Hồ sơ giao dịch liên kết 2026 – Vì sao nhiều doanh nghiệp bị ấn định thuế khi quyết toán?

Hồ sơ giao dịch liên kết năm 2026 đang trở thành một trong những nội dung tuân thủ thuế quan trọng nhất đối với doanh nghiệp FDI và các tập đoàn đa quốc gia tại Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu (Pillar 2) và siết chặt thanh tra chống chuyển giá. Bài viết này tập trung phân tích toàn diện từ căn cứ pháp lý theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, đối tượng phải lập – được miễn lập, cấu trúc hồ sơ 3 cấp độ, đến các rủi ro thường dẫn đến ấn định thuế và giải pháp kiểm soát hiệu quả năm 2026, giúp doanh nghiệp chủ động tuân thủ, bảo vệ lợi nhuận và giảm thiểu rủi ro thuế dài hạn.

Tại sao Hồ sơ giao dịch liên kết là “tử huyệt” của thuế năm 2026?

Từ năm 2024, Việt Nam chính thức áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu, điều này đồng nghĩa với việc các kịch bản chuyển lợi nhuận ra nước ngoài thông qua giá giao dịch nội bộ sẽ bị giám sát chặt chẽ bởi hệ thống dữ liệu liên thông Quốc tế.

Nhiều doanh nghiệp dù hoạt động kinh doanh thực chất, có lợi nhuận nhưng vẫn bị truy thu hàng tỷ đồng. Nguyên nhân chủ yếu không phải do họ cố tình gian lận, mà do sai sót trong việc lập hồ sơ giao dịch liên kết:

• Không chứng minh được tính tương đồng khi so sánh giá thị trường.
• Thiếu hụt các chứng từ chứng minh bản chất dịch vụ nội bộ tập đoàn.
• Vi phạm các ngưỡng khống chế chi phí lãi vay theo quy định.

Để bảo vệ doanh nghiệp, việc hiểu rõ và thực thi đúng Nghị định 132/2020/NĐ-CP là yêu cầu bắt buộc đối với mọi CFO và Kế toán trưởng.

Hiểu đúng về Giao dịch liên kết theo quy định hiện hành

Để xác định chính xác nghĩa vụ lập hồ sơ giao dịch liên kết và tránh rủi ro bị cơ quan thuế ấn định giá, doanh nghiệp cần bắt đầu từ việc hiểu đúng khái niệm giao dịch liên kết, phạm vi điều chỉnh và các trường hợp được xem là có quan hệ liên kết theo quy định pháp luật hiện hành. Dưới đây là các nội dung cốt lõi doanh nghiệp cần nắm rõ.

Các trường hợp được xem là có quan hệ liên kết

Để lập hồ sơ giao dịch liên kết chính xác, bước đầu tiên là xác định đúng mối quan hệ liên kết. Theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, các bên có quan hệ liên kết khi thuộc một trong các trường hợp sau:

• Sở hữu vốn: Một bên nắm giữ ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu bên kia.
• Cùng bên thứ ba sở hữu: Cả hai bên đều có ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu do một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp.
• Cổ đông lớn nhất: Một bên là cổ đông lớn nhất về vốn góp của chủ sở hữu bên kia và nắm giữ ít nhất 10% tổng số cổ phần của bên kia.
• Bảo lãnh hoặc cho vay vốn: Một bên bảo lãnh hoặc cho bên kia vay vốn với điều kiện khoản vốn vay ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu bên đi vay và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của bên đi vay.
• Chỉ định ban lãnh đạo: Một bên chỉ định thành viên ban lãnh đạo điều hành hoặc nắm quyền kiểm soát một bên kia với điều kiện số lượng thành viên được chỉ định chiếm trên 50% tổng số thành viên ban lãnh đạo; hoặc một thành viên có quyền quyết định chính sách tài chính hoặc hoạt động kinh doanh.
• Cùng ban lãnh đạo: Hai doanh nghiệp cùng có trên 50% thành viên ban lãnh đạo hoặc cùng có một thành viên ban lãnh đạo có quyền quyết định chính sách tài chính, hoạt động kinh doanh do một bên thứ ba chỉ định.
• Điều hành chung bởi cá nhân/gia đình: Hai doanh nghiệp được điều hành hoặc kiểm soát bởi các cá nhân có mối quan hệ thân thiết trong gia đình (vợ, chồng, cha mẹ, con, anh chị em…).
• Mối quan hệ trụ sở chính – cơ sở thường trú: Quan hệ giữa một doanh nghiệp với cơ sở thường trú của doanh nghiệp nước ngoài tại Việt Nam.
• Kiểm soát thực tế: Một hoặc nhiều doanh nghiệp chịu sự kiểm soát của một cá nhân thông qua vốn góp của cá nhân đó vào doanh nghiệp đó hoặc trực tiếp tham gia điều hành doanh nghiệp.
• Giao dịch thực tế xác lập quan hệ liên kết: Các trường hợp khác trong đó doanh nghiệp chịu sự điều hành, kiểm soát, quyết định thực tế đối với hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp kia.
• Mối quan hệ chuyển nhượng vốn: Doanh nghiệp phát sinh các giao dịch nhượng, nhận chuyển nhượng vốn ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

Việc xác định đúng 11 trường hợp có quan hệ liên kết theo Khoản 2 Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP chỉ là bước khởi đầu trong toàn bộ quy trình tuân thủ. Khi mối quan hệ liên kết đã được thiết lập về mặt pháp lý, vấn đề cốt lõi tiếp theo mà doanh nghiệp cần làm rõ là cách chứng minh tính phù hợp của các giao dịch phát sinh giữa các bên liên kết. Đây chính là lúc Hồ sơ giao dịch liên kết trở thành công cụ pháp lý trung tâm, giúp doanh nghiệp giải trình mức giá, tỷ suất lợi nhuận và bản chất giao dịch theo nguyên tắc giao dịch độc lập.

Hồ sơ giao dịch liên kết là gì?

Hồ sơ giao dịch liên kết (Transfer Pricing Documentation) là bộ tài liệu mà người nộp thuế lập để chứng minh rằng các mức giá, tỷ suất lợi nhuận trong các giao dịch với bên liên kết được xác định phù hợp với nguyên tắc giao dịch độc lập (Arm’s Length Principle), tương đương với giao dịch giữa các bên độc lập.

Đối tượng phải lập và Miễn lập Hồ sơ giao dịch liên kết

Để xác định chính xác doanh nghiệp nào bắt buộc phải lập hồ sơ giao dịch liên kết và trường hợp nào được miễn theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, người nộp thuế cần phân loại rõ từng nhóm đối tượng dựa trên phạm vi giao dịch, quy mô doanh thu và điều kiện tuân thủ cụ thể. Dưới đây là các nhóm đối tượng phải lập hồ sơ giao dịch liên kết và các trường hợp được miễn lập, kèm theo những lưu ý quan trọng nhằm tránh nhầm lẫn và rủi ro khi quyết toán thuế.

Nhóm đối tượng bắt buộc

Tất cả người nộp thuế có phát sinh giao dịch liên kết thuộc phạm vi điều chỉnh của Nghị định 132/2020/NĐ-CP đều phải kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết Mẫu 01/GDLK (Tải xuống Mẫu 01/GDLK).

Cụ thể, giao dịch liên kết được coi là phát sinh khi có các hoạt động kinh tế sau giữa các bên có quan hệ liên kết:

• Mua bán, trao đổi hàng hóa: Bao gồm nguyên vật liệu, thành phẩm, hàng hóa hữu hình.
• Cung cấp và sử dụng dịch vụ: Dịch vụ quản lý, hỗ trợ kỹ thuật, dịch vụ tư vấn, dịch vụ tài chính, logistics, quản trị nhân sự…
• Cho thuê, mượn hoặc sử dụng tài sản: Bao gồm cả tài sản hữu hình (máy móc, nhà xưởng) và các loại tài sản vô hình (quyền sở hữu trí tuệ, nhãn hiệu, bí quyết kinh doanh, bằng sáng chế).
• Các giao dịch tài chính: Hoạt động vay, cho vay, bảo lãnh vay vốn, cung cấp các nguồn lực tài chính, thỏa thuận bù trừ công nợ nội bộ.
• Thỏa thuận về nguồn lực: Mua, bán, thuê, mượn, nhóm họp nhân sự; thỏa thuận sử dụng chung nguồn lực, chia sẻ chi phí giữa các bên liên kết.

Doanh nghiệp cần lưu ý rằng bất kỳ giao dịch nào có bản chất mang lại lợi ích kinh tế (dù có thu tiền hay không thu tiền) giữa hai bên liên kết đều phải được ghi nhận và kê khai trong hồ sơ giao dịch liên kết.

Xem chi tiết: Hướng dẫn kê khai Tờ khai giao dịch liên kết.

Các trường hợp được miễn lập Hồ sơ giao dịch liên kết

Doanh nghiệp được miễn lập Hồ sơ quốc gia (Local File), Hồ sơ toàn cầu (Master File) và Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR) trong các trường hợp cụ thể sau:

Trường hợp 1: Ngưỡng doanh thu và giá trị giao dịch

Doanh nghiệp đồng thời thỏa 2 điều kiện sau thì được miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết:

• Doanh thu dưới 50 tỷ đồng trong kỳ tính thuế;
• Tổng giá trị giao dịch liên kết phát sinh dưới 30 tỷ đồng trong kỳ tính thuế.

Trường hợp 2: Thỏa thuận APA

Người nộp thuế đã ký kết Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) và thực hiện nộp Báo cáo thường niên theo quy định. Các giao dịch không thuộc phạm vi APA vẫn phải lập hồ sơ nếu không thuộc diện miễn trừ khác.

Trường hợp 3: Kinh doanh với chức năng đơn giản

Người nộp thuế thực hiện kinh doanh với chức năng đơn giản, không phát sinh doanh thu, chi phí từ hoạt động khai thác, sử dụng tài sản vô hình, có doanh thu dưới 200 tỷ đồng, đồng thời áp dụng tỷ suất lợi nhuận thuần chưa trừ chi phí lãi vay và thuế TNDN (EBIT) trên doanh thu thuần thuộc các lĩnh vực sau:

• Phân phối: Từ 5% trở lên.
• Sản xuất: Từ 10% trở lên.
• Gia công: Từ 15% trở lên.

Trường hợp 4: Giao dịch nội địa cùng thuế suất

Giao dịch nội địa cùng thuế suất được áp dụng khi người nộp thuế chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết trong nước và đồng thời đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

• Người nộp thuế chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết là đối tượng nộp thuế TNDN tại Việt Nam.
• Cả người nộp thuế và bên liên kết cùng áp dụng thuế suất thuế TNDN giống nhau.
• Cả hai bên đều không thuộc diện hưởng ưu đãi thuế TNDN trong kỳ tính thuế.

Lưu ý: Dù được miễn lập hồ sơ giao dịch liên kết, người nộp thuế vẫn có nghĩa vụ kê khai thông tin quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo Mẫu số 01 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

Cấu trúc bộ Hồ sơ giao dịch liên kết chuẩn

Theo quy chuẩn của Nghị định 132/2020/NĐ-CP và thông lệ Quốc tế (BEPS Action 13), bộ hồ sơ giao dịch liên kết đầy đủ bao gồm ba cấp độ báo cáo với các chức năng chuyên biệt sau:

Hồ sơ quốc gia (Local File)

Hồ sơ quốc gia (Local File) đóng vai trò trung tâm trong việc chứng minh tính hợp lý của các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ. Trên thực tế, đây cũng là phần hồ sơ được cơ quan thuế Việt Nam kiểm tra đầu tiên, do đó doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các nội dung sau:

• Chức năng: Cung cấp thông tin chi tiết về các giao dịch liên kết của chính doanh nghiệp tại Việt Nam. Đây là tài liệu trọng tâm để cơ quan thuế kiểm tra tính tuân thủ giá thị trường.
• Nội dung: Mô tả sơ đồ tổ chức của doanh nghiệp; chiến lược kinh doanh; chi tiết các giao dịch liên kết (giá trị, phương thức thanh toán); phân tích chức năng – tài sản – rủi ro (FAR); và quan trọng nhất là phân tích kinh tế để so sánh mức lợi nhuận của doanh nghiệp với các đối tượng độc lập tương đồng.

Hồ sơ toàn cầu (Master File)

Hồ sơ toàn cầu (Master File) được lập nhằm cung cấp bức tranh tổng thể về hoạt động của toàn bộ tập đoàn đa quốc gia, qua đó giúp cơ quan thuế đánh giá tính nhất quán trong chính sách giá chuyển nhượng giữa các quốc gia. Nội dung Master File thường tập trung vào các thông tin cốt lõi sau:

• Chức năng: Cung cấp bức tranh toàn cảnh về hoạt động kinh doanh toàn cầu của tập đoàn để cơ quan thuế đánh giá bối cảnh chung mà doanh nghiệp đang vận hành.
• Nội dung: Cơ cấu tổ chức sở hữu tập đoàn; các lĩnh vực kinh doanh mang lại lợi nhuận chính; chuỗi cung ứng hàng hóa/dịch vụ; danh mục tài sản vô hình (IP) của tập đoàn; các hoạt động tài chính nội bộ và báo cáo tài chính hợp nhất toàn cầu.

Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (Country-by-Country Report – CbCR)

Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR) được thiết kế nhằm cung cấp cho cơ quan thuế cái nhìn tổng thể về việc phân bổ doanh thu, lợi nhuận và nghĩa vụ thuế của tập đoàn đa quốc gia trên phạm vi toàn cầu. Theo đó, CbCR tập trung phản ánh các nội dung trọng yếu sau:

• Chức năng: Là công cụ quản lý rủi ro vĩ mô, giúp cơ quan thuế nhận diện việc điều chuyển lợi nhuận giữa các quốc gia thông qua việc so sánh tỷ lệ lợi nhuận nộp thuế và quy mô hoạt động tại từng địa bàn.
• Nội dung: Tổng hợp số liệu về doanh thu, lợi nhuận trước thuế, thuế thu nhập doanh nghiệp đã nộp, vốn điều lệ, số lượng nhân viên và tài sản hữu hình tại mỗi quốc gia/vùng lãnh thổ mà tập đoàn có hoạt động kinh doanh.

Tuy nhiên, việc xây dựng đầy đủ bộ Hồ sơ giao dịch liên kết theo đúng cấu trúc 3 cấp độ mới chỉ là điều kiện cần. Yếu tố quyết định để hồ sơ thực sự có giá trị bảo vệ doanh nghiệp trước thanh tra thuế nằm ở cách xác định mức giá và tỷ suất lợi nhuận cho từng giao dịch liên kết. Đây cũng chính là cơ sở để chứng minh nguyên tắc giao dịch độc lập theo quy định pháp luật. Vì vậy, doanh nghiệp cần nắm rõ 5 phương pháp xác định giá giao dịch liên kết theo luật định được Nghị định 132/2020/NĐ-CP cho phép áp dụng.

5 Phương pháp xác định giá giao dịch liên kết theo luật định

Nghị định 132/2020/NĐ-CP quy định 5 phương pháp chính tại các Điều 13, 14, 15:

• Phương pháp So sánh giá giao dịch độc lập (CUP).
• Phương pháp Giá bán lại (Resale Price).
• Phương pháp Giá vốn cộng lãi (Cost Plus).
• Phương pháp So sánh tỷ suất lợi nhuận (TNMM) – Phổ biến nhất.
• Phương pháp Phân bổ lợi nhuận (Profit Split).

Mặc dù pháp luật đã quy định 05 phương pháp xác định giá giao dịch liên kết tương đối đầy đủ và tiệm cận thông lệ quốc tế, nhưng trên thực tế việc lựa chọn và áp dụng phương pháp phù hợp mới là yếu tố quyết định tính chấp nhận của hồ sơ khi bị thanh tra thuế. Chỉ cần sai lệch trong khâu so sánh, dữ liệu hoặc cách diễn giải bản chất giao dịch, doanh nghiệp vẫn có thể bị cơ quan thuế bác bỏ toàn bộ hồ sơ và tiến hành ấn định thuế. Đây cũng chính là lý do vì sao, dù “làm đúng phương pháp”, nhiều doanh nghiệp vẫn rơi vào nhóm rủi ro cao cần được nhận diện và xử lý kịp thời trong phần tiếp theo.

Tại sao doanh nghiệp thường bị ấn định thuế?

Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế không chỉ xem xét việc doanh nghiệp có lập hồ sơ giao dịch liên kết hay không, mà còn đánh giá sâu chất lượng hồ sơ, tính hợp lý của dữ liệu so sánh và mức độ sẵn sàng cung cấp tài liệu. Thực tế cho thấy, phần lớn các quyết định ấn định thuế đều xuất phát từ những sai sót lặp lại dưới đây. Bảng tổng hợp sau giúp doanh nghiệp nhanh chóng nhận diện các rủi ro trọng yếu trong hồ sơ giao dịch liên kết và hiểu rõ hệ quả thuế có thể phát sinh.

Qua bảng tổng hợp có thể thấy, rủi ro trong hồ sơ giao dịch liên kết không đến từ việc doanh nghiệp cố tình vi phạm, mà chủ yếu xuất phát từ sai sót kỹ thuật, thiếu chuẩn bị và đánh giá chưa đầy đủ ngay từ đầu kỳ tính thuế. Việc chủ động rà soát đối tượng so sánh, kiểm soát trần chi phí lãi vay và chuẩn bị hồ sơ sẵn sàng trước thời điểm thanh tra sẽ giúp doanh nghiệp giữ quyền tự xác định giá, hạn chế tối đa nguy cơ bị ấn định thuế và truy thu trong năm 2026 và các kỳ tiếp theo.

Kết luận

Trong bối cảnh thuế tối thiểu toàn cầu và thanh tra chống chuyển giá ngày càng siết chặt, hồ sơ giao dịch liên kết không còn là lựa chọn, mà là nghĩa vụ sống còn đối với doanh nghiệp có giao dịch với bên liên kết. Việc lập hồ sơ đúng, đủ và kịp thời theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP không chỉ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro bị ấn định thuế, mà còn chủ động kiểm soát chi phí, bảo vệ lợi nhuận và uy tín dài hạn.

Hành động ngay từ đầu kỳ thuế sẽ giúp doanh nghiệp tránh được những rủi ro không đáng có. Nếu doanh nghiệp của bạn đang có giao dịch với bên liên kết hoặc chưa tự tin về mức độ an toàn của hồ sơ giao dịch liên kết, việc rà soát và chuẩn hóa hồ sơ sớm sẽ giúp phát hiện kịp thời các điểm chưa phù hợp, điều chỉnh hợp pháp trước khi cơ quan thuế vào cuộc. Chủ động hôm nay chính là cách hiệu quả nhất để bảo vệ lợi nhuận và sự ổn định dài hạn của doanh nghiệp. Liên hệ MAN – Master Accountant Network để được hỗ trợ và tư vấn chi tiết về các quy định về Giao dịch liên kết.

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

• Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Câu hỏi thường gặp về Hồ sơ giao dịch liên kết

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) và CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.

Ban biên tập MAN – Master Accountant Network