Rủi ro khi lập Hồ sơ quốc gia đang trở thành “điểm nóng” trong công tác thanh tra thuế năm 2025, khi Cơ quan Thuế không chỉ kiểm tra việc có hồ sơ mà tập trung đánh giá chất lượng và tính logic của nội dung. Nhiều doanh nghiệp dù tuân thủ đúng thời hạn vẫn bị ấn định thuế, truy thu và phạt nặng do sai sót trong phân tích chức năng, lựa chọn phương pháp xác định giá hoặc dữ liệu so sánh. Bài viết dưới đây tổng hợp có hệ thống các rủi ro phổ biến, tác động pháp lý và checklist phòng ngừa thực tiễn, giúp doanh nghiệp chủ động kiểm soát Hồ sơ quốc gia theo chuẩn OECD và quy định mới nhất năm 2025.
Hồ sơ quốc gia là gì?
Hồ sơ quốc gia (tên tiếng Anh Local File) là tài liệu bắt buộc trong quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, dùng để chứng minh rằng giá giao dịch liên kết được xác định theo nguyên tắc giao dịch độc lập (giá thị trường), không nhằm mục đích chuyển lợi nhuận hay trốn thuế.
Hồ sơ quốc gia là bộ hồ sơ giải trình chi tiết về:
- Các giao dịch liên kết phát sinh tại Việt Nam;
- Cách doanh nghiệp xác định giá, chi phí, lợi nhuận;
- Mức độ phù hợp với thông lệ thị trường so với các bên độc lập.
Đây là tầng hồ sơ quan trọng nhất trong bộ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, gắn trực tiếp với số thuế TNDN phải nộp tại Việt Nam.
Đối tượng bắt buộc và thời hạn lập Local File
Tất cả doanh nghiệp có giao dịch liên kết (trừ các trường hợp được miễn theo Điều 19 Nghị định 132/2020/NĐ-CP) đều phải lập Hồ sơ quốc gia. Rủi ro khi lập Hồ sơ quốc gia lớn nhất về mặt thủ tục chính là thời hạn: Hồ sơ phải được lập trước thời điểm nộp Tờ khai quyết toán thuế TNDN và phải lưu trữ tại doanh nghiệp để cung cấp khi có yêu cầu thanh tra.
Tham khảo: Hướng dẫn kê khai Hồ sơ toàn cầu trên HTKK.
Tổng hợp 5 rủi ro “chí mạng” khi lập Hồ sơ quốc gia
Việc nhận diện sớm các sai sót thường gặp sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong kỳ quyết toán thuế 2025.
Rủi ro về tính nhất quán (Consistency Risk)
Đây là lỗi phổ biến nhất khiến Cơ quan Thuế đặt nghi vấn ngay từ bước soát xét hồ sơ.
- Mâu thuẫn số liệu: Số liệu doanh thu, chi phí trong giao dịch liên kết trên Phụ lục I (Tờ khai quyết toán) không khớp với số liệu trình bày trong Hồ sơ quốc gia.
- Chính sách và thực tế: Doanh nghiệp ban hành chính sách giá nội bộ một đường, nhưng khi hạch toán kế toán lại thực hiện một nẻo do thiếu sự phối hợp giữa bộ phận thuế và bộ phận vận hành.
Tuy nhiên, ngay cả khi doanh nghiệp đã đảm bảo được sự nhất quán về số liệu và chính sách trong toàn bộ Hồ sơ quốc gia, rủi ro vẫn chưa dừng lại ở đó. Trên thực tế, lựa chọn phương pháp xác định giá không phù hợp với bản chất giao dịch mới chính là nguyên nhân khiến nhiều hồ sơ bị Cơ quan Thuế bác bỏ và áp dụng ấn định thuế, mở ra nhóm rủi ro nghiêm trọng tiếp theo rủi ro trong việc lựa chọn phương pháp xác định giá.
Rủi ro trong việc lựa chọn phương pháp xác định giá (Methodology Risk)
Lựa chọn phương pháp xác định giá không phù hợp với bản chất giao dịch là con đường ngắn nhất dẫn đến việc bị ấn định thuế.
- Lạm dụng phương pháp tỷ suất lợi nhuận thuần: Nhiều doanh nghiệp mặc định chọn phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận ròng (TNMM) vì dễ tìm dữ liệu, trong khi giao dịch thực tế lại phù hợp hơn với phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập (CUP).
- Thiếu giải trình: Hồ sơ không nêu rõ lý do tại sao các phương pháp khác bị bác bỏ, khiến Cơ quan Thuế có quyền nghi ngờ tính khách quan của việc chọn phương pháp hiện tại.
Tuy nhiên, ngay cả khi doanh nghiệp đã lựa chọn được phương pháp xác định giá phù hợp, rủi ro vẫn chưa dừng lại ở bước phương pháp. Trên thực tế, tính thuyết phục của Hồ sơ quốc gia còn phụ thuộc rất lớn vào chất lượng bộ dữ liệu so sánh được sử dụng để kiểm chứng kết quả, bởi một phương pháp đúng nhưng đặt trên nền dữ liệu sai lệch vẫn có thể dẫn đến việc hồ sơ bị bác bỏ. Đây cũng chính là rủi ro từ bộ dữ liệu so sánh (Benchmarking Risk) mà doanh nghiệp thường đánh giá thấp.
Rủi ro từ bộ dữ liệu so sánh (Benchmarking Risk)
Dữ liệu so sánh là “linh hồn” của Hồ sơ quốc gia. Tuy nhiên, đây cũng là nơi chứa đựng nhiều rủi ro khi lập Hồ sơ quốc gia nhất:
- Không tương đồng: Chọn các công ty so sánh có quy mô tài sản quá lớn hoặc hoạt động ở các thị trường có đặc thù kinh tế hoàn toàn khác biệt.
- Dữ liệu lỗi thời: Sử dụng dữ liệu của những năm quá xa (ví dụ năm 2021) để chứng minh cho giao dịch năm 2024-2025 mà không có sự điều chỉnh phù hợp với biến động thị trường hậu đại dịch.
- Dữ liệu nội bộ (Internal Comparables): Bỏ qua các giao dịch mà chính doanh nghiệp thực hiện với các đối tác độc lập khác, vốn là bằng chứng thuyết phục nhất trước Cơ quan Thuế.
Ngay cả khi bộ dữ liệu so sánh được lựa chọn “đẹp” và đầy đủ về mặt kỹ thuật, rủi ro vẫn chưa dừng lại ở đó. Nếu việc phân tích chức năng, tài sản và rủi ro kinh doanh (FAR) không phản ánh đúng bản chất hoạt động thực tế của doanh nghiệp, thì toàn bộ kết quả benchmarking cũng có thể bị Cơ quan Thuế bác bỏ. Đây chính là lý do rủi ro phân tích chức năng và rủi ro kinh doanh (FAR Analysis) trở thành bước then chốt quyết định tính thuyết phục của Hồ sơ quốc gia.
Rủi ro phân tích chức năng và rủi ro kinh doanh (FAR Analysis)
Phân tích FAR (Functions, Assets, Risks) quyết định mức lợi nhuận mà doanh nghiệp “xứng đáng” được hưởng.
- Mô tả sai thực tế: Doanh nghiệp tự nhận là “đơn vị gia công” (lợi nhuận thấp, ít rủi ro) nhưng thực tế lại tự quyết định kế hoạch sản xuất, sở hữu thương hiệu địa phương hoặc chịu rủi ro tồn kho lớn.
- Thiếu tài sản vô hình: Không trình bày các tài sản vô hình (như bí quyết kỹ thuật, danh sách khách hàng) đóng góp vào giá trị giao dịch, dẫn đến việc định giá thấp hơn thực tế.
Ngay cả khi doanh nghiệp đã xây dựng được bản phân tích chức năng, tài sản và rủi ro (FAR Analysis) hợp lý và phản ánh đúng thực tế hoạt động, thì toàn bộ lập luận này vẫn có thể bị Cơ quan Thuế bác bỏ nếu không được hậu thuẫn bởi hệ thống chứng từ và tài liệu hỗ trợ đầy đủ, nhất quán và có giá trị pháp lý. Đây cũng chính là nguyên nhân khiến nhiều doanh nghiệp gặp phải rủi ro về chứng từ và tài liệu hỗ trợ trong quá trình thanh tra giao dịch liên kết.
Rủi ro về chứng từ và tài liệu hỗ trợ (Documentation Support)
Một bộ Hồ sơ quốc gia dù viết hay đến đâu cũng sẽ bị bác bỏ nếu thiếu chứng từ gốc.
- Hợp đồng lỏng lẻo: Các hợp đồng giao dịch liên kết thiếu các điều khoản về trách nhiệm, quyền hạn hoặc không được cập nhật phụ lục hàng năm.
- Hồ sơ dịch thuật: Theo quy định, hồ sơ tiếng nước ngoài phải được dịch sang tiếng Việt. Rủi ro phát sinh khi bản dịch không chuẩn thuật ngữ chuyên môn hoặc thiếu tính pháp lý.
Thực tế cho thấy, dù phân tích chức năng hay phương pháp xác định giá được xây dựng khá chặt chẽ, Hồ sơ quốc gia vẫn có thể bị Cơ quan Thuế bác bỏ chỉ vì thiếu chứng từ gốc hoặc tài liệu hỗ trợ không đủ giá trị pháp lý. Khi “lớp phòng vệ cuối cùng” này không đứng vững, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với những hệ quả nghiêm trọng về thuế, tài chính và mức độ rủi ro thanh tra trong các năm tiếp theo.
Hệ quả nghiêm trọng khi Hồ sơ quốc gia bị bỏ
Việc Cơ quan Thuế bác bỏ Hồ sơ quốc gia không chỉ đơn thuần là lỗi hành chính, mà nó mở ra một chuỗi các tác động tiêu cực dây chuyền về tài chính và pháp lý. Khi hồ sơ bị coi là “không hợp lệ” hoặc “không tuân thủ”, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với:
Ấn định thuế trực tiếp (Tax Assessment)
Cơ quan Thuế có quyền bác bỏ kết quả tự kê khai và thực hiện ấn định thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế.
- Mất quyền tự quyết: Doanh nghiệp không còn được bảo vệ bởi các phân tích so sánh của mình. Cơ quan Thuế sẽ sử dụng cơ sở dữ liệu nội bộ (thường có biên lợi nhuận cao hơn thị trường tự do) để áp đặt mức lợi nhuận mục tiêu.
- Áp dụng tỷ suất lợi nhuận trung bình ngành: Thông thường, thay vì cho phép doanh nghiệp nằm ở điểm thấp nhất của biên độ chuẩn, Cơ quan Thuế sẽ ấn định tại giá trị trung vị hoặc thậm chí là bách phân vị cao hơn nếu rủi ro hồ sơ lớn.
Truy thu thuế và các khoản phạt nặng
Hậu quả tài chính tức thời là gánh nặng thuế tăng vọt:
- Truy thu thuế TNDN: Số thuế phải nộp bổ sung dựa trên phần lợi nhuận bị ấn định thêm.
- Tiền chậm nộp: Được tính ở mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp. Với các kỳ thanh tra kéo dài 3-5 năm, số tiền này có thể lên tới 30-50% số thuế gốc.
- Xử phạt vi phạm hành chính: Phạt 20% trên số thuế khai thiếu theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Trong trường hợp bị coi là trốn thuế (do cố tình giả mạo hồ sơ), mức phạt có thể từ 1 đến 3 lần số thuế trốn.
Loại trừ chi phí lãi vay (EBITDA Risk)
Khi Hồ sơ quốc gia bị bác bỏ, việc xác định các bên liên kết có thể bị mở rộng hoặc thay đổi bản chất. Điều này trực tiếp ảnh hưởng đến việc khống chế chi phí lãi vay (30% EBITDA) theo Điều 15 Nghị định 132. Doanh nghiệp có thể bị loại trừ hàng tỷ đồng chi phí lãi vay hợp lý chỉ vì hồ sơ không chứng minh được tính khách quan của giao dịch nợ liên kết.
Rủi ro đánh thuế trùng hai lần (Double Taxation)
Nếu lợi nhuận tại Việt Nam bị ấn định tăng lên, nhưng doanh nghiệp liên kết ở nước ngoài đã nộp thuế cho phần lợi nhuận đó, doanh nghiệp sẽ rơi vào tình trạng bị đánh thuế hai lần. Việc giải quyết thông qua Hiệp định tránh đánh thuế trùng (MAP) cực kỳ phức tạp, tốn kém và mất nhiều năm để xử lý.
Checklist phòng ngừa rủi ro chuẩn cho doanh nghiệp
Để giảm thiểu các rủi ro khi lập Hồ sơ quốc gia, quý doanh nghiệp cần thực hiện theo quy trình 4 bước sau:
- Rà soát quan hệ liên kết: Kiểm tra kỹ các mối quan hệ theo Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Đặc biệt chú ý quy định mới về ngưỡng nợ vay/vốn chủ sở hữu đối với các bên liên kết là tổ chức tín dụng tại Nghị định 20/2025/NĐ-CP.
- Chuẩn hóa dữ liệu so sánh: Sử dụng các nguồn dữ liệu có uy tín toàn cầu như Orbis, Moody’s hoặc các báo cáo từ Tổng cục Thuế. Đảm bảo các công ty so sánh đã được loại trừ các yếu tố bất thường.
- Đối chiếu đa chiều: Đảm bảo tính thống nhất tuyệt đối giữa Hồ sơ quốc gia (Local File), Hồ sơ toàn cầu (Master File) và Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR). Sự lệch lạc giữa các tầng hồ sơ này là “báo động đỏ” đối với thanh tra thuế.
- Hệ thống hóa chứng từ: Lưu trữ mọi email trao đổi, hợp đồng, hóa đơn và các phân tích logic về giá để sẵn sàng giải trình.
Kết luận
Trong bối cảnh thanh tra giá giao dịch liên kết ngày càng đi vào chiều sâu nội dung, việc nhận diện và kiểm soát hiệu quả rủi ro khi lập Hồ sơ quốc gia không còn là yêu cầu mang tính thủ tục, mà đã trở thành một phần quan trọng trong chiến lược quản trị thuế của doanh nghiệp. Một Hồ sơ quốc gia được chuẩn bị bài bản, nhất quán dữ liệu, phản ánh đúng bản chất giao dịch và có đầy đủ chứng từ hỗ trợ sẽ là “lá chắn” giúp doanh nghiệp giảm thiểu nguy cơ bị ấn định thuế, truy thu và xử phạt trong năm 2025 và các năm tiếp theo.
Tuy nhiên, với các giao dịch liên kết có giá trị lớn hoặc cấu trúc phức tạp, việc tự lập hồ sơ mà thiếu góc nhìn độc lập rất dễ phát sinh rủi ro tiềm ẩn. Doanh nghiệp nên chủ động rà soát Hồ sơ quốc gia ngay từ đầu kỳ, hoặc tham vấn ý kiến từ các chuyên gia tư vấn thuế có kinh nghiệm thực tiễn như MAN – Master Accountant Network, nhằm kịp thời phát hiện điểm yếu và củng cố tính tuân thủ trước khi Cơ quan Thuế tiến hành kiểm tra. Một bước chuẩn bị đúng thời điểm có thể giúp doanh nghiệp tránh được những hệ quả tài chính không đáng có và vận hành an tâm hơn trong dài hạn.
Liên hệ MAN – Master Accountant Network để được tư vấn và hỗ trợ kịp thời.
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.
Ban biên tập MAN – Master Accountant Network