết

Kết luận

Việc hiểu rõ và thực thi đúng bổ sung phụ lục giao dịch liên kết không chỉ là một thủ tục hành chính, mà là một phần quan trọng trong chiến lược quản trị rủi ro và tối ưu hóa chi phí của doanh nghiệp. Một bộ hồ sơ chuẩn chỉnh, bám sát các quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP sẽ là lá chắn vững chắc giúp doanh nghiệp tự tin vận hành và phát triển bền vững.

Liên hệ MAN – Master Accountant Network để được hỗ trợ và tư vấn miễn phí!

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

• Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) và CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.