Hoàn thuế giao dịch liên kết đang trở thành tâm điểm của cộng đồng doanh nghiệp khi hơn 1.000 doanh nghiệp được dự kiến hoàn gần 5.000 tỷ đồng theo chỉ đạo mới của Chính phủ và Bộ Tài chính. Chính sách này không chỉ tháo gỡ vướng mắc về chi phí lãi vay trong giao dịch liên kết, mà còn mở ra cơ hội giúp doanh nghiệp tối ưu nghĩa vụ thuế và cải thiện dòng tiền trong năm 2025. Bài viết dưới đây phân tích toàn diện cơ sở pháp lý, điều kiện được hoàn thuế và bước triển khai thực tế để doanh nghiệp nắm bắt kịp thời và tuân thủ chuẩn quy định mới.
Hoàn thuế giao dịch liên kết là gì?
Hoàn thuế giao dịch liên kết là việc cơ quan thuế hoàn trả lại phần thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) mà doanh nghiệp đã nộp thừa hoặc bị điều chỉnh tăng thuế do áp dụng sai quy định về giao dịch liên kết trong các kỳ trước. Hiểu đơn giản, đây là khoản thuế được “trả lại” cho doanh nghiệp khi cơ quan quản lý xác định rằng việc khống chế chi phí, đặc biệt là chi phí lãi vay giữa các bên liên kết, chưa phù hợp với thực tế hoặc chính sách đã được sửa đổi.
Theo Nghị định 20/2017/NĐ-CP và sau này là Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Nghị định 20/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp có giao dịch liên kết bị giới hạn chi phí lãi vay được trừ tối đa 30% EBITDA. Tuy nhiên, trong giai đoạn 2017 – 2018, nhiều doanh nghiệp bị tính thuế cao hơn thực tế do quy định này. Sau khi rà soát, Chính phủ và Bộ Tài chính cho phép hồi tố và hoàn lại phần thuế nộp thừa, ước tính gần 5.000 tỷ đồng cho hơn 1.000 doanh nghiệp.
Như vậy, hoàn thuế giao dịch liên kết không chỉ là chính sách tài chính hỗ trợ doanh nghiệp, mà còn là bước điều chỉnh cần thiết để đảm bảo công bằng thuế và minh bạch trong quản lý giá giao dịch liên kết theo chuẩn quốc tế (BEPS và OECD).
Vì sao doanh nghiệp được hoàn thuế giao dịch liên kết?
Hoàn thuế giao dịch liên kết xảy ra khi cơ quan quản lý thuế hoàn trả số thuế TNDN mà doanh nghiệp đã nộp thừa hoặc bị xác định sai do áp dụng các quy định về giao dịch liên kết (đặc biệt liên quan đến chi phí lãi vay). Có vài lý do chính dẫn tới việc Nhà nước quyết định hoàn thuế cho doanh nghiệp:
Chính sách, văn bản hướng dẫn được sửa đổi hoặc hồi tố
Khi cơ quan Nhà nước sửa đổi văn bản hướng dẫn hoặc ban hành Nghị định cho phép hồi tố một số quy định, những doanh nghiệp đã nộp thuế theo cách hiểu cũ có thể được hoàn lại phần thuế đã nộp thừa.
Ví dụ: Việc yêu cầu rà soát và hồi tố chi phí lãi vay của năm 2017 – 2018 đã dẫn tới quyết định hoàn gần 4.875 tỷ đồng cho hơn 1.000 doanh nghiệp.
Xác định lại bản chất giao dịch liên kết (nguyên tắc giao dịch độc lập)
Cơ quan thuế khi thanh tra, kiểm tra có thể điều chỉnh giá giao dịch liên kết theo nguyên tắc giao dịch độc lập (arm’s-length principle). Nếu trước đó một giao dịch giữa các bên liên kết bị xác định làm giảm thu nhập chịu thuế (ví dụ: cho vay không lãi, chuyển giá mua bán nội bộ), nhưng sau này cơ quan quản lý xác định khác dẫn tới doanh nghiệp bị tính thuế sai. Chính vì điều đó, doanh nghiệp có thể được hoàn phần thuế đã nộp thừa.
Quy định về chi phí lãi vay và cách áp dụng có chuyển biến
Một nguyên nhân phổ biến của tranh chấp thuế liên quan giao dịch liên kết là chi phí lãi vay không được trừ hoặc bị giới hạn (ví dụ giới hạn tỷ lệ phần trăm trên EBITDA). Nếu sau khi rà soát pháp luật hoặc hướng dẫn áp dụng có điều chỉnh (ví dụ: cho phép chuyển chi phí lãi vay sang kỳ sau, hoặc sửa cách tính), doanh nghiệp bị buộc nộp thuế trước đây có thể được hoàn lại. Văn bản liên quan (Nghị định 132/2020/NĐ-CP và các sửa đổi gần đây như Nghị định 20/2025/NĐ-CP) cùng nhiều công văn hướng dẫn đã làm rõ cơ chế này.
Hoàn thuế giao dịch liên kết xảy ra chủ yếu do thay đổi hoặc làm rõ chính sách, điều chỉnh cách áp dụng quy định về chi phí lãi vay và xác định giao dịch liên kết, hoặc do sai sót trong ấn định hoặc khai báo thuế được phát hiện và sửa sai. Doanh nghiệp có giao dịch liên kết nên khẩn trương rà soát hồ sơ (đặc biệt chi phí lãi vay), chuẩn hóa chứng từ, và liên hệ chuyên gia thuế để xác định khả năng được hoàn và thủ tục thực hiện.
Thực trạng doanh nghiệp bị “đánh thuế chồng thuế” khi có giao dịch liên kết
Hoàn thuế giao dịch liên kết và các quyết định hoàn trả gần đây phản ánh một thực trạng: nhiều doanh nghiệp Việt Nam trong quá khứ đã bị tính thuế chồng do cách áp dụng quy định về giao dịch liên kết, đặc biệt là hạn chế chi phí lãi vay, khiến phải nộp thêm thuế TNDN và giờ đây một số khoản được xem xét hoàn lại.
Thuế chồng thuế ở đây hiểu là tình trạng doanh nghiệp bị đánh thuế nhiều lần hoặc bị khống chế chi phí dẫn tới tăng nghĩa vụ thuế so với thực tế thương mại, do:
- Cơ chế xác định lại giá giao dịch liên kết (transfer pricing) làm tăng thu nhập chịu thuế;
- Quy định giới hạn chi phí lãi vay khiến phần chi phí bị loại ra không được khấu trừ, làm tăng thu nhập chịu thuế;
- Thiếu hướng dẫn rõ ràng, áp dụng hồi tố khác nhau giữa các thời kỳ khiến cùng một nghiệp vụ bị xử lý khác nhau trong các kỳ tính thuế.
Nguyên nhân pháp lý và thực tiễn dẫn tới tình trạng này
Để hiểu rõ vì sao nhiều doanh nghiệp rơi vào tình trạng bị khống chế chi phí, nộp thừa và phải chờ hoàn thuế giao dịch liên kết, cần phân tích sâu các nguyên nhân pháp lý và thực tiễn ẩn sau chính sách này. Những yếu tố dưới đây cho thấy sự phức tạp trong cơ chế tính thuế, xác định giao dịch liên kết và việc áp dụng hồi tố quy định đã trực tiếp dẫn đến tình trạng “thuế chồng thuế” mà nhiều doanh nghiệp đang gặp phải.
Quy định về chi phí lãi vay và công thức khống chế Nghị định 132/2020
Nghị định 132/2020/NĐ-CP đã đưa ra nguyên tắc giới hạn tổng chi phí lãi vay được trừ bằng một tỉ lệ (thường là 30%) của một công thức tương đương EBITDA. Khi doanh nghiệp có nhiều khoản vay liên kết, phần lãi vay vượt mức này sẽ không được trừ, dẫn đến tăng thu nhập chịu thuế.
Thiếu minh bạch xác định “bên liên kết” và giá giao dịch
Việc xác định quan hệ liên kết không rõ ràng, nhiều doanh nghiệp bị xác định là có giao dịch liên kết sau khi cơ quan thuế rà soát, nên chi phí từng được chấp nhận giờ bị điều chỉnh. Điều này dễ dẫn tới việc một giao dịch hợp lệ bị “tính lại” nhiều lần qua các kỳ.
Sửa đổi, hồi tố quy định
Khi cơ quan Nhà nước sửa đổi, bổ sung Nghị định (Nghị định 20/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định 132/2020/NĐ-CP) có quy định chuyển tiếp hoặc hồi tố một số khoản chi phí lãi vay trong các năm trước. Điều này vừa có thể mở đường cho hoàn thuế, vừa khiến những doanh nghiệp khác lo ngại về khả năng truy thu hoặc điều chỉnh ngược lại (tính phức tạp trong áp dụng quy định chuyển tiếp).
Điều kiện để được hoàn thuế giao dịch liên kết
Để được cơ quan thuế chấp thuận hoàn thuế giao dịch liên kết, doanh nghiệp cần lưu ý các điểm cụ thể sau:
Đã nộp thuế trong các kỳ 2017–2018
Nhiều doanh nghiệp đã nộp thuế TNDN cao hơn thực tế do vướng quy định khống chế chi phí lãi vay trong giao dịch liên kết theo Nghị định 20/2017/NĐ-CP. Khi quy định được điều chỉnh, các khoản thuế nộp thừa này thuộc diện được xem xét hoàn lại, tạo cơ hội để doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế giao dịch liên kết theo hướng dẫn của cơ quan thuế.
- Chỉ những khoản thuế đã thực sự nộp thừa hoặc bị ấn định sai trong các kỳ này mới là đối tượng để xem xét hoàn. Việc “đã nộp” phải được chứng minh bằng tờ khai gốc, biên lai nộp thuế hoặc quyết định ấn định hoặc điều chỉnh từ cơ quan thuế.
- Lập danh mục các tờ khai, quyết định ấn định, biên lai nộp thuế tương ứng với năm 2017 – 2018; đánh dấu rõ số tiền đã nộp, lý do nộp (khoản nào liên quan giao dịch liên kết).
Có giao dịch liên kết liên quan
Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, việc được xem xét hoàn thuế giao dịch liên kết chỉ được thực hiện khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện kê khai, chứng minh và minh bạch hồ sơ theo quy định của Bộ Tài chính. Đây là cơ sở pháp lý để cơ quan thuế xác định chính xác mức thuế nộp thừa
- Giao dịch liên kết không chỉ là công nợ nội bộ, mà bao gồm mọi hình thức cung ứng dịch vụ, chuyển giao hàng hóa, các khoản vay/bảo lãnh giữa các pháp nhân có mối quan hệ kiểm soát hoặc liên quan theo luật. Cơ quan thuế sẽ tập trung rà soát các khoản lãi vay giữa các bên liên kết, giá mua bán, phí dịch vụ nội bộ.
- Lập danh sách chi tiết từng giao dịch liên kết (ai, khi nào, giá trị, căn cứ hợp đồng, luồng tiền), phân biệt rõ khoản vay từ ngân hàng (vay thương mại) và khoản vay từ công ty mẹ.
Đáp ứng “quy định hồi tố” hoặc cơ sở pháp lý cho hoàn
Khi doanh nghiệp đáp ứng quy định hồi tố và cơ sở pháp lý về hoàn thuế, cơ quan thuế sẽ xem xét việc hoàn thuế giao dịch liên kết dựa trên hồ sơ, chứng từ và các điều kiện cụ thể theo hướng dẫn của Bộ Tài chính. Việc áp dụng hồi tố này nhằm khắc phục bất cập trong giai đoạn 2017 – 2018, bảo đảm tính công bằng, minh bạch và đúng bản chất thuế TNDN.
Để được xét hoàn, doanh nghiệp cần chuẩn bị và đáp ứng các tiêu chí sau:
- Cơ sở pháp lý áp dụng: Theo Nghị định 68/2020/NĐ-CP và hướng dẫn tại Công văn 2835/TCT-CS của Tổng cục Thuế về xử lý hồi tố chi phí lãi vay.
- Phạm vi hoàn: Chỉ áp dụng cho khoản thuế nộp thừa do khống chế chi phí lãi vay vượt 30% EBITDA trong kỳ tính thuế 2017 – 2018.
- Điều kiện hồi tố: Doanh nghiệp đã kê khai, quyết toán thuế đúng hạn và có hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết đầy đủ, hợp lệ.
- Hồ sơ chứng minh: Bao gồm tờ khai điều chỉnh, báo cáo tài chính đã kiểm toán, hồ sơ giao dịch liên kết và tài liệu chứng minh khoản chi phí được hồi tố.
Sau khi doanh nghiệp đã đáp ứng đầy đủ điều kiện được hoàn thuế giao dịch liên kết, bước tiếp theo là thực hiện quy trình hoàn thuế một cách chuẩn hóa và minh bạch.
Quy trình này không chỉ đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp mà còn giúp hạn chế rủi ro bị truy thu hoặc bác hồ sơ trong quá trình kiểm tra sau hoàn.
Quy trình thực hiện hoàn thuế giao dịch liên kết
Dưới đây là các bước chi tiết doanh nghiệp cần thực hiện để hoàn tất thủ tục hoàn thuế giao dịch liên kết đúng quy định:
Bước 1: Rà soát toàn bộ giao dịch liên kết giai đoạn 2017 – 2018
Trước tiên, doanh nghiệp cần tiến hành rà soát toàn bộ các giao dịch liên kết đã phát sinh trong giai đoạn 2017 – 2018. Việc rà soát giúp xác định chính xác những giao dịch nào liên quan đến chi phí lãi vay, chi phí quản lý hoặc chi phí tài chính nội bộ có khả năng được hoàn thuế giao dịch liên kết.
Ở bước này, doanh nghiệp nên tập hợp hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, báo cáo tài chính, hợp đồng vay, và các tài liệu nội bộ để đảm bảo tính minh bạch, nhất quán với quy định tại Nghị định 20/2017/NĐ-CP và Nghị định 68/2020/NĐ-CP.
Một sai sót nhỏ như việc không khai đầy đủ thông tin bên liên kết hoặc không chứng minh được bản chất thị trường của lãi vay có thể khiến hồ sơ hoàn thuế bị từ chối.
Bước 2: Kiểm tra chi phí lãi vay và tỷ lệ được trừ
Bước này đóng vai trò trọng tâm trong quy trình hoàn thuế giao dịch liên kết, đặc biệt với các doanh nghiệp có vay nội bộ từ bên liên kết hoặc công ty mẹ.
Doanh nghiệp cần kiểm tra lại tỷ lệ khống chế chi phí lãi vay theo quy định tại từng giai đoạn:
- Giai đoạn 2017 – 2018: Khống chế chi phí lãi vay không vượt quá 20% EBITDA.
- Sau khi Nghị định 68/2020/NĐ-CP có hiệu lực: Tỷ lệ được nâng lên 30% EBITDA, đồng thời cho phép áp dụng hồi tố cho các năm 2017 và 2018 nếu doanh nghiệp đáp ứng điều kiện.
Nếu phần chi phí lãi vay trước đây bị loại vượt mức 20% nhưng nay được phép hồi tố lên 30%, doanh nghiệp có thể điều chỉnh lại thu nhập chịu thuế, từ đó phát sinh số thuế TNDN nộp thừa cần hoàn.
Bước 3: Lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết
Sau khi xác định được phần chi phí được hồi tố, doanh nghiệp cần lập hoặc cập nhật hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (TP Documentation) theo đúng biểu mẫu và hướng dẫn tại phụ lục Nghị định 20/2017/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn của Tổng cục Thuế.
Hồ sơ này là căn cứ pháp lý bắt buộc để cơ quan thuế xem xét tính hợp lý của việc hoàn.
Một bộ hồ sơ đầy đủ cần bao gồm:
- Thông tin về các bên liên kết và bản chất giao dịch;
- Phân tích so sánh độc lập (Benchmarking) để chứng minh mức lãi vay phù hợp thị trường;
- Báo cáo tài chính, hợp đồng vay, và bảng tính chi phí điều chỉnh.
Doanh nghiệp nên phối hợp với đơn vị tư vấn thuế hoặc kiểm toán có kinh nghiệm trong giao dịch liên kết để đảm bảo hồ sơ đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn về minh bạch, tính pháp lý và độ tin cậy.
Bước 4: Nộp hồ sơ và ghi nhận hoàn thuế giao dịch liên kết
Sau khi hoàn thiện hồ sơ, doanh nghiệp thực hiện nộp hồ sơ điều chỉnh hoặc đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra, xác minh và ra quyết định hoàn thuế giao dịch liên kết nếu hồ sơ hợp lệ. Thời gian xử lý thường kéo dài từ 30 – 60 ngày tùy vào tính chất và quy mô doanh nghiệp.
Việc tuân thủ đầy đủ 4 bước trên không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu dòng tiền và khôi phục nguồn vốn bị nộp thừa, mà còn thể hiện tính chuyên nghiệp, minh bạch trong quản trị thuế và giao dịch liên kết.
Kết luận
Trong bối cảnh cơ quan thuế ngày càng siết chặt quản lý giá chuyển nhượng, việc chủ động rà soát và thực hiện hoàn thuế giao dịch liên kết không chỉ giúp doanh nghiệp thu hồi nguồn vốn đã nộp thừa, mà còn thể hiện năng lực tuân thủ và quản trị thuế chuyên nghiệp.
Mỗi hồ sơ hoàn thuế là một bài kiểm chứng về sự minh bạch và hiểu biết pháp lý của doanh nghiệp. Khi được chuẩn bị kỹ lưỡng từ hồ sơ giao dịch liên kết, chứng từ lãi vay, đến lập báo cáo xác định giá. Doanh nghiệp không chỉ được hoàn đúng, hoàn đủ, mà còn xây dựng được niềm tin vững chắc với cơ quan thuế.
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile / Zalo: 0903 428 622 (Ms. Ngân)
- Email: man@man.net.vn
Ban biên tập: MAN – Master Accountant Network