Thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết là một trong những mốc quan trọng mà doanh nghiệp cần tuân thủ khi quyết toán thuế TNDN. Theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Nghị định 20/2025/NĐ-CP, thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết đồng thời cùng với hồ sơ quyết toán thuế, chậm nhất 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Việc chậm nộp hoặc kê khai sai không chỉ khiến doanh nghiệp đối diện với nguy cơ truy thu và xử phạt, mà còn làm gia tăng rủi ro bị ấn định thuế khi thanh tra. Nắm chắc thời hạn và chuẩn bị hồ sơ đầy đủ là bước quan trọng để doanh nghiệp tuân thủ pháp luật và tối ưu nghĩa vụ thuế an toàn.
Cơ sở pháp lý quy định thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết
Để xác định chính xác thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết, doanh nghiệp cần căn cứ vào các văn bản pháp lý hiện hành. Trong đó, nổi bật là Nghị định 132/2020/NĐ-CP quy định quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, Nghị định 20/2025/NĐ-CP với những điểm điều chỉnh quan trọng. Các văn bản này chính là nền tảng pháp lý để doanh nghiệp vừa tuân thủ đúng hạn nộp hồ sơ, vừa hạn chế tối đa rủi ro bị truy thu và xử phạt.
Theo Điều 18, Nghị định 132/2020/NĐ-CP, thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết được quy định đồng thời với thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN, tức là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Điều này có nghĩa, doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ thông tin về quan hệ liên kết, giao dịch liên kết và hồ sơ xác định giá để nộp cùng tờ khai thuế đúng hạn. Đến Nghị định 20/2025/NĐ-CP, quy định này tiếp tục được bổ sung và điều chỉnh, đặc biệt là về đối tượng miễn trừ kê khai và nguyên tắc xác định nghĩa vụ kê khai minh bạch hơn, giúp giảm bớt gánh nặng thủ tục cho một số nhóm doanh nghiệp.
Việc tuân thủ chặt chẽ thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết không chỉ giúp doanh nghiệp tránh nguy cơ bị xử phạt hành chính mà còn giảm thiểu rủi ro bị ấn định thuế và truy thu khi cơ quan thuế thanh tra. Đây là một yêu cầu quan trọng để doanh nghiệp vừa đảm bảo tuân thủ pháp luật, vừa duy trì tính minh bạch trong quản trị tài chính và chiến lược thuế.
Cập nhật thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết
Để hiểu rõ hơn về thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết, trước hết doanh nghiệp cần nắm chính xác thời điểm phải lập hồ sơ giao dịch liên kết theo quy định pháp luật.

Thời gian lập hồ sơ liên kết
Theo quy định hiện hành, thời gian lập hồ sơ giao dịch liên kết gắn liền trực tiếp với thời điểm quyết toán thuế TNDN. Cụ thể, doanh nghiệp có quan hệ liên kết phải lập hồ sơ giao dịch liên kết ngay khi thực hiện quyết toán thuế năm tài chính. Việc lập hồ sơ đúng thời điểm này không chỉ là yêu cầu bắt buộc theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, mà còn là bước quan trọng để đảm bảo tính minh bạch trong xác định chi phí, doanh thu và nghĩa vụ thuế.
Thời gian nộp hồ sơ giao dịch liên kết
Theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, thời gian nộp hồ sơ giao dịch liên kết được gắn liền với thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) hằng năm. Cụ thể, doanh nghiệp phải nộp hồ sơ giao dịch liên kết đồng thời với tờ khai quyết toán thuế TNDN, đảm bảo nộp đầy đủ và chính xác cho cơ quan thuế. Thời hạn cuối cùng được quy định là chậm nhất 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính.
Điều này có nghĩa, ngay khi doanh nghiệp hoàn tất việc lập hồ sơ quyết toán thuế, hồ sơ giao dịch liên kết cũng phải được chuẩn bị song song và nộp trong cùng một thời điểm. Nếu doanh nghiệp nộp muộn, không nộp hoặc kê khai không đúng hạn, sẽ bị xử phạt hành chính, đồng thời có thể phát sinh rủi ro lớn hơn như ấn định thuế hoặc truy thu thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra.
Việc tuân thủ đúng thời gian nộp hồ sơ giao dịch liên kết không chỉ giúp doanh nghiệp đáp ứng yêu cầu pháp luật, mà còn thể hiện tính minh bạch trong quản trị thuế, góp phần hạn chế tối đa rủi ro khi cơ quan thuế thực hiện thanh tra.
Ví dụ: Năm tài chính kết thúc 31/12/2024 thì hạn chót nộp tờ khai giao dịch liên kết là 30/03/2025.
Tầm quan trọng khi hoàn thành đúng thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết
Để thấy rõ hơn ý nghĩa và giá trị thực tiễn, dưới đây là những điểm nhấn về tầm quan trọng của việc hoàn thành đúng thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết:
- Nghĩa vụ pháp lý bắt buộc: Thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết được quy định rõ tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Nghị định 20/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp bắt buộc phải tuân thủ.
- Tránh rủi ro xử phạt: Vi phạm thời hạn nộp sẽ bị áp dụng mức xử phạt theo quy định pháp luật, bao gồm phạt tiền, truy thu và lãi chậm nộp.
- Hạn chế nguy cơ bị ấn định thuế: Nộp đúng hạn giúp doanh nghiệp giảm rủi ro bị cơ quan thuế ấn định thuế hoặc áp dụng biện pháp truy thu trong quá trình thanh tra.
- Đảm bảo tính minh bạch tài chính: Thực hiện đúng quy định giúp chứng minh sự minh bạch trong quản trị chi phí, doanh thu và nghĩa vụ thuế.
- Tối ưu chiến lược thuế dài hạn: Tuân thủ chuẩn mực ngay từ đầu tạo nền tảng cho doanh nghiệp quản lý thuế hiệu quả, giảm thiểu tranh chấp và hỗ trợ phát triển bền vững.
Chính vì thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết có ý nghĩa then chốt trong việc tuân thủ pháp luật và hạn chế rủi ro thuế, doanh nghiệp không chỉ cần đảm bảo đúng hạn mà còn phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ kèm theo. Đây là cơ sở chứng minh tính hợp lý, minh bạch của các giao dịch liên kết và là tài liệu quan trọng khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra
Hồ sơ kèm theo khi nộp hồ sơ giao dịch liên kết

Để giúp doanh nghiệp dễ dàng phân biệt trường hợp phải kê khai và được miễn trừ kê khai hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, để chuẩn bị kỹ lưỡng hồ sơ và nộp đúng thời hạn quy định.
Xem chi tiết: Các trường hợp kê khai và miễn trừ kê khai Hồ sơ xác định giá
Hậu quả khi nộp chậm thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết hoặc không nộp
Theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP, các mức phạt đối với các vi phạm về thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết như sau.

“Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với một trong các hành vi say đây:
- Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 61 ngày đến 90 ngày;
- Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 91 ngày trở lên nhưng không phát sinh số thuế phải nộp;
- Không nộp hồ sơ khai thuế nhưng không phát sinh số thuế phải nộp;
- Không nộp các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết kèm theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ quá thời hạn trên 90 ngày kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế, có phát sinh số thuế phải nộp và người nộp thuế đã nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định.”
Ngoài ra, trường hợp doanh nghiệp không nộp hồ sơ giao dịch liên kết hoặc cố tình không thực hiện nghĩa vụ kê khai theo đúng thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết, mức xử phạt sẽ rất nghiêm khắc. Theo quy định pháp luật về quản lý thuế, doanh nghiệp có thể bị phạt tiền tính theo tỷ lệ trên số thuế khai thiếu, thông thường là 20% số thuế thiếu do hành vi không kê khai hoặc kê khai sai dẫn đến thiếu nghĩa vụ thuế. Ngoài ra, nếu cơ quan thuế xác định có dấu hiệu trốn thuế, mức xử phạt có thể tăng nặng lên đến 1–3 lần số thuế trốn, kèm theo truy thu và tính tiền chậm nộp
Điều này cho thấy việc tuân thủ đúng thời gian lập và nộp tờ khai giao dịch liên kết là rất quan trọng để doanh nghiệp tránh bị xử phạt không đáng có và giảm thiểu rủi ro khi thanh tra thuế.
Kết luận
Có thể thấy, việc tuân thủ đúng thời gian lập và nộp hồ sơ giao dịch liên kết không chỉ giúp doanh nghiệp tránh các mức xử phạt từ vài chục triệu đồng đến nguy cơ bị ấn định thuế, mà còn khẳng định tính minh bạch trong quản trị tài chính. Để giảm thiểu rủi ro và đảm bảo an toàn trong thanh tra, doanh nghiệp nên chủ động chuẩn bị hồ sơ từ sớm, rà soát kỹ số liệu và cập nhật kịp thời các quy định mới. Nếu bạn muốn có lộ trình tuân thủ hiệu quả và chiến lược tối ưu thuế bền vững.
Hãy liên hệ ngay với MAN – Master Accountant Network để được tư vấn và đồng hành cùng doanh nghiệp.
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: 19A, đường số 43, Phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh.
- Mobile/ zalo: +84 (0) 903 428 622 (Ms. Ngân)
- Email: nguyenthikimngan@man.net.vn
Ban biên tập: MAN – Master Accountant Network